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- PDB-6c36: Mycobacterium smegmatis flap endonuclease mutant D208N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c36
タイトルMycobacterium smegmatis flap endonuclease mutant D208N
要素5'-3' exonuclease
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Mycobacterium DNA flab endonuclease FenA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication, Okazaki fragment processing / 5'-flap endonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / 5'-3' exonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shuman, S. / Goldgur, Y. / Carl, A. / Uson, M.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI64693 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103403 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)HEI-S10RR029205 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure and mutational analysis of Mycobacterium smegmatis FenA highlight active site amino acids and three metal ions essential for flap endonuclease and 5' exonuclease activities.
著者: Uson, M.L. / Carl, A. / Goldgur, Y. / Shuman, S.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-3' exonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2175
ポリマ－33,9571
非ポリマー2604
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.103, 39.837, 68.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 5'-3' exonuclease


分子量: 33957.391 Da / 分子数: 1 / 変異: D208N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEI_3793 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7GAS0
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 48509 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 20.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.378 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.9→38.211 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2077 3756 7.79 %
Rwork0.1701 --
obs0.173 48502 96.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.211 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2376 0 8 319 2703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9193324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.891479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8908-1.91470.3878960.31371291X-RAY DIFFRACTION73
1.9147-1.93990.33441140.31121500X-RAY DIFFRACTION91
1.9399-1.96650.35631530.2671627X-RAY DIFFRACTION93
1.9665-1.99460.33651300.25051621X-RAY DIFFRACTION96
1.9946-2.02430.26841530.22691655X-RAY DIFFRACTION96
2.0243-2.0560.20041180.23051666X-RAY DIFFRACTION97
2.056-2.08970.22351340.21941701X-RAY DIFFRACTION97
2.0897-2.12570.25471850.21261599X-RAY DIFFRACTION97
2.1257-2.16440.23541280.20461661X-RAY DIFFRACTION96
2.1644-2.2060.2191300.19291679X-RAY DIFFRACTION95
2.206-2.2510.24421550.19111670X-RAY DIFFRACTION98
2.251-2.30.1931260.19211661X-RAY DIFFRACTION99
2.3-2.35340.23411510.17971720X-RAY DIFFRACTION99
2.3534-2.41230.20241460.17531710X-RAY DIFFRACTION98
2.4123-2.47750.22911540.1731721X-RAY DIFFRACTION99
2.4775-2.55040.19841390.16721665X-RAY DIFFRACTION98
2.5504-2.63270.21761490.16181724X-RAY DIFFRACTION99
2.6327-2.72680.22281420.16541647X-RAY DIFFRACTION97
2.7268-2.83590.21331270.16851691X-RAY DIFFRACTION96
2.8359-2.96490.20961510.15351658X-RAY DIFFRACTION99
2.9649-3.12120.19691480.16611668X-RAY DIFFRACTION99
3.1212-3.31660.20031450.16121762X-RAY DIFFRACTION99
3.3166-3.57250.16941490.14461688X-RAY DIFFRACTION99
3.5725-3.93170.20171380.12731719X-RAY DIFFRACTION98
3.9317-4.49990.16211510.11831607X-RAY DIFFRACTION96
4.4999-5.66640.14041390.1411732X-RAY DIFFRACTION99
5.6664-38.21910.18291290.16581679X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.5734 Å / Origin y: 25.1497 Å / Origin z: 19.033 Å
111213212223313233
T0.1199 Å20.0102 Å2-0.0035 Å2-0.102 Å2-0.0033 Å2--0.1068 Å2
L0.731 °20.1913 °2-0.0606 °2-0.5147 °2-0.1316 °2--0.7425 °2
S-0.0138 Å °0.0676 Å °-0.0246 Å °-0.023 Å °-0.0015 Å °-0.0381 Å °-0.0052 Å °0.0518 Å °0.0156 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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