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万見
- PDB-6c4u: Engineered FHA with Myc-pTBD peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c4u
タイトルEngineered FHA with Myc-pTBD peptide
要素
  • Forkhead-associated 1
  • Myc-pTBD peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / FHA / Protein Engineering / Myc pT58 target
機能・相同性
機能・相同性情報


SCF ubiquitin ligase complex binding / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Myc-Max complex / RNA polymerase II transcription repressor complex / regulation of cell cycle process / regulation of somatic stem cell population maintenance / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / meiotic recombination checkpoint signaling ...SCF ubiquitin ligase complex binding / positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Myc-Max complex / RNA polymerase II transcription repressor complex / regulation of cell cycle process / regulation of somatic stem cell population maintenance / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / meiotic recombination checkpoint signaling / RUNX3 regulates WNT signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / negative regulation of cell division / negative regulation of monocyte differentiation / negative regulation of phosphorylation / transcription regulator activator activity / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / response to growth factor / dual-specificity kinase / regulation of telomere maintenance / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / fibroblast apoptotic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / protein-DNA complex disassembly / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / Signaling by ALK / E-box binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / DNA replication origin binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of DNA damage checkpoint / DNA replication initiation / chromosome organization / regulation of DNA repair / Cyclin E associated events during G1/S transition / core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / negative regulation of fibroblast proliferation / : / ERK1 and ERK2 cascade / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / transcription coregulator binding / positive regulation of epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / MAPK6/MAPK4 signaling / protein localization / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / cellular response to UV / MAPK cascade / positive regulation of fibroblast proliferation / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / intracellular iron ion homeostasis / Estrogen-dependent gene expression / protein dimerization activity / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Ub-specific processing proteases / protein kinase activity / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / phosphorylation / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / Myc amino-terminal region / Serine/threonine-protein kinase Rad53 / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain ...Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / Myc amino-terminal region / Serine/threonine-protein kinase Rad53 / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myc proto-oncogene protein / Serine/threonine-protein kinase RAD53
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kall, S.L. / Lavie, A.
引用ジャーナル: N Biotechnol / 年: 2018
タイトル: Generating a recombinant phosphothreonine-binding domain for a phosphopeptide of the human transcription factor, c-Myc.
著者: Venegas, L.A. / Kall, S.L. / Bankole, O. / Lavie, A. / Kay, B.K.
履歴
登録2018年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Forkhead-associated 1
C: Forkhead-associated 1
D: Forkhead-associated 1
E: Forkhead-associated 1
A: Forkhead-associated 1
F: Forkhead-associated 1
G: Myc-pTBD peptide
I: Myc-pTBD peptide
H: Myc-pTBD peptide
J: Myc-pTBD peptide
L: Myc-pTBD peptide
K: Myc-pTBD peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,17413
ポリマ－97,08212
非ポリマー921
水1,20767
1
F: Forkhead-associated 1
L: Myc-pTBD peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1802
ポリマ－16,1802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Forkhead-associated 1
H: Myc-pTBD peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2723
ポリマ－16,1802
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
3
C: Forkhead-associated 1
I: Myc-pTBD peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1802
ポリマ－16,1802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
4
D: Forkhead-associated 1
J: Myc-pTBD peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1802
ポリマ－16,1802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7370 Å2
手法PISA
5
E: Forkhead-associated 1
K: Myc-pTBD peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1802
ポリマ－16,1802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
6
A: Forkhead-associated 1
G: Myc-pTBD peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1802
ポリマ－16,1802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.180, 72.370, 280.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-101-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
12B
22D
13B
23E
14B
24A
15B
25F
16C
26D
17C
27E
18C
28A
19C
29F
110D
210E
111D
211A
112D
212F
113E
213A
114E
214F
115A
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLEULEUBA31 - 1553 - 127
21ASNASNLEULEUCB31 - 1553 - 127
12GLUGLUSERSERBA30 - 1542 - 126
22GLUGLUSERSERDC30 - 1542 - 126
13ASNASNLEULEUBA31 - 1553 - 127
23ASNASNLEULEUED31 - 1553 - 127
14GLUGLULEULEUBA30 - 1552 - 127
24GLUGLULEULEUAE30 - 1552 - 127
15ASNASNLEULEUBA31 - 1553 - 127
25ASNASNLEULEUFF31 - 1553 - 127
16ASNASNSERSERCB31 - 1543 - 126
26ASNASNSERSERDC31 - 1543 - 126
17ASNASNGLNGLNCB31 - 1573 - 129
27ASNASNGLNGLNED31 - 1573 - 129
18ASNASNLEULEUCB31 - 1553 - 127
28ASNASNLEULEUAE31 - 1553 - 127
19ASNASNLEULEUCB31 - 1553 - 127
29ASNASNLEULEUFF31 - 1553 - 127
110ASNASNSERSERDC31 - 1543 - 126
210ASNASNSERSERED31 - 1543 - 126
111GLUGLUSERSERDC30 - 1542 - 126
211GLUGLUSERSERAE30 - 1542 - 126
112ASNASNSERSERDC31 - 1543 - 126
212ASNASNSERSERFF31 - 1543 - 126
113ASNASNLEULEUED31 - 1553 - 127
213ASNASNLEULEUAE31 - 1553 - 127
114ASNASNLEULEUED31 - 1553 - 127
214ASNASNLEULEUFF31 - 1553 - 127
115ASNASNLEULEUAE31 - 1553 - 127
215ASNASNLEULEUFF31 - 1553 - 127

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
Forkhead-associated 1


分子量: 15134.141 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22216*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Myc-pTBD peptide


分子量: 1046.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01106*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.4 M Sodium Malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→140.18 Å / Num. obs: 47879 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.96 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/av σ(I): 16.08 / Net I/σ(I): 16.08
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 5.78 % / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / CC1/2: 0.867 / % possible all: 90.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1g6g

1g6g


解像度: 2.6→140.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 24.505 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2791 2140 4.9 %RANDOM
Rwork0.23274 ---
obs0.2349 41567 97.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.95 Å20 Å20 Å2
2--10.91 Å20 Å2
3----8.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→140.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6408 0 6 67 6481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196527
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.9818858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.994314443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2215795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.53825.385286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.076151172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.141530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.6169.3423216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.6169.3423215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.48713.9913999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.48513.9914000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.8089.8283311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.8069.8293311
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.97214.5014859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.0636881
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.0596881
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B75440.1
12C75440.1
21B75000.1
22D75000.1
31B75900.1
32E75900.1
41B76040.1
42A76040.1
51B75660.09
52F75660.09
61C75020.1
62D75020.1
71C78640.08
72E78640.08
81C76100.09
82A76100.09
91C74540.1
92F74540.1
101D75180.1
102E75180.1
111D75240.1
112A75240.1
121D73540.1
122F73540.1
131E76960.08
132A76960.08
141E75260.1
142F75260.1
151A75280.1
152F75280.1
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.521 133 -
Rwork0.509 3087 -
obs--99.72 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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