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- PDB-6c40: CheY41PyTyrD54K from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c40
タイトルCheY41PyTyrD54K from Thermotoga maritima
要素Chemotaxis protein CheY
キーワードSIGNALING PROTEIN / CheY / Chemotaxis / PyTyr
機能・相同性
機能・相同性情報


archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Merz, G.E. / Muok, A.R. / Crane, B.R.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM066775 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079679 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122535 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103521 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008267 米国
引用ジャーナル: J Phys Chem B / 年: 2018
タイトル: Site-Specific Incorporation of a Cu2+Spin Label into Proteins for Measuring Distances by Pulsed Dipolar Electron Spin Resonance Spectroscopy.
著者: Merz, G.E. / Borbat, P.P. / Muok, A.R. / Srivastava, M. / Bunck, D.N. / Freed, J.H. / Crane, B.R.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Chemotaxis protein CheY
D: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5588
ポリマ－26,1772
非ポリマー3816
水1448
1
B: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子

D: Chemotaxis protein CheY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5588
ポリマ－26,1772
非ポリマー3816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.634, 34.816, 58.547
Angle α, β, γ (deg.)98.800, 104.420, 100.330
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B
21chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain BB2 - 204
211chain DD2 - 204

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要素

#1: タンパク質 Chemotaxis protein CheY


分子量: 13088.591 Da / 分子数: 2 / 変異: E41PyTyr, D54K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: cheY, TM_0700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56312
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES pH 7, ammonium sulfate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 6625 / % possible obs: 55.3 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.134 / Rrim(I) all: 0.233 / Χ2: 3.536 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 19710
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2% possible allRmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.94-1.971500.6935.5
1.97-2.011687.5
2.01-2.05110411.4
2.05-2.09112213.20.5030.5030.7110.034
2.09-2.1411380.14315.70.5730.5730.810.43
2.14-2.1812150.56422.91.8561.8562.6250.369
2.18-2.241.12470.56427.60.4950.4780.6890.279
2.24-2.31.12940.00232.51.4761.3171.9860.748
2.3-2.371.13880.43942.51.1791.061.5910.465
2.37-2.441.25070.47355.20.5650.5070.7630.387
2.44-2.531.46010.342670.6950.6160.9330.492
2.53-2.631.56940.63876.60.5610.4840.7440.657
2.63-2.751.77350.69380.50.6390.5310.8360.675
2.75-2.91.97810.60985.10.5490.4460.7120.806
2.9-3.082.28580.64593.80.4690.370.6011.167
3.08-3.322.58630.85894.80.3450.2520.431.746
3.32-3.652.68340.8793.10.2710.1940.3363.052
3.65-4.182.68680.90995.10.2010.1440.2494.218
4.18-5.262.68440.94493.50.1520.1090.1885.407
5.26-502.68420.93292.10.1620.1110.1979.307

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 4TMY

4tmy


解像度: 2.7→33.507 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 35.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2955 635 10.18 %
Rwork0.2171 5604 -
obs0.225 6239 91.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.94 Å2 / Biso mean: 67.2719 Å2 / Biso min: 38.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→33.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1782 0 6 8 1796
Biso mean--95.09 61.26 -
残基数----236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7572418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4251124
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B1048X-RAY DIFFRACTION13.625TORSIONAL
12D1048X-RAY DIFFRACTION13.625TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7002-2.90860.37571180.27791037115584
2.9086-3.20110.3571280.26381135126394
3.2011-3.66380.31261270.22741148127593
3.6638-4.61410.27621350.20631148128395
4.6141-33.50960.27531270.20071136126392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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