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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c5d | ||||||
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タイトル | N-terminal domain of Helicobacter pylori LlaJI.R1 | ||||||
![]() | LlaJI.R1 | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / B3 domain / restriction endonuclease | ||||||
機能・相同性 | ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATP hydrolysis activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / Putative restriction enzyme![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hosford, C.J. / Chappie, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of theHelicobacter pyloriLlaJI.R1 N-terminal domain provides a model for site-specific DNA binding. 著者: Hosford, C.J. / Chappie, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17006.238 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-137) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MMT, pH 6.5, 25% v/v PEG1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月21日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→83.97 Å / Num. obs: 152937 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.68 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.1 Å / 冗長度: 1.91 % / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 23180 / CC1/2: 0.709 / Rrim(I) all: 0.624 / % possible all: 90.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→83.97 Å
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