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万見
- PDB-6c57: Crystal structure of mutant human geranylgeranyl pyrophosphate sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c57
タイトルCrystal structure of mutant human geranylgeranyl pyrophosphate synthase (Y246D) in complex with bisphosphonate inhibitor FV0109
要素Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ISOPRENOID PATHWAY / ISOPENTENYL TRANSFERASE / TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


isoprenoid metabolic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranylgeranyl diphosphate synthase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process ...isoprenoid metabolic process / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranylgeranyl diphosphate synthase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Z disc / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FV9 / Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Park, J. / Bin, X. / Vincent, F. / Tsantrizos, Y.S. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Unraveling the Prenylation-Cancer Paradox in Multiple Myeloma with Novel Geranylgeranyl Pyrophosphate Synthase (GGPPS) Inhibitors.
著者: Lacbay, C.M. / Waller, D.D. / Park, J. / Gomez Palou, M. / Vincent, F. / Huang, X.F. / Ta, V. / Berghuis, A.M. / Sebag, M. / Tsantrizos, Y.S.
履歴
登録2018年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
B: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3913
ポリマ－74,8532
非ポリマー5381
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.450, 185.450, 114.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: -2 - 294 / Label seq-ID: 20 - 316

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Geranylgeranyl pyrophosphate synthase / GGPPSase / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...GGPPSase / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Farnesyltranstransferase / Geranylgeranyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase


分子量: 37426.488 Da / 分子数: 2 / 変異: Y246D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GGPS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95749, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, dimethylallyltranstransferase, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)- ...参照: UniProt: O95749, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, dimethylallyltranstransferase, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-FV9 / {[(2-{3-[(4-fluorobenzene-1-carbonyl)amino]phenyl}thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]methylene}bis(phosphonic acid)


分子量: 538.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17FN4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 4.25% isopropanol, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.38052 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38052 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→97.24 Å / Num. obs: 12861 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 1.271 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 940 / Rpim(I) all: 0.385 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q80

2q80


解像度: 3.5→97.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 54.841 / SU ML: 0.381 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.524 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25221 669 5.2 %RANDOM
Rwork0.19802 ---
obs0.20085 12192 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 160.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å20 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3---4.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.5→97.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4108 0 35 5 4148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0011.9755774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1523.0018665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6325524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.44624.947190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.63115656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7351513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02851
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.74311.4432117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.74311.4442116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.90717.1712634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.90517.172635
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.48611.8942119
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.48411.8982120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.18517.6843141
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.9654984
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.9644985
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15920 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 56 -
Rwork0.269 884 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8166-0.5127-1.50661.96810.04886.1878-0.1397-0.5241-1.09630.3844-0.47150.18910.36650.58740.61120.55940.1484-0.00310.50750.30760.7143-37.740310.6242-39.103
28.48871.8633-3.54173.3431-1.93212.3961-0.1218-1.1015-0.31790.637-0.3681-0.35470.04450.54550.48990.520.19070.00160.34690.01390.1907-29.925526.1891-38.0353
36.59590.9285-2.49642.9828-0.36792.9223-0.1031-0.4491-0.83180.2597-0.3325-0.63930.0180.66610.43550.5080.1961-0.11080.5630.21810.3385-17.568119.7919-36.0277
43.2097-1.2048-2.553210.56151.41894.9290.0161-0.0228-0.08660.4033-0.1686-0.05280.0409-0.05350.15250.55720.1315-0.18080.69540.15990.467-18.628615.4263-20.3967
56.25971.3335-4.94493.2858-1.31984.7026-0.02850.40750.08050.3313-0.3010.5518-0.305-0.69350.32950.24010.1523-0.09740.3102-0.28860.3464-47.588330.5956-47.2598
62.4576-0.6253-0.86195.495410.331920.8838-0.37190.0961-0.4381-0.2178-0.26020.47180.0301-0.09730.63220.40780.06890.07960.2668-0.08570.3172-50.041512.3508-52.4256
71.58330.29472.15223.18873.70067.0280.31340.5288-0.1031-0.6784-0.40170.4268-0.0965-0.29360.08830.67510.0169-0.05590.8457-0.22090.6601-61.644220.1429-54.514
82.91621.44341.85793.90670.62621.3286-0.07830.4584-0.064-0.51240.32360.82730.062-0.0642-0.24520.79690.0409-0.24481.5741-0.20241.0185-70.888923.0793-60.5279
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3A157 - 265
4X-RAY DIFFRACTION4A266 - 295
5X-RAY DIFFRACTION5B-2 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6B117 - 138
7X-RAY DIFFRACTION7B139 - 221
8X-RAY DIFFRACTION8B222 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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