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- PDB-6c7d: Crystal structure of human phosphodiesterase 2A with N-(1-adamant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c7d
タイトルCrystal structure of human phosphodiesterase 2A with N-(1-adamantyl)-1-(2-chlorophenyl)-4-methyl-[1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxaline-8-carboxamide
要素cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier ...regulation of cGMP-mediated signaling / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / cellular response to cGMP / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / heart valve development / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / negative regulation of vascular permeability / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of mitochondrion organization / aorta development / ventricular septum development / cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / TPR domain binding / cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / phosphate ion binding / cGMP effects / monocyte differentiation / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / regulation of cAMP-mediated signaling / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cAMP-mediated signaling / synaptic membrane / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / GAF domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EOJ / cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Xu, R. / Aertgeerts, K.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Mathematical and Structural Characterization of Strong Nonadditive Structure-Activity Relationship Caused by Protein Conformational Changes.
著者: Gomez, L. / Xu, R. / Sinko, W. / Selfridge, B. / Vernier, W. / Ly, K. / Truong, R. / Metz, M. / Marrone, T. / Sebring, K. / Yan, Y. / Appleton, B. / Aertgeerts, K. / Massari, M.E. / Breitenbucher, J.G.
履歴
登録2018年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,88616
ポリマ－159,6394
非ポリマー2,24712
水11,638646
1
A: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4724
ポリマ－39,9101
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4724
ポリマ－39,9101
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4724
ポリマ－39,9101
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4724
ポリマ－39,9101
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.914, 73.703, 91.108
Angle α, β, γ (deg.)109.560, 91.240, 91.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
cGMP-dependent 3',5'-cyclic phosphodiesterase / Cyclic GMP-stimulated phosphodiesterase / cGSPDE


分子量: 39909.824 Da / 分子数: 4 / 断片: phosphodiesterase 2A (UNP residues 323-661) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE2A / プラスミド: pFastbac-HT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: O00408, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-EOJ / 1-(2-chlorophenyl)-4-methyl-N-[(3s,5s,7s)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]decan-1-yl][1,2,4]triazolo[4,3-a]quinoxaline-8-carboxamide


分子量: 471.981 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26ClN5O
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 % / Mosaicity: 0.64 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 17-19% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月19日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→65.84 Å / Num. obs: 121726 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 21.88 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 235690
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.79-1.8420.7689000.4970.761.07593.8
8.01-65.841.80.02713810.9960.0270.03896

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→65.837 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 6058 4.99 %
Rwork0.1868 --
obs0.189 121469 94.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.68 Å2 / Biso mean: 32.1304 Å2 / Biso min: 10.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→65.837 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10929 0 144 646 11719
Biso mean--30.44 32.16 -
残基数----1336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711353
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01415349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4294177
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.79-1.81030.38382020.34073746394893
1.8103-1.83160.42021770.33893845402293
1.8316-1.8540.34631940.32233852404694
1.854-1.87750.36382020.31493814401694
1.8775-1.90220.33321980.30153807400594
1.9022-1.92820.34862260.29283853407994
1.9282-1.95580.31162140.27723796401093
1.9558-1.9850.31612010.26543854405594
1.985-2.0160.29641990.25813822402194
2.016-2.0490.27661820.2343866404894
2.049-2.08440.28532230.22673835405894
2.0844-2.12230.2562040.21153839404394
2.1223-2.16310.25022340.20493832406694
2.1631-2.20720.2442030.19673821402494
2.2072-2.25520.2542010.19473853405494
2.2552-2.30770.26032410.1983804404594
2.3077-2.36540.24571970.18373872406994
2.3654-2.42940.24212060.17733856406294
2.4294-2.50090.23642020.17393869407194
2.5009-2.58160.21982240.16843824404895
2.5816-2.67390.23151840.17563897408194
2.6739-2.78090.24471900.1743870406094
2.7809-2.90750.24772050.17533870407595
2.9075-3.06080.22971670.17243880404794
3.0608-3.25250.20872000.17033865406594
3.2525-3.50370.21781650.16543886405194
3.5037-3.85620.19752150.15453774398993
3.8562-4.41410.17042030.14513674387790
4.4141-5.56090.17831880.15034050423898
5.5609-65.88140.18272110.16473985419698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15690.57930.2691.88210.62022.2025-0.0052-0.147-0.09360.1302-0.00940.13080.221-0.16070.01580.1522-0.03680.03640.24110.0230.1818-10.702-14.6842-0.737
21.64290.291-0.0051.12890.10161.1698-0.02470.063-0.0127-0.0950.03530.0281-0.02380.061-0.00640.1177-0.01510.01650.1624-0.00140.1075-1.1378-3.8393-9.3841
36.8403-2.64771.21314.8758-0.59952.8388-0.23320.11741.1698-0.03280.0477-0.2922-0.69610.05650.11010.3398-0.0397-0.03870.16590.00480.3308-2.38516.6558-4.2694
44.5366-1.88172.39534.6312-2.3785.77110.07750.01980.302-0.3122-0.0560.2005-0.0532-0.00120.01320.1083-0.00510.00910.139-0.02250.1766-8.32498.6087-3.8792
58.2383-0.0726-0.85681.91150.61330.29480.0453-0.76430.0270.14980.0484-0.14820.02110.9154-0.02070.1739-0.0129-0.03660.41050.00420.156112.9505-1.02668.7639
60.5548-0.16340.1471.78440.14381.7222-0.1506-0.11130.47310.22340.0054-0.1767-0.28860.47320.0910.239-0.0706-0.00860.3016-0.00810.218.53339.57847.4294
77.5228-1.51075.1460.6351-0.95273.431-0.1826-0.3449-0.0620.27180.1499-0.0293-0.1379-0.06950.07710.36880.03670.02290.4248-0.10470.28258.35695.227621.1789
81.5007-0.4725-0.11882.07530.20942.08820.0096-0.0206-0.2397-0.07150.0004-0.18410.32170.2517-0.00770.2110.05130.00010.1369-0.00390.167724.8747-12.9188-37.3972
91.7948-0.1621-0.01871.06740.03822.04430.0052-0.05230.10760.00630.033-0.0094-0.1352-0.1136-0.03790.18790.02280.00830.1053-0.0060.135216.45491.2286-33.6056
102.24920.55491.5480.62930.5681.5006-0.14140.12890.2639-0.27460.06020.1301-0.2536-0.24260.07060.33740.0184-0.01020.26780.07040.23497.75643.2138-53.9043
110.5001-0.00830.25411.1437-0.25512.71260.24450.3622-0.3466-0.1377-0.1217-0.30240.56461.0855-0.06440.33860.1642-0.01970.4353-0.11810.374953.4683-45.1974-38.0293
123.3761-0.07190.46550.91610.38932.69590.0240.1828-0.13210.10660.0825-0.136-0.04480.304-0.10820.2114-0.001-0.01960.1391-0.03650.204143.4086-38.3206-27.3372
139.2648-1.9485.63683.4666-0.93648.4444-0.2986-0.69860.53160.21740.1058-0.4406-0.48240.18730.09140.2173-0.00650.03310.2169-0.08210.221650.1453-33.2559-22.7506
143.8522.92061.33875.924-0.06470.80130.24250.16050.6869-0.14590.1305-0.306-1.35620.1613-0.2850.6741-0.01910.14960.1844-0.0680.32743.1512-19.9764-36.5048
153.61621.27621.64994.11680.96872.19780.2034-0.14340.3206-0.02020.0063-0.3385-0.95450.7298-0.09360.3778-0.17670.09320.3714-0.12170.297350.5754-26.7099-36.713
163.47210.8013-0.29382.2497-0.21813.1930.28060.161-0.0293-0.1227-0.18760.1742-0.1142-0.611-0.09750.2890.0392-0.02240.3414-0.08380.178132.3179-34.3221-46.8753
176.41243.4963.90672.14741.69814.1061-0.12560.1217-0.0208-0.32250.1327-0.0116-0.35180.2585-0.02250.36180.06030.02460.3915-0.05660.207234.3994-35.5216-60.3214
180.94040.3873-0.58371.2175-1.05651.09140.1343-0.3116-0.36850.28340.24260.4210.404-0.6623-0.05110.3739-0.37180.04460.97090.31990.296215.4031-41.599811.3362
192.27370.2553-0.64251.75210.38291.17760.16750.1117-0.19830.0594-0.28130.42910.1662-0.6561-0.10780.3384-0.3308-0.10430.63040.22590.503912.4449-43.8934-1.5123
201.17220.79030.65371.07340.08371.59570.2921-0.6048-0.3281-0.0673-0.02440.22120.393-0.5617-0.09050.2253-0.1243-0.04260.36360.10080.273120.4104-38.2709-1.2005
213.40580.48330.48630.97490.10311.16860.0871-0.112-0.3079-0.11530.01190.04750.2303-0.0703-0.10650.2178-0.011-0.04330.1570.02340.219133.123-39.077-10.9892
224.73632.53374.74413.97422.51154.8133-0.01960.4260.0091-0.37130.00850.2427-0.36260.0733-0.01750.22350.01970.00360.29260.03680.242121.1953-32.989-14.6908
237.5762-6.05910.015.7631-0.11420.19320.10910.05990.6907-0.0548-0.0598-0.5261-0.0418-0.0347-0.03360.2073-0.01070.03080.30060.03740.262228.2875-17.3549-3.5645
243.3807-2.57532.6345.1123-4.05124.73030.1342-0.1574-0.0867-0.20170.06040.17550.1625-0.2045-0.12910.1244-0.02660.0160.32820.02610.153320.7792-23.9974-2.0329
255.9935-1.4567-1.87242.31461.03712.1829-0.0301-0.3695-0.27120.22580.0793-0.0420.4596-0.0342-0.03060.2512-0.0231-0.07730.30170.09430.194541.3639-36.41269.9074
263.4242-1.15030.68761.79740.11042.55910.0698-0.62650.11830.10020.0428-0.1310.0138-0.0035-0.09910.1973-0.02440.00220.29090.05640.183637.3252-24.92498.7903
274.1255-2.6594.05922.6481-2.07924.2551-0.0502-0.4822-0.28210.35730.12060.2196-0.1691-0.63240.07050.2382-0.01280.0460.57920.01420.21525.4001-23.604616.7333
286.6969-3.13094.21592.9921-2.00023.9434-0.14640.1085-0.09520.04250.332-0.03380.1819-0.039-0.03660.39480.004-0.06020.42070.01140.241249.839-33.734528.3504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 576 through 635 )A576 - 635
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 636 through 768 )A636 - 768
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 769 through 786 )A769 - 786
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 787 through 815 )A787 - 815
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 816 through 839 )A816 - 839
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 840 through 878 )A840 - 878
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 879 through 917 )A879 - 917
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 578 through 695 )B578 - 695
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 696 through 839 )B696 - 839
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 840 through 916 )B840 - 916
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 590 through 675 )C590 - 675
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 676 through 750 )C676 - 750
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 751 through 768 )C751 - 768
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 769 through 786 )C769 - 786
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 787 through 815 )C787 - 815
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 816 through 878 )C816 - 878
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 879 through 916 )C879 - 916
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 590 through 611 )D590 - 611
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 612 through 635 )D612 - 635
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 636 through 695 )D636 - 695
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 696 through 750 )D696 - 750
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 751 through 768 )D751 - 768
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 769 through 786 )D769 - 786
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 787 through 815 )D787 - 815
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 816 through 840 )D816 - 840
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 841 through 878 )D841 - 878
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 879 through 897 )D879 - 897
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 898 through 917 )D898 - 917

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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