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- PDB-6c6z: Crystal structure of potent neutralizing antibody CDC2-C2 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c6z
タイトルCrystal structure of potent neutralizing antibody CDC2-C2 in complex with MERS-CoV S1 RBD
要素
  • Antibody CDC2-C2 heavy chain
  • Antibody CDC2-C2 light chain
  • Spike protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / fusion glycoprotein / virus / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / : / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal ...ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / : / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Alpha-Beta Plaits / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Hemin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, N. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI127521 米国
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Importance of Neutralizing Monoclonal Antibodies Targeting Multiple Antigenic Sites on the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Spike Glycoprotein To Avoid Neutralization Escape.
著者: Wang, L. / Shi, W. / Chappell, J.D. / Joyce, M.G. / Zhang, Y. / Kanekiyo, M. / Becker, M.M. / van Doremalen, N. / Fischer, R. / Wang, N. / Corbett, K.S. / Choe, M. / Mason, R.D. / Van Galen, ...著者: Wang, L. / Shi, W. / Chappell, J.D. / Joyce, M.G. / Zhang, Y. / Kanekiyo, M. / Becker, M.M. / van Doremalen, N. / Fischer, R. / Wang, N. / Corbett, K.S. / Choe, M. / Mason, R.D. / Van Galen, J.G. / Zhou, T. / Saunders, K.O. / Tatti, K.M. / Haynes, L.M. / Kwong, P.D. / Modjarrad, K. / Kong, W.P. / McLellan, J.S. / Denison, M.R. / Munster, V.J. / Mascola, J.R. / Graham, B.S.
履歴
登録2018年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein
B: Spike protein
C: Antibody CDC2-C2 heavy chain
D: Antibody CDC2-C2 light chain
H: Antibody CDC2-C2 heavy chain
L: Antibody CDC2-C2 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0869
ポリマ－148,4226
非ポリマー6643
水12,953719
1
A: Spike protein
C: Antibody CDC2-C2 heavy chain
D: Antibody CDC2-C2 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4324
ポリマ－74,2113
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28410 Å2
手法PISA
2
B: Spike protein
H: Antibody CDC2-C2 heavy chain
L: Antibody CDC2-C2 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6545
ポリマ－74,2113
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area29030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.819, 166.850, 184.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Spike protein


分子量: 25337.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0U2MS80, UniProt: K9N5Q8*PLUS
#2: 抗体 Antibody CDC2-C2 heavy chain


分子量: 25171.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Antibody CDC2-C2 light chain


分子量: 23702.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 6.5, 10% (vol/vol) 2-propanol, and 10% (wt/wt) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.652 Å / Num. obs: 107760 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 33.11 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.141.22352020.6950.511.33197.3
11.5-47.650.0677860.9950.030.07398.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XAK

4xak


解像度: 2.1→47.652 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 5384 5 %
Rwork0.1907 --
obs0.1925 107581 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.33 Å2 / Biso mean: 42.8555 Å2 / Biso min: 17.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→47.652 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9519 0 42 719 10280
Biso mean--74.87 46.28 -
残基数----1251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059804
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72813350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6445858
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.12390.32471780.25933309348797
2.1239-2.14890.30491760.25693354353097
2.1489-2.17510.31172030.25033313351696
2.1751-2.20260.30221770.24563342351997
2.2026-2.23160.28151480.24153366351496
2.2316-2.26210.29451970.23883334353196
2.2621-2.29450.26791600.22213179333993
2.2945-2.32870.25731900.223332352295
2.3287-2.36510.27921950.21563385358099
2.3651-2.40390.23032090.21313412362199
2.4039-2.44530.28261700.21423454362499
2.4453-2.48980.26571720.20163423359599
2.4898-2.53770.23951660.20323451361798
2.5377-2.58950.26011910.19873349354098
2.5895-2.64580.25431840.2033430361498
2.6458-2.70730.25151890.21033370355998
2.7073-2.7750.27551820.20693369355196
2.775-2.850.2361780.20613267344595
2.85-2.93390.2341730.20723468364199
2.9339-3.02860.22991720.20873487365999
3.0286-3.13680.2521920.20573443363599
3.1368-3.26230.24181880.19563429361798
3.2623-3.41080.2471650.19573465363097
3.4108-3.59050.24321640.19233441360597
3.5905-3.81540.19691790.17793382356196
3.8154-4.10990.21141690.173510367999
4.1099-4.52320.16291790.14233516369599
4.5232-5.1770.1562070.1383443365097
5.177-6.51980.2031700.17153506367696
6.5198-47.66420.22141610.19663668382996
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.17670.9288-0.3464.1318-1.09520.7332-0.18880.39980.0827-0.85670.0764-0.48690.2260.21650.09530.4102-0.07950.05610.2773-0.00950.31650.6504-11.4167-3.1875
27.74092.0648-2.01733.8234-1.6741.763-0.12991.56670.5336-0.55920.5824-0.4026-0.47850.0692-0.36060.497-0.09280.04530.50450.05240.3674-5.4974-6.6466-12.3913
37.0140.25272.01037.37980.54323.68740.03390.4030.4042-0.6007-0.0408-0.0675-0.19980.1573-0.02770.3417-0.0080.02940.2377-0.00430.2443-6.7397-4.3469-2.6672
46.1149-1.42172.09447.55033.22492.7447-0.1775-0.47251.1820.595-0.0393-0.4459-0.7725-0.78780.26510.47080.0354-0.01490.3205-0.0360.4342-12.3695-5.649910.2331
51.0647-1.4682.27842.1597-3.14524.8399-0.17630.01070.51910.3475-0.4409-0.3203-1.18810.54250.5070.526-0.089-0.08430.2537-0.01260.4877-3.53250.60458.7584
62.06891.4751.80361.40141.43063.48030.2359-0.20370.03780.2705-0.1908-0.13380.3556-0.261-0.03640.2677-0.01650.01660.2101-0.02230.2888-2.9484-11.025212.341
72.4913-0.39842.16650.22480.29914.3385-0.040.04210.19430.00160.0178-0.1076-0.13790.24040.03440.2783-0.08020.0190.207-0.04220.28081.45-10.328813.9052
85.01831.4052.20583.2120.68730.9955-0.3430.65550.1732-1.30710.39870.09170.3766-0.5663-0.04380.7173-0.1537-0.03340.35780.07740.4267-31.759714.4722-7.8299
93.04810.3364-0.21753.1099-1.1450.4343-0.00740.6827-0.174-0.45540.02060.29870.2997-0.6205-0.01110.3-0.07-0.02650.357-0.07480.3463-29.69958.3522-6.7093
104.5785-0.4417-1.53827.3807-0.3934.03140.02710.3503-0.371-0.4934-0.14680.09120.3852-0.21230.09610.29-0.02380.01320.2436-0.03630.293-25.30825.444-2.7965
115.16294.6664-5.0164.1844-4.49474.8961-0.2198-0.6009-0.7324-0.1593-0.104-0.55940.60230.63890.44370.37540.0073-0.01020.3349-0.02040.4456-21.59936.354211.3621
122.90280.1644-1.05771.36131.79624.5086-0.03480.1374-0.68610.4154-0.27270.03780.7427-0.22960.28540.2979-0.05670.01140.2008-0.02040.3877-25.95791.65492.7102
133.14841.6056-3.12561.1492-2.176.26280.0320.0045-0.01070.0141-0.04180.01980.0761-0.15890.01450.3103-0.0332-0.00890.1727-0.04220.3289-32.384910.729614.0589
143.3444-0.4048-2.97860.2639-0.20344.64480.2694-0.01060.10990.062-0.0442-0.0608-0.3222-0.0604-0.20520.2223-0.0675-0.01310.1964-0.0080.2852-32.853913.184614.1473
153.08290.3727-1.84892.9731-0.45176.1449-0.0815-0.25640.05580.28770.0578-0.0071-0.09330.1292-0.02810.24740.01910.00620.1925-0.02430.2195-1.9277-17.129846.7395
163.76933.6005-4.32493.5547-4.13756.4799-0.04580.70130.2869-0.05550.37650.3597-0.2743-0.7364-0.34210.28530.0196-0.00760.4413-0.01010.3737-9.1243-14.326938.8026
170.450.565-0.33190.7594-1.60536.02050.0345-0.03610.04940.07670.0799-0.01930.1058-0.0855-0.1160.28080.01390.01490.2111-0.04290.2796-3.0398-22.666154.2845
185.5367-0.81430.84574.2947-0.51826.14020.1479-0.1173-0.01970.2948-0.029-0.64220.43780.4045-0.07660.36760.03420.0220.2507-0.03020.30891.2201-31.410976.1069
191.9361-0.03030.7083.3993-3.38218.2547-0.1046-0.1628-0.3508-0.11160.16850.0850.7804-0.2555-0.04350.4273-0.01040.080.2653-0.05090.3247-0.699-39.852435.5458
200.8740.2712-0.36823.7571-1.66325.158-0.2172-0.1196-0.26830.06950.0624-0.42270.44740.46530.15010.35470.0750.07080.2687-0.02770.30644.9575-37.464842.2278
214.5641-1.1233-2.92562.87351.18053.43470.09070.0132-0.05190.6394-0.2235-0.08140.8013-0.38160.0630.7782-0.12510.00250.3677-0.00020.339-9.793-44.214774.2557
223.3517-0.3111-2.74654.06610.35795.10560.1328-0.206-0.40080.5531-0.35710.22411.0054-0.25180.22710.763-0.1589-0.03950.4411-0.03870.3143-9.5103-45.700572.3585
231.88980.07481.42492.83641.17465.4977-0.00350.1061-0.17320.06140.08540.0170.26760.0689-0.08170.1912-0.03170.02420.1763-0.00120.2192-28.099517.179844.0011
243.8241-2.3596-1.864.97781.73744.99070.129-0.1408-0.01480.25170.01550.2539-0.0432-0.0569-0.14260.2174-0.0373-0.04230.22050.03730.2266-28.332930.866277.064
251.1491-0.513-0.11374.38571.24177.34560.00290.08960.1242-0.436-0.070.0669-0.3066-0.0630.05950.23280.0137-0.0520.25890.04030.2559-35.158237.599138.5474
261.08030.17831.250.9810.01613.8144-0.0539-0.07710.0155-0.0197-0.01240.0183-0.239-0.27710.05240.2111-0.01540.00460.18140.04440.2384-29.633839.189257.9536
276.4467-1.00132.65791.6936-0.74031.3231-0.00480.15530.12110.0058-0.0863-0.0874-0.24330.18810.10420.3742-0.0049-0.0130.2603-0.00890.2229-18.512544.667969.2784
287.798-1.98686.34933.5153-2.15337.18560.0816-0.03850.15120.3517-0.2154-0.1864-0.45010.19820.12370.2857-0.04730.07020.239-0.00270.1682-19.966245.478373.2388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 381 through 404 )A381 - 404
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 405 through 418 )A405 - 418
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 419 through 447 )A419 - 447
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 448 through 462 )A448 - 462
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 463 through 476 )A463 - 476
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 477 through 515 )A477 - 515
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 516 through 578 )A516 - 578
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 380 through 395 )B380 - 395
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 396 through 418 )B396 - 418
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 419 through 447 )B419 - 447
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 448 through 467 )B448 - 467
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 468 through 483 )B468 - 483
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 484 through 528 )B484 - 528
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 529 through 578 )B529 - 578
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 52 )C1 - 52
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 53 through 72 )C53 - 72
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 73 through 145 )C73 - 145
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 146 through 214 )C146 - 214
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 2 through 32 )D2 - 32
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 33 through 113 )D33 - 113
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 114 through 155 )D114 - 155
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 156 through 212 )D156 - 212
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 1 through 111 )H1 - 111
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 112 through 214 )H112 - 214
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resid 2 through 75 )L2 - 75
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 76 through 128 )L76 - 128
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'L' and (resid 129 through 163 )L129 - 163
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'L' and (resid 164 through 212 )L164 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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