[日本語] English
万見
- PDB-6c5d: N-terminal domain of Helicobacter pylori LlaJI.R1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c5d
タイトルN-terminal domain of Helicobacter pylori LlaJI.R1
要素LlaJI.R1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / B3 domain / restriction endonuclease
機能・相同性: / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / ATP hydrolysis activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ATP binding / Restriction enzyme
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Hosford, C.J. / Chappie, J.S.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: The crystal structure of theHelicobacter pyloriLlaJI.R1 N-terminal domain provides a model for site-specific DNA binding.
著者: Hosford, C.J. / Chappie, J.S.
履歴
登録2018年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LlaJI.R1
D: LlaJI.R1
B: LlaJI.R1
C: LlaJI.R1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0254
ポリマ－68,0254
非ポリマー00
水4,414245
1
A: LlaJI.R1
B: LlaJI.R1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0122
ポリマ－34,0122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12700 Å2
手法PISA
2
D: LlaJI.R1
C: LlaJI.R1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0122
ポリマ－34,0122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.526, 43.771, 85.091
Angle α, β, γ (deg.)97.87, 93.86, 97.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
LlaJI.R1 / Putative restriction enzyme


分子量: 17006.238 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-137) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: jhp_0164 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZMQ4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MMT, pH 6.5, 25% v/v PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月21日
放射モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→83.97 Å / Num. obs: 152937 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.68 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.97→2.1 Å / 冗長度: 1.91 % / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 23180 / CC1/2: 0.709 / Rrim(I) all: 0.624 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→83.97 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs152937 93.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→83.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4124 0 0 245 4369

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る