[日本語] English
万見
- PDB-6c7f: Crystal structure of human phosphodiesterase 2A with 1-(2-chloro-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c7f
タイトルCrystal structure of human phosphodiesterase 2A with 1-(2-chloro-5-isobutoxy-phenyl)-N,4-dimethyl-[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxaline-8-carboxamide
要素cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier ...regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / regulation of mitochondrion organization / aorta development / ventricular septum development / cGMP-mediated signaling / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cGMP-inhibited cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / phosphate ion binding / cGMP effects / TPR domain binding / monocyte differentiation / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to cAMP / synaptic membrane / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / GAF-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EOS / cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Xu, R. / Aertgeerts, K.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Mathematical and Structural Characterization of Strong Nonadditive Structure-Activity Relationship Caused by Protein Conformational Changes.
著者: Gomez, L. / Xu, R. / Sinko, W. / Selfridge, B. / Vernier, W. / Ly, K. / Truong, R. / Metz, M. / Marrone, T. / Sebring, K. / Yan, Y. / Appleton, B. / Aertgeerts, K. / Massari, M.E. / Breitenbucher, J.G.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,27012
ポリマ－119,7293
非ポリマー1,5419
水10,233568
1
A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4234
ポリマ－39,9101
非ポリマー5143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4234
ポリマ－39,9101
非ポリマー5143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4234
ポリマ－39,9101
非ポリマー5143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.248, 73.004, 91.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1238-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Cyclic GMP-stimulated phosphodiesterase / cGSPDE


分子量: 39909.824 Da / 分子数: 3 / 断片: phosphodiesterase 2A (UNP residues 323-661) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE2A / プラスミド: pFastbac-HT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-EOS / 1-[2-chloro-5-(2-methylpropoxy)phenyl]-N,4-dimethyl[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxaline-8-carboxamide


分子量: 423.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22ClN5O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 % / Mosaicity: 1.06 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 17-19% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月19日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→71.73 Å / Num. obs: 92617 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 23.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 324430 / Scaling rejects: 69
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.82-1.873.41.18968760.6150.7491.41199.6
8.14-71.733.50.01910890.9990.0110.02298.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→71.73 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 4549 4.92 %
Rwork0.1952 --
obs0.1977 92491 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.79 Å2 / Biso mean: 36.7351 Å2 / Biso min: 11.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→71.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8150 0 96 568 8814
Biso mean--27.51 37.68 -
残基数----994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02311406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5173118
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.82-1.84070.34951530.33212934308799
1.8407-1.86230.31311530.32382937309099
1.8623-1.88510.38071710.30292854302599
1.8851-1.90890.35291270.30272968309599
1.9089-1.9340.35131430.28652912305599
1.934-1.96050.28331590.278629063065100
1.9605-1.98850.29361580.267929143072100
1.9885-2.01820.29281490.254429283077100
2.0182-2.04980.31281350.2422930306599
2.0498-2.08340.27681540.24362952310699
2.0834-2.11930.31421580.234928753033100
2.1193-2.15780.26081490.219129473096100
2.1578-2.19930.30921520.211829363088100
2.1993-2.24420.25331480.21082914306299
2.2442-2.2930.23111400.20442955309599
2.293-2.34640.24991530.20182913306699
2.3464-2.40510.24571300.18892955308599
2.4051-2.47010.26241380.1932945308399
2.4701-2.54280.25771580.19362928308699
2.5428-2.62490.26211450.18592905305099
2.6249-2.71870.21791470.18732927307499
2.7187-2.82750.28421790.19672896307599
2.8275-2.95620.26581450.20142941308699
2.9562-3.11210.26071670.19732895306299
3.1121-3.30710.22761450.17672943308899
3.3071-3.56240.24351760.18062896307299
3.5624-3.92090.20291590.15822949310899
3.9209-4.48820.18471500.15122945309599
4.4882-5.65430.20441450.15930153160100
5.6543-71.78620.22061630.17843027319099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39720.62990.98851.54280.59813.94820.03090.2604-0.0685-0.06450.03790.04360.0307-0.0755-0.04510.16-0.00080.01130.14810.01710.143542.7507-7.136812.7533
23.2219-0.16341.31431.60470.08383.0481-0.11740.10870.34040.03160.0323-0.0558-0.53840.15940.03170.2813-0.03240.01340.10860.02040.190151.17046.561323.0085
38.1364-1.95877.49081.1621-1.54586.7816-0.2538-0.43940.14450.23280.1082-0.0073-0.2006-0.32470.13840.3374-0.00420.02390.2233-0.02370.201756.40772.163141.0815
41.87420.14690.11110.0565-0.33053.37740.15280.9576-0.3906-0.4367-0.311-0.49170.97021.10270.20640.47230.23060.0470.8272-0.06210.399477.0642-11.2506-25.8241
52.1849-0.81731.23221.4858-0.56352.74980.17880.7716-0.22730.0082-0.1357-0.25730.39370.89180.00910.23540.06520.0080.3786-0.02690.224872.9769-7.738-17.7915
64.0833-0.40030.65341.9575-0.05013.5804-0.11220.19230.07030.0778-0.0422-0.122-0.15040.09860.07650.1879-0.0205-0.00610.06450.04090.101462.96311.6754-12.0347
76.255-2.01123.0131.549-0.75113.5926-0.0426-0.1012-0.21060.35370.039-0.10590.08830.14410.00930.2425-0.02750.00780.14670.02380.193666.9143-6.2643-4.8182
87.5464-4.2024.9155.4028-2.93255.9234-0.8183-0.850.49350.6730.5668-0.314-0.361-0.24580.1640.26110.0374-0.02380.2298-0.00950.210570.8552.7935-3.6487
96.155.42341.00787.741.58681.0831-0.20630.21960.37630.912-0.3438-1.0587-0.94610.31840.48760.65-0.0403-0.29090.33670.13560.545964.825217.7191-15.8155
102.4918-0.5189-0.07013.24330.05452.7474-0.31240.40060.87140.4217-0.1304-0.6093-0.48080.70560.14110.3095-0.1366-0.15720.36140.15230.455772.567311.315-16.5249
118.47951.0925-0.51183.9657-0.89473.4357-0.02060.4306-0.1988-0.2615-0.06980.21050.3724-0.44450.0840.2209-0.0339-0.06390.3371-0.03830.174651.5539-0.6265-28.9106
122.99760.45270.82463.2179-0.29583.49510.02280.10210.2993-0.1267-0.34080.0935-0.35280.03580.17250.2189-0.0404-0.04180.30360.05880.233856.003510.6046-28.1855
136.61370.46814.63820.91960.43023.70080.36260.46020.023-0.3203-0.43690.0517-0.15010.6097-0.02620.3982-0.0422-0.02440.5940.07840.260555.38186.2686-40.9161
142.3220.63531.05961.68061.03992.48660.1289-0.6904-0.06330.221-0.11520.31880.1618-1.00080.00390.19230.00080.02010.57520.02090.226464.1748-41.141220.3855
151.0631-0.56880.13082.412-0.7233.72330.09440.4227-0.2712-0.14170.0499-0.33560.05330.488-0.05160.18380.06340.02210.41-0.06420.213577.7954-42.70738.1578
164.6551.67213.71164.14922.5115.7797-0.51620.7409-0.0476-0.8610.45340.3552-0.5243-0.17970.0690.2899-0.0755-0.04640.45810.02470.204568.4302-36.34453.6481
173.42820.70991.85492.3840.70083.3324-0.3309-0.12980.3363-0.01120.21790.0136-0.4916-0.09210.11020.23990.0334-0.02450.2884-0.06870.214277.4489-28.902219.2749
182.92340.09382.64752.2563-0.10383.725-0.2146-0.05110.3077-0.05610.0651-0.2143-0.66810.11430.2770.35820.0426-0.09240.341-0.09820.286485.731-27.164725.7352
195.1931-1.24473.84411.6244-0.78134.1375-0.302-0.30370.290.419-0.163-0.0469-0.6227-0.48370.11230.41310.0681-0.04270.5164-0.16170.274885.5582-28.929339.3276
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 579 through 768 )A579 - 768
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 769 through 878 )A769 - 878
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 879 through 917 )A879 - 917
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 582 through 611 )B582 - 611
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 612 through 674 )B612 - 674
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 675 through 724 )B675 - 724
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 725 through 750 )B725 - 750
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 751 through 768 )B751 - 768
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 769 through 785 )B769 - 785
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 786 through 815 )B786 - 815
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 816 through 840 )B816 - 840
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 841 through 878 )B841 - 878
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 879 through 917 )B879 - 917
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 590 through 695 )C590 - 695
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 696 through 750 )C696 - 750
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 751 through 768 )C751 - 768
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 769 through 840 )C769 - 840
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 841 through 878 )C841 - 878
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 879 through 916 )C879 - 916

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る