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- PDB-6c7n: Monoclinic form of malic enzyme from sorghum at 2 angstroms resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c7n
タイトルMonoclinic form of malic enzyme from sorghum at 2 angstroms resolution
要素Malic enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / enzyme substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / malate metabolic process / pyruvate metabolic process / chloroplast / NAD binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRUVIC ACID / Malic enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Sorghum bicolor (タカキビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Trajtenberg, F. / Alvarez, C. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Nat.Plants / : 2019
タイトル: Molecular adaptations of NADP-malic enzyme for its function in C4photosynthesis in grasses.
著者: Alvarez, C.E. / Bovdilova, A. / Hoppner, A. / Wolff, C.C. / Saigo, M. / Trajtenberg, F. / Zhang, T. / Buschiazzo, A. / Nagel-Steger, L. / Drincovich, M.F. / Lercher, M.J. / Maurino, V.G.
履歴
登録2018年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malic enzyme
B: Malic enzyme
C: Malic enzyme
D: Malic enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,02029
ポリマ-269,1104
非ポリマー4,91025
30,8961715
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26240 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area67400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.100, 64.260, 202.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Malic enzyme


分子量: 67277.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: SORBI_3003G036200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84LQ5

-
非ポリマー , 5種, 1740分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H4O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1715 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M KF, 30% (w/v) PEG3350, 2mM NADP, 2mM DTT, 40mM pyruvate 10mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月12日 / 詳細: Varimax-HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.24 Å / Num. obs: 181154 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.82 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 665459 / Scaling rejects: 10
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Num. measured all: 31790 / Num. unique obs: 8879 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.36 / Rrim(I) all: 0.69 / Net I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
Aimless0.1.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
TRUNCATEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1819 1 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 181074 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 112.87 Å2 / Biso mean: 33.42 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9008 Å20 Å2-0.7676 Å2
2---4.8507 Å20 Å2
3---3.9499 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15643 0 377 1727 17747
Biso mean--41.15 41.04 -
残基数----2030
拘束条件
Refine-IDタイプRestraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5971SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3038HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17485HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2273SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22188SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d17485HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg23802HARMONIC20.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.2
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 121 0.91 %
Rwork0.211 13176 -
all0.2114 13297 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61910.2234-0.16020.5390.24930.68060.001-0.0582-0.04160.05740.0084-0.04610.03860.0167-0.00950.00560.0034-0.0245-0.07410.00250.0293-43.2508-15.448937.3794
20.6262-0.0881-0.08350.67310.14660.4236-0.0158-0.03710.0144-0.01310.0060.0205-0.09050.0620.0099-0.0017-0.0181-0.0163-0.07070.00250.0116-39.03096.463934.8827
31.39330.0104-0.32550.31780.44021.04740.0144-0.14860.16570.01430.0326-0.0228-0.1470.1991-0.047-0.0168-0.0566-0.0217-0.034-0.0133-0.0154-25.678611.98141.9663
41.9258-0.09460.45980.91520.0511.5581-0.09090.28240.2449-0.10060.1231-0.125-0.28810.3864-0.0322-0.1146-0.13980.01510.0875-0.011-0.0595-6.551816.922926.9881
51.51150.2798-0.15450.6117-0.0582.8164-0.05280.4149-0.2179-0.1370.1185-0.13260.16270.5145-0.0657-0.1393-0.0217-0.00280.0686-0.091-0.0593-12.7410.836923.1634
61.92750.5994-0.70961.4664-0.62881.3271-0.05310.0659-0.3825-0.09330.0405-0.27070.0730.3320.0126-0.13430.0237-0.02380.0121-0.01140.0205-13.0144-4.438638.8181
71.26291.5955-0.37490.96020.64261.0019-0.0108-0.2286-0.1710.0522-0.0329-0.06830.00770.11440.0437-0.00240.0258-0.0901-0.0470.0790.0359-26.7319-11.920350.895
80.48780.2873-0.12620.56450.1270.9481-0.0162-0.04750.01860.024-0.0072-0.0078-0.0255-0.0280.0235-0.0024-0.0012-0.0143-0.07260.00670.0299-56.3315-3.455832.9435
90.45290.19190.25370.5246-0.11190.6582-0.0189-0.0515-0.03820.048-0.0134-0.05590.0863-0.06950.0323-0.0032-0.01430.0015-0.0869-0.00180.0024-60.4092-27.024929.1216
100.5732-0.10460.10860.43430.16241.13880.0010.09210.0428-0.0414-0.0890.01510.009-0.16530.0879-0.0334-0.0028-0.0151-0.0423-0.0134-0.0112-74.656-26.81797.4306
110.22130.47640.41610.20620.27580.8438-0.0312-0.05620.02230.0091-0.0520.1332-0.0492-0.22340.0831-0.05140.02330.0022-0.0401-0.04720.0764-78.0209-7.536632.4737
120.6425-0.1754-0.06330.49450.08970.90180.0252-0.15860.00040.0631-0.06220.0035-0.0156-0.10460.037-0.0176-0.022-0.0228-0.0015-0.0194-0.0444-58.0244-1.065669.658
130.78820.07020.2280.49130.16351.40960.0504-0.1716-0.15890.1186-0.0851-0.07840.27710.11020.0347-0.0095-0.0018-0.0311-0.02360.0898-0.0931-45.0267-20.208876.2759
140.179-0.08930.25130.413-0.05481.3770.0086-0.2287-0.06230.23370.018-0.00090.06970.2706-0.0266-0.0325-0.0081-0.04890.12030.1094-0.168-32.876-9.874996.9618
150.02240.4507-0.24011.3739-0.99382.0151-0.0004-0.11140.0647-0.0084-0.0196-0.02330.1809-0.06990.02-0.0099-0.0275-0.0039-0.03820.0121-0.0271-61.1653-15.480156.6842
161.1625-0.37950.02641.2327-0.28231.1014-0.0161-0.2676-0.08350.1146-0.01220.10040.1385-0.13120.0283-0.0061-0.0721-0.00320.03310.0256-0.0822-67.8419-18.432473.1074
171.0085-0.09040.1510.7786-0.28081.3418-0.0235-0.24970.06370.0639-0.06590.0786-0.0654-0.23620.0894-0.0704-0.00760.00380.0524-0.0894-0.0735-78.0858-0.856966.081
180.3268-0.2435-0.38090.50110.42532.1117-0.0114-0.10180.23060.0327-0.03290.0974-0.2993-0.28660.0443-0.03510.0444-0.03010.008-0.091-0.0029-79.931910.093460.2441
191.55330.4595-0.45482.41881.34291.5726-0.0424-0.22260.26010.2033-0.15010.36250.0595-0.4890.1924-0.17530.02350.01730.1581-0.1566-0.0584-93.8336-1.213860.7962
202.2056-0.35230.31763.82382.35073.2649-0.029-0.4056-0.11330.6651-0.32080.50150.363-0.78510.3498-0.1547-0.11980.09150.1248-0.1138-0.105-96.697-13.982661.6729
210.4292-1.241-0.38870-0.43940.2548-0.0104-0.0796-0.0434-0.0116-0.05530.16350.1444-0.27220.0657-0.0417-0.0994-0.0397-0.012-0.0549-0.0083-83.0433-22.539653.3799
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|84 - A|174 }A84 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|175 - A|300 }A175 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|301 - A|370 }A301 - 370
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|371 - A|471 }A371 - 471
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|472 - A|557 }A472 - 557
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|558 - A|607 }A558 - 607
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|608 - A|636 }A608 - 636
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|84 - B|174 }B84 - 174
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|175 - B|330 }B175 - 330
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|331 - B|606 }B331 - 606
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|607 - B|636 }B607 - 636
12X-RAY DIFFRACTION12{ C|84 - C|174 }C84 - 174
13X-RAY DIFFRACTION13{ C|175 - C|330 }C175 - 330
14X-RAY DIFFRACTION14{ C|331 - C|636 }C331 - 636
15X-RAY DIFFRACTION15{ D|83 - D|119 }D83 - 119
16X-RAY DIFFRACTION16{ D|120 - D|174 }D120 - 174
17X-RAY DIFFRACTION17{ D|175 - D|286 }D175 - 286
18X-RAY DIFFRACTION18{ D|287 - D|318 }D287 - 318
19X-RAY DIFFRACTION19{ D|319 - D|385 }D319 - 385
20X-RAY DIFFRACTION20{ D|386 - D|607 }D386 - 607
21X-RAY DIFFRACTION21{ D|608 - D|636 }D608 - 636

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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