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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c76 | ||||||
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タイトル | Structure of Iron containing alcohol dehydrogenase from Thermococcus thioreducens in an orthorhombic crystal form | ||||||
要素 | Alcohol dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / Iron-containing / OGL-20P | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermococcus thioreducens (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Larson, S.B. / McPherson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019 タイトル: The structure of an iron-containing alcohol dehydrogenase from a hyperthermophilic archaeon in two chemical states. 著者: Larson, S.B. / Jones, J.A. / McPherson, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c76.cif.gz | 591.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c76.ent.gz | 496.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c76.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/6c76 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41569.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (古細菌) 遺伝子: AMR53_06445, SAMN05216170_0411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q2QQL1 |
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-非ポリマー , 5種, 297分子
#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
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#3: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACY / |
#5: 化合物 | ChemComp-PGE / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 10% PEG 10,000 at pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月18日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→43.97 Å / Num. obs: 41831 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 36.7 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.974 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1309 / CC1/2: 0.222 / Rpim(I) all: 0.67 / Rrim(I) all: 1.192 / % possible all: 35.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6C75 解像度: 2.1→33.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 13.459 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood 詳細: HYDROGENS WERE GENERATED BY REFMAC AND ALLOWED TO RIDE ON THE ATOMS TO WHICH THEY WERE ATTACHED UNLESS MOVED TO RELIEVE VAN DER WAALS CONTACTS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: Babinet Model with mask | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.619 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→33.04 Å
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拘束条件 |
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