PDB-6c80: Crystal structure of a flax cytokinin oxidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c80

タイトル

Crystal structure of a flax cytokinin oxidase

要素

cytokinin oxidase LuCKX1.1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Plant immunity / Effector / Cytokinin / Cytokinin oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

cytokinin dehydrogenase / cytokinin dehydrogenase activity / cytokinin metabolic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Linum usitatissimum (アマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Wan, L. / Williams, S. / Kobe, B.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Mol. Plant Pathol. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional insights into the modulation of the activity of a flax cytokinin oxidase by flax rust effector AvrL567-A.
著者: Wan, L. / Koeck, M. / Williams, S.J. / Ashton, A.R. / Lawrence, G.J. / Sakakibara, H. / Kojima, M. / Bottcher, C. / Ericsson, D.J. / Hardham, A.R. / Jones, D.A. / Ellis, J.G. / Kobe, B. / Dodds, P.N.

履歴

登録	2018年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年6月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / refln / Item: _citation.country
改定 1.6	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c80.cif.gz	405.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c80.ent.gz	328.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c80.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6c80_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c80_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6c80_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	6c80_validation.cif.gz	61.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/6c80	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2exrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jtd-1 4job-d 3clw-5 2bvg-2 4p8t-1 2exr-d 6foq-4 6eo4-2 6umr-1 6c1w-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cytokinin oxidase LuCKX1.1

B: cytokinin oxidase LuCKX1.1

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cytokinin oxidase LuCKX1.1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cytokinin oxidase LuCKX1.1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer
56.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.226, 58.929, 188.867
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.620, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	cytokinin oxidase LuCKX1.1 分子量: 54325.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Linum usitatissimum (アマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1ZL01*PLUS

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非ポリマー , 6種, 599分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE 分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆
#6: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION 分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.24 M tribasic ammonium citrate (pH 8.0) and 18% (w/v) PEG-3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953691 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953691 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→85.08 Å / Num. obs: 95714 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.59 Å² / Net I/σ(I): 2.8
Reflection scale	Group code: 1
反射シェル	解像度: 1.78→1.88 Å

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EXR

2exr

解像度: 1.78→49.355 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 16.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1837	4795	5.01 %
R_work	0.1507	-	-
obs	0.1523	95697	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.26 Å² / B_iso mean: 23.07 Å² / B_iso min: 7.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→49.355 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7552	0	228	579	8359
B_iso mean	-	-	30.66	29.22	-
残基数	-	-	-	-	964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8030
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.154	10891
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1387
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.128	2940

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7797-1.7999	0.3107	134	0.2609	2737	2871	93
1.7999-1.8211	0.2537	154	0.2091	3068	3222	100
1.8211-1.8433	0.2464	158	0.1902	3045	3203	100
1.8433-1.8666	0.2423	171	0.1862	2977	3148	100
1.8666-1.8912	0.2544	149	0.1721	3016	3165	100
1.8912-1.9171	0.2094	168	0.1705	3030	3198	100
1.9171-1.9445	0.2062	156	0.164	3047	3203	100
1.9445-1.9735	0.2164	163	0.1582	2996	3159	100
1.9735-2.0044	0.2082	144	0.1588	3019	3163	100
2.0044-2.0372	0.2134	154	0.1494	3021	3175	100
2.0372-2.0724	0.195	176	0.1464	3003	3179	100
2.0724-2.11	0.2107	155	0.144	3034	3189	100
2.11-2.1506	0.1956	155	0.1418	3036	3191	100
2.1506-2.1945	0.1896	150	0.1453	3038	3188	100
2.1945-2.2422	0.1906	157	0.1482	3015	3172	100
2.2422-2.2944	0.1931	156	0.1478	3053	3209	100
2.2944-2.3518	0.1894	148	0.1483	3061	3209	100
2.3518-2.4154	0.1916	160	0.1469	3006	3166	100
2.4154-2.4864	0.1784	178	0.1549	3020	3198	100
2.4864-2.5667	0.1815	159	0.1455	3049	3208	100
2.5667-2.6584	0.1796	180	0.1511	2991	3171	100
2.6584-2.7649	0.1887	170	0.1506	3036	3206	100
2.7649-2.8907	0.1907	160	0.1514	3034	3194	100
2.8907-3.0431	0.1841	155	0.1511	3090	3245	100
3.0431-3.2337	0.155	158	0.1443	3021	3179	100
3.2337-3.4833	0.1693	152	0.1373	3089	3241	100
3.4833-3.8337	0.1631	160	0.1365	3054	3214	100
3.8337-4.3882	0.1471	167	0.1277	3069	3236	100
4.3882-5.5274	0.1533	179	0.1413	3078	3257	100
5.5274-49.3744	0.1817	169	0.1715	3169	3338	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7708	2.2544	-0.637	6.2557	-3.7757	4.5394	-0.0536	0.1817	-0.0843	-0.3369	-0.0929	-0.3236	0.1435	0.2387	0.1526	0.193	0.0325	0.0347	0.1828	-0.025	0.1272	170.0983	23.1541	381.2584
2	1.7765	-0.3302	0.7314	1.6309	-0.086	2.3423	-0.0212	0.0778	0.1724	-0.1746	0.0272	-0.0618	-0.19	0.0901	0.0148	0.1515	-0.0137	0.0408	0.1361	0.0063	0.0869	168.2618	29.2593	389.401
3	0.4217	-0.1731	0.0594	1.2191	-0.404	0.7063	-0.0243	-0.0071	0.0705	0.0146	0.0316	-0.1081	-0.0565	0.04	-0.0053	0.0861	-0.0198	0.0068	0.0986	-0.013	0.0912	170.5677	23.2438	407.2395
4	3.1896	1.4327	0.2156	4.6384	1.441	2.2679	-0.0017	0.0655	-0.1979	0.2362	0.0965	-0.1162	0.2557	0.0822	-0.0679	0.1191	0.0174	-0.0094	0.1028	0.0424	0.0597	169.9201	0.4603	413.5215
5	2.1521	1.0173	0.1013	2.6389	-0.9861	1.6614	0.0636	-0.1661	-0.1299	0.2712	-0.1326	-0.248	-0.0671	0.157	0.0706	0.1148	0.019	-0.0013	0.1128	-0.0064	0.1239	177.7727	5.8831	419.8443
6	1.8686	0.5574	0.0455	1.7525	-0.2488	2.3064	0.0708	0.2417	-0.3661	-0.196	0.0252	-0.0701	0.1355	0.0758	-0.0235	0.1408	0.0057	-0.0183	0.0805	-0.0357	0.1458	165.4443	6.2851	401.5632
7	1.6224	0.4178	0.5581	2.0552	-0.6607	1.3447	0.0411	0.1019	-0.1347	-0.0587	0.084	0.0069	0.1554	-0.0408	-0.0254	0.0869	-0.0223	0.012	0.1302	0.007	0.0894	158.9728	9.4292	406.2713
8	1.4152	-0.0652	-0.2013	2.5051	-0.3481	1.1758	0.0357	0.1125	-0.0612	-0.1863	0.0344	0.3876	0.0175	-0.1799	-0.0885	0.1101	-0.0119	-0.0418	0.1731	-0.0154	0.1714	150.1911	20.0115	396.1672
9	1.3458	0.2142	-0.5159	2.8835	1.3868	2.4813	-0.0328	0.1841	0.0188	-0.4533	-0.0602	0.2494	-0.1069	-0.1283	0.0045	0.1843	0.0183	-0.0218	0.1915	0.0171	0.1263	210.8618	-18.7527	381.0609
10	0.4152	-0.3005	-0.1828	0.8628	0.1912	0.6914	-0.0188	0.0644	-0.0551	-0.0084	-0.0069	0.1034	0.1027	-0.0374	0.0387	0.1101	-0.026	-0.0035	0.1077	-0.0065	0.1053	206.8865	-20.238	401.6546
11	2.3069	0.5573	-0.0213	2.3957	0.6042	2.1187	0.007	-0.0693	0.2929	0.1209	-0.0595	0.2372	-0.1608	-0.1494	-0.0184	0.1274	0.0213	0.0014	0.1107	-0.0112	0.1531	199.1451	2.0372	415.1042
12	1.5672	0.3789	-0.2513	2.0239	0.2007	1.2449	0.0216	0.1233	0.226	-0.0912	0.0542	-0.0994	-0.131	0.1162	-0.0408	0.1077	-0.0231	0.0014	0.1245	0.0164	0.1424	217.399	-3.3505	404.4319
13	2.7583	-0.8844	-0.6504	3.563	0.6115	4.0671	-0.0028	0.103	0.0136	-0.0052	0.1395	-0.445	0.1616	0.4	-0.1364	0.102	0.0302	-0.0081	0.172	-0.0031	0.1802	228.9586	-23.8877	397.0052

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 78 )	A	44 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 136 )	A	79 - 136
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 137 through 270 )	A	137 - 270
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 271 through 313 )	A	271 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 314 through 362 )	A	314 - 362
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 363 through 400 )	A	363 - 400
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 401 through 457 )	A	401 - 457
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 458 through 528 )	A	458 - 528
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 44 through 78 )	B	44 - 78
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 79 through 270 )	B	79 - 270
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 271 through 362 )	B	271 - 362
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 363 through 488 )	B	363 - 488
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 489 through 532 )	B	489 - 532

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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