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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6c50 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmS | ||||||
Components | Cross-alpha Amyloid-like Structure alphaAmS | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / Protein Design / Cross-alpha Amyloid | ||||||
| Function / homology | FORMIC ACID Function and homology information | ||||||
| Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.503 Å | ||||||
Authors | Liu, L. / Zhang, S.Q. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2018Title: Designed peptides that assemble into cross-alpha amyloid-like structures. Authors: Zhang, S.Q. / Huang, H. / Yang, J. / Kratochvil, H.T. / Lolicato, M. / Liu, Y. / Shu, X. / Liu, L. / DeGrado, W.F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6c50.cif.gz | 2.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6c50.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 6c50.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6c50_validation.pdf.gz | 439.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6c50_full_validation.pdf.gz | 444.6 KB | Display | |
| Data in XML | 6c50_validation.xml.gz | 56.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 6c50_validation.cif.gz | 131 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/6c50 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6c4xC ![]() 6c4yC ![]() 6c4zC ![]() 6c51C ![]() 6c52C ![]() 6d02C ![]() 6o3nC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein/peptide | Mass: 2948.569 Da / Num. of mol.: 236 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.45 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 45% MPD, 0.2 M Na formate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11583 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 31, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.11583 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→152 Å / Num. obs: 632259 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.4 % / Net I/σ(I): 7.99 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.66 Å |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 2.503→151.474 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.88
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.503→151.474 Å
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| Refine LS restraints |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation











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