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Yorodumi- PDB-6c6z: Crystal structure of potent neutralizing antibody CDC2-C2 in comp... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6c6z | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of potent neutralizing antibody CDC2-C2 in complex with MERS-CoV S1 RBD | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / fusion glycoprotein / virus / ANTIVIRAL PROTEIN | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmembrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Wang, N. / McLellan, J.S. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J. Virol. / Year: 2018Title: Importance of Neutralizing Monoclonal Antibodies Targeting Multiple Antigenic Sites on the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Spike Glycoprotein To Avoid Neutralization Escape. Authors: Wang, L. / Shi, W. / Chappell, J.D. / Joyce, M.G. / Zhang, Y. / Kanekiyo, M. / Becker, M.M. / van Doremalen, N. / Fischer, R. / Wang, N. / Corbett, K.S. / Choe, M. / Mason, R.D. / Van Galen, ...Authors: Wang, L. / Shi, W. / Chappell, J.D. / Joyce, M.G. / Zhang, Y. / Kanekiyo, M. / Becker, M.M. / van Doremalen, N. / Fischer, R. / Wang, N. / Corbett, K.S. / Choe, M. / Mason, R.D. / Van Galen, J.G. / Zhou, T. / Saunders, K.O. / Tatti, K.M. / Haynes, L.M. / Kwong, P.D. / Modjarrad, K. / Kong, W.P. / McLellan, J.S. / Denison, M.R. / Munster, V.J. / Mascola, J.R. / Graham, B.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6c6z.cif.gz | 508.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6c6z.ent.gz | 417.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6c6z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6c6z_validation.pdf.gz | 489.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6c6z_full_validation.pdf.gz | 494.7 KB | Display | |
| Data in XML | 6c6z_validation.xml.gz | 50.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6c6z_validation.cif.gz | 72.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/6c6z | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6c6xC ![]() 6c6yC ![]() 4xakS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 25337.531 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: A0A0U2MS80, UniProt: K9N5Q8*PLUS#2: Antibody | Mass: 25171.232 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#3: Antibody | Mass: 23702.395 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.06 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: liquid diffusion / pH: 6.5 Details: 0.1 M Tris, pH 6.5, 10% (vol/vol) 2-propanol, and 10% (wt/wt) PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 9, 2017 | |||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.1→47.652 Å / Num. obs: 107760 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 33.11 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 8.3 | |||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 6.4 %
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4XAK Resolution: 2.1→47.652 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.35
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 124.33 Å2 / Biso mean: 42.8555 Å2 / Biso min: 17.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→47.652 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi




Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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