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- PDB-6c37: Mycobacterium smegmatis RimJ in complex with CoA-disulfide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c37
タイトルMycobacterium smegmatis RimJ in complex with CoA-disulfide
要素Acetyltransferase, GNAT family protein
キーワードTRANSFERASE / GNAT / N-acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


[ribosomal protein uS5]-alanine N-acetyltransferase / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5NG / [ribosomal protein uS5]-alanine N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.696 Å
データ登録者Favrot, L. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI060899 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Characterization of Mycobacterium smegmatis RimJ, an N-acetyltransferase protein
著者: Favrot, L. / Hegde, S.S. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase, GNAT family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5752
ポリマ－23,0411
非ポリマー1,5331
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.131, 64.131, 230.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-515-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acetyltransferase, GNAT family protein


分子量: 23041.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5469 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R3G9
#2: 化合物 ChemComp-5NG / [[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyldisulfanyl]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate / CoA-disulfide


分子量: 1533.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H70N14O32P6S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 mM sodium chloride, 0.1 M sodium potassium phosphate (pH 6.2) and 10 % w/v polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.696→50 Å / Num. obs: 53962 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 11.5 % / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.696→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.961 / CC1/2: 0.755

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.696→31.761 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 1475 5.03 %
Rwork0.1922 --
obs0.1933 53957 91.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.696→31.761 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1621 0 74 201 1896
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0062385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.159989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6955-1.72630.31031500.2712864X-RAY DIFFRACTION97
1.7263-1.75950.2931470.24562819X-RAY DIFFRACTION97
1.7595-1.79540.2831520.24122870X-RAY DIFFRACTION97
1.7954-1.83450.21311610.22282882X-RAY DIFFRACTION97
1.8345-1.87710.30151480.24952851X-RAY DIFFRACTION97
1.8771-1.92410.3329590.26631150X-RAY DIFFRACTION97
1.9241-1.97610.34871340.32472556X-RAY DIFFRACTION87
1.9761-2.03420.24611500.20042868X-RAY DIFFRACTION98
2.0342-2.09990.25251550.21652901X-RAY DIFFRACTION98
2.0999-2.17490.23151510.18982876X-RAY DIFFRACTION98
2.1749-2.2620.1915960.19861731X-RAY DIFFRACTION98
2.262-2.36490.24211460.20742798X-RAY DIFFRACTION96
2.3649-2.48950.25811490.19062899X-RAY DIFFRACTION99
2.4895-2.64540.25821480.20832917X-RAY DIFFRACTION99
2.6454-2.84960.21691570.20242907X-RAY DIFFRACTION99
2.8496-3.13610.23691560.18692915X-RAY DIFFRACTION99
3.1361-3.58940.22681520.1842951X-RAY DIFFRACTION99
3.5894-4.52020.13181460.15022578X-RAY DIFFRACTION88
4.5202-31.76630.15881560.1652911X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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