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万見
- PDB-6c48: Crystal structure of B-Myb-LIN9-LIN52 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c48
タイトルCrystal structure of B-Myb-LIN9-LIN52 complex
要素
  • Myb-related protein B
  • Protein lin-52 homolog
  • Protein lin-9 homolog
キーワードCELL CYCLE/DNA Binding / Myb / B-Myb / LIN52 / LIN9 / MMB / MuvB / CELL CYCLE / CELL CYCLE-DNA Binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DRM complex / Myb complex / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / G0 and Early G1 / mitotic spindle assembly ...DRM complex / Myb complex / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / G0 and Early G1 / mitotic spindle assembly / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / transcription repressor complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein LIN52 / Retinal tissue protein / Protein LIN-9/Protein ALWAYS EARLY / DIRP domain / LIN-9, C-terminal / DIRP / LIN9 C-terminal / DIRP / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal ...Protein LIN52 / Retinal tissue protein / Protein LIN-9/Protein ALWAYS EARLY / DIRP domain / LIN-9, C-terminal / DIRP / LIN9 C-terminal / DIRP / C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / : / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Myb-related protein B / Protein lin-52 homolog / Protein lin-9 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Guiley, K.Z. / Tripathi, S.M. / Rubin, S.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F31CA206244 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA132685 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural mechanism of Myb-MuvB assembly.
著者: Guiley, K.Z. / Iness, A.N. / Saini, S. / Tripathi, S. / Lipsick, J.S. / Litovchick, L. / Rubin, S.M.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein lin-9 homolog
D: Protein lin-9 homolog
F: Myb-related protein B
C: Myb-related protein B
B: Protein lin-52 homolog
E: Protein lin-52 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1368
ポリマ－50,9446
非ポリマー1922
水1,49583
1
A: Protein lin-9 homolog
C: Myb-related protein B
B: Protein lin-52 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5684
ポリマ－25,4723
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area10040 Å2
手法PISA
2
D: Protein lin-9 homolog
F: Myb-related protein B
E: Protein lin-52 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5684
ポリマ－25,4723
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.760, 30.770, 105.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein lin-9 homolog / hLin-9 / Beta subunit-associated regulator of apoptosis / TUDOR gene similar protein / Type I ...hLin-9 / Beta subunit-associated regulator of apoptosis / TUDOR gene similar protein / Type I interferon receptor beta chain-associated protein / pRB-associated protein


分子量: 13999.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIN9, BARA, TGS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TKA1
#2: タンパク質・ペプチド Myb-related protein B / B-Myb / Myb-like protein 2


分子量: 3649.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYBL2, BMYB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10244
#3: タンパク質 Protein lin-52 homolog


分子量: 7823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIN52, C14orf46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52LA3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM citric acid 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→59.86 Å / Num. obs: 16249 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.32→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.528 / Num. unique all: 14701 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.218

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.32→59.857 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 761 4.69 %
Rwork0.2171 --
obs0.2194 16234 94.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→59.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2732 0 10 83 2825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1033694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.8411740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.318-2.4970.34251370.2452984X-RAY DIFFRACTION92
2.497-2.74830.28781520.23493036X-RAY DIFFRACTION94
2.7483-3.1460.27931460.22753069X-RAY DIFFRACTION94
3.146-3.96350.25661690.19653144X-RAY DIFFRACTION96
3.9635-59.87740.23511570.21433240X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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