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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c5v | ||||||||||||
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タイトル | An anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection defines a site of vulnerability on Epstein-Barr virus | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Epstein-Barr virus / neutralizing antibodies / gH/gL / glycoproteins / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endosome membrane / carbohydrate binding / host cell Golgi apparatus / membrane => GO:0016020 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Snijder, J. / Ortego, M.S. / Weidle, C. / Stuart, A.B. / Gray, M.A. / McElrath, M.J. / Pancera, M. / Veesler, D. / McGuire, A.T. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2018 タイトル: An Antibody Targeting the Fusion Machinery Neutralizes Dual-Tropic Infection and Defines a Site of Vulnerability on Epstein-Barr Virus. 著者: Joost Snijder / Michael S Ortego / Connor Weidle / Andrew B Stuart / Matthew D Gray / M Juliana McElrath / Marie Pancera / David Veesler / Andrew T McGuire / 要旨: Epstein-Barr virus (EBV) is a causative agent of infectious mononucleosis and is associated with 200,000 new cases of cancer and 140,000 deaths annually. Subunit vaccines against this pathogen have ...Epstein-Barr virus (EBV) is a causative agent of infectious mononucleosis and is associated with 200,000 new cases of cancer and 140,000 deaths annually. Subunit vaccines against this pathogen have focused on the gp350 glycoprotein and remain unsuccessful. We isolated human antibodies recognizing the EBV fusion machinery (gH/gL and gB) from rare memory B cells. One anti-gH/gL antibody, AMMO1, potently neutralized infection of B cells and epithelial cells, the two major cell types targeted by EBV. We determined a cryo-electron microscopy reconstruction of the gH/gL-gp42-AMMO1 complex and demonstrated that AMMO1 bound to a discontinuous epitope formed by both gH and gL at the Domain-I/Domain-II interface. Integrating structural, biochemical, and infectivity data, we propose that AMMO1 inhibits fusion of the viral and cellular membranes. This work identifies a crucial epitope that may aid in the design of next-generation subunit vaccines against this major public health burden. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6c5v.cif.gz | 274 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6c5v.ent.gz | 218.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6c5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c5v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 77091.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 株: GD1 / 遺伝子: BXLF2, gH / 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K9US75 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15145.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 株: AG876 / 遺伝子: gL, BKRF2 / 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1HVF6 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 25356.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 株: GD1 / 遺伝子: BZLF2 / Cell (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C6Z5 |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#4: 抗体 | 分子量: 23982.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#5: 抗体 | 分子量: 23095.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 2種, 9分子
#6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#7: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72000 / 対称性のタイプ: POINT |