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- PDB-6c3d: O2-, PLP-dependent L-arginine hydroxylase RohP quinonoid II complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c3d
タイトルO2-, PLP-dependent L-arginine hydroxylase RohP quinonoid II complex
要素Uncharacterized protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / O2- / PLP-dependent hydroxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EMS / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aminotransferase class I/classII large domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces cattleya (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Hedges, J.B. / Ryan, K.S.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2016-03778 カナダ
Alfred P. Sloan FoundationFG-20166503 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Snapshots of the Catalytic Cycle of an O2, Pyridoxal Phosphate-Dependent Hydroxylase.
著者: Hedges, J.B. / Kuatsjah, E. / Du, Y.L. / Eltis, L.D. / Ryan, K.S.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,22117
ポリマ－94,5672
非ポリマー1,65415
水15,259847
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.010, 112.560, 102.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-851-

HOH

21B-935-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 47283.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (strain ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057) (バクテリア)
株: ATCC 35852 / DSM 46488 / JCM 4925 / NBRC 14057 / NRRL 8057
遺伝子: SCATT_03970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8WNK6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-EMS / (2E,3E)-5-carbamimidamido-2-{[(Z)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4(1H)-ylidene}methyl]imino}pent-3-enoic acid


分子量: 401.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N5O7P
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7, 16-20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→64.41 Å / Num. obs: 127676 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.94 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 485514 / Scaling rejects: 204
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.55-1.583.60.6232283562660.7020.3810.7322.198.7
8.49-64.413.70.04228907910.9960.0260.04920.697.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DJ1

5dj1


解像度: 1.55→64.409 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1856 6519 5.11 %
Rwork0.1599 121138 -
obs0.1612 127657 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.54 Å2 / Biso mean: 24.9075 Å2 / Biso min: 8.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→64.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6051 0 109 847 7007
Biso mean--31.83 36.41 -
残基数----755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8468661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.195902
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.56760.24562200.24164015423599
1.5676-1.58610.2492130.22983920413398
1.5861-1.60540.24192360.22684017425399
1.6054-1.62570.22652080.20673987419599
1.6257-1.64710.23762050.20744047425299
1.6471-1.66970.21752360.19583979421599
1.6697-1.69360.22451980.19013987418599
1.6936-1.71880.22942140.1894079429399
1.7188-1.74570.23052100.189939754185100
1.7457-1.77430.24282030.1874021422499
1.7743-1.80490.20632230.18094039426299
1.8049-1.83770.20282020.17264038424099
1.8377-1.87310.20142260.16940064232100
1.8731-1.91130.19682080.167340624270100
1.9113-1.95290.20392040.168840474251100
1.9529-1.99830.18872390.165540094248100
1.9983-2.04830.19412310.163840304261100
2.0483-2.10370.17412070.154640324239100
2.1037-2.16560.17252360.149140424278100
2.1656-2.23550.18242140.152940384252100
2.2355-2.31540.17462310.151540664297100
2.3154-2.40810.17052270.158240184245100
2.4081-2.51770.18911920.158141154307100
2.5177-2.65040.17862280.15640554283100
2.6504-2.81650.18591940.160940954289100
2.8165-3.03390.20062150.157240554270100
3.0339-3.33930.16082190.148940764295100
3.3393-3.82240.1652180.145940944312100
3.8224-4.81560.16142370.128140624299100
4.8156-64.46510.17782250.15884132435799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.389-0.08-0.11080.8216-0.28261.31210.24850.2435-0.4193-0.3716-0.34480.07940.2736-0.06260.09980.33140.17560.03930.3685-0.03880.1509-7.762744.989710.8222
22.5615-1.45520.06321.75920.34721.06080.13720.1550.2979-0.0683-0.1168-0.158-0.15090.0801-0.00590.14330.04280.03650.10950.03910.1405-5.561361.14224.6377
33.3469-0.0137-0.51540.6763-0.58941.8210.09870.0738-0.18-0.0849-0.05180.0495-0.02080.0056-0.04010.09580.042-0.00380.0487-0.00680.1132-16.94145.928536.6688
41.3427-0.32990.40341.2523-0.61381.71110.0502-0.0383-0.0351-0.05590.02580.0995-0.0487-0.2055-0.06620.08460.0368-0.010.1282-0.0070.1376-28.133252.008533.7234
51.3913-0.3067-0.11832.3799-1.34123.31580.09890.18110.0514-0.2351-0.08710.0825-0.0842-0.1091-0.03130.14210.0732-0.00660.14640.00270.1447-22.204758.393625.2312
61.0661-0.3357-0.17130.7105-0.04420.82630.11560.17330.1041-0.1591-0.1044-0.0298-0.10080.00070.00670.13890.04870.01420.11080.01430.1251-9.095656.16425.7063
72.62650.82860.92851.66740.81551.20850.1570.6322-0.0717-0.476-0.13520.2469-0.0452-0.38510.03290.32510.1409-0.1070.3885-0.07480.2389-29.467648.12118.5549
80.01290.14470.01711.76280.39920.79950.25490.3601-0.761-0.130.06720.75380.7071-0.36760.30670.4313-0.0303-0.21510.2789-0.20430.6337-33.497732.668214.1205
90.41230.06640.61721.66661.41984.69770.1910.3455-0.2907-0.2954-0.10060.31530.7628-0.13440.02990.3360.0864-0.14270.3255-0.14920.3749-27.780236.747213.4726
102.0216-0.08590.2873.89094.00635.96370.1317-0.06210.44570.1482-0.2610.235-0.1938-0.53590.11860.24090.0650.03580.3120.08760.348912.603352.591828.8344
110.7425-0.36280.13110.5915-0.39110.79220.08850.1659-0.0615-0.1843-0.09620.04340.04550.0063-0.00460.15120.0611-0.00480.1386-0.01590.12610.865735.468125.1825
123.9065-1.3077-0.58062.86140.62111.0575-0.0276-0.3012-0.02480.17990.058-0.11040.16830.2131-0.03350.11470.0386-0.00930.13380.02010.107811.181526.821847.2987
131.1464-0.0652-0.07141.6304-0.30611.02240.03770.1114-0.1355-0.0704-0.0512-0.06350.09950.11250.01750.12570.05960.01360.1225-0.00550.13513.032326.168534.6619
140.887-0.34450.07660.6315-0.13620.65470.08990.1894-0.089-0.146-0.09750.02010.08620.04440.01580.16570.0723-0.00740.1384-0.02790.11212.23832.138923.5172
151.31890.66330.32431.29160.50332.41380.07380.15110.1068-0.1121-0.098-0.3103-0.06890.4281-0.01390.11950.04870.04760.26130.04540.225226.814342.848230.6927
161.5270.3433-0.58331.7098-0.27241.67580.2333-0.03140.33020.0525-0.0865-0.1228-0.32660.2223-0.09940.1172-0.01620.02830.13860.00690.180318.840350.087642.0999
176.16072.2046-0.36317.1591-1.44255.60750.2529-0.0310.9996-0.0466-0.1088-0.3669-0.33160.3702-0.07230.1525-0.05410.10530.24080.02780.468428.058256.683533.1866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 59 )A15 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 93 )A60 - 93
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 119 )A94 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 190 )A120 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 191 through 215 )A191 - 215
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 216 through 288 )A216 - 288
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 289 through 321 )A289 - 321
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 322 through 344 )A322 - 344
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 345 through 390 )A345 - 390
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 15 through 40 )B15 - 40
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 41 through 132 )B41 - 132
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 133 through 163 )B133 - 163
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 164 through 215 )B164 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 216 through 288 )B216 - 288
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 289 through 321 )B289 - 321
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 322 through 373 )B322 - 373
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 374 through 391 )B374 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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