PDB-6c76: Structure of Iron containing alcohol dehydrogenase from Thermococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c76

タイトル

Structure of Iron containing alcohol dehydrogenase from Thermococcus thioreducens in an orthorhombic crystal form

要素

Alcohol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / Iron-containing / OGL-20P

機能・相同性

機能・相同性情報

alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus thioreducens (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Larson, S.B. / McPherson, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: The structure of an iron-containing alcohol dehydrogenase from a hyperthermophilic archaeon in two chemical states.
著者: Larson, S.B. / Jones, J.A. / McPherson, A.

履歴

登録	2018年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c76.cif.gz	591.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c76.ent.gz	496.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c75SC 6c7lC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c75-d 1vhd-d 1oj7-1 6c7l-1 5yvs-1 5ek2-d 3qn3-2 6hk3-d 4r7w-3 6gjo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alcohol dehydrogenase

B: Alcohol dehydrogenase

ヘテロ分子

84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.920, 111.978, 142.081
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Alcohol dehydrogenase 分子量: 41569.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (古細菌) 遺伝子: AMR53_06445, SAMN05216170_0411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q2QQL1

-
非ポリマー , 5種, 297分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 10% PEG 10,000 at pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→43.97 Å / Num. obs: 41831 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 20.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.7 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.209 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.974 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1309 / CC_1/2: 0.222 / R_pim(I) all: 0.67 / R_rim(I) all: 1.192 / % possible all: 35.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
MOSFLM	7.1.0	データ削減
Aimless	0.5.1	データスケーリング
PHASER	2.2.5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6C75

6c75

解像度: 2.1→33.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 13.459 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood
詳細: HYDROGENS WERE GENERATED BY REFMAC AND ALLOWED TO RIDE ON THE ATOMS TO WHICH THEY WERE ATTACHED UNLESS MOVED TO RELIEVE VAN DER WAALS CONTACTS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20419	2018	4.8 %	RANDOM
R_work	0.15387	-	-	-
obs	0.15633	39750	89.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: Babinet Model with mask

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.619 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.98 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→33.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5852	0	63	293	6208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	6196
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	6253
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.964	2	8383
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.618	3	14314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.442	5	771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.979	23.113	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.033	15	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.011	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.017	0.021	6798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	3388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	12086
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	6156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	6648
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.054	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.294	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.266	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.288	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.088	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.46	3.52	3041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.453	3.518	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.995	5.273	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.997	5.275	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.862	4.362	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.862	4.362	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.737	6.239	4574
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.737	6.241	4575
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.5	29.878	7281
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.478	29.723	7211
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	55	-
R_work	0.349	1057	-
obs	-	-	32.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5645	-0.1317	-0.1473	0.2609	-0.2402	0.4557	0.0401	-0.0083	0.0373	0.0157	0.0054	0.0022	-0.047	0.0503	-0.0455	0.0391	-0.0105	-0.0018	0.0321	-0.0244	0.0538	30.3234	75.9309	46.5517
2	0.255	-0.1126	-0.2017	0.1897	-0.1544	0.6866	-0.0389	-0.0173	0.0003	-0.0088	0.0617	-0.0073	0.1573	-0.0626	-0.0228	0.0816	-0.0022	-0.0183	0.0298	-0.0117	0.0206	21.2205	53.0543	51.3569
3	1.0084	-0.308	0.1551	0.4524	0.4337	0.7048	0.0046	0.0894	0.0864	-0.1404	-0.1036	0.017	-0.2137	-0.0755	0.0991	0.1048	0.049	-0.0504	0.0569	-0.0028	0.0407	14.6693	72.7141	14.7182
4	0.4422	0.0022	-0.0497	0.2044	-0.026	0.7056	-0.0297	-0.0209	0.0454	-0.0858	-0.0046	0.0436	0.0732	0.0406	0.0343	0.1014	-0.0072	-0.0222	0.0064	0.0004	0.0171	27.6487	50.3375	13.3161
5	5.9874	0.5202	2.0094	0.2187	-0.313	2.0577	0.1139	-0.3162	0.1352	-0.0273	-0.0723	0.0375	0.1187	0.0024	-0.0415	0.0748	0.0072	-0.0004	0.0364	-0.0099	0.047	32.4952	65.5149	53.079

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	183 - 378
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	183 - 378
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	402

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