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- PDB-6c31: Crystal structure of TetR family protein Rv0078 in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c31
タイトルCrystal structure of TetR family protein Rv0078 in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
  • TetR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Rv0078 / DNA / TetR family / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Probable transcriptional regulatory protein / Probable transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hsu, H.C. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI070285 米国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: Cytokinin Signaling in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Samanovic, M.I. / Hsu, H.C. / Jones, M.B. / Jones, V. / McNeil, M.R. / Becker, S.H. / Jordan, A.T. / Strnad, M. / Xu, C. / Jackson, M. / Li, H. / Darwin, K.H.
履歴
登録2018年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
C: TetR family transcriptional regulator
D: TetR family transcriptional regulator
E: TetR family transcriptional regulator
F: TetR family transcriptional regulator
G: TetR family transcriptional regulator
H: TetR family transcriptional regulator
I: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*A)-3')
K: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,06612
ポリマ－216,06612
非ポリマー00
水00
1
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator
C: TetR family transcriptional regulator
D: TetR family transcriptional regulator
K: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0336
ポリマ－108,0336
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area38470 Å2
手法PISA
2
E: TetR family transcriptional regulator
F: TetR family transcriptional regulator
G: TetR family transcriptional regulator
H: TetR family transcriptional regulator
I: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*C)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0336
ポリマ－108,0336
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13830 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area38720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.039, 80.040, 186.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
TetR family transcriptional regulator / Rv0078


分子量: 23477.922 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: LH57_00450 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L0T5M0, UniProt: O53623*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量: 7049.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*A)-3')


分子量: 7071.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月7日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→28.74 Å / Num. obs: 46330 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.4 % / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Rpim(I) all: 0.474

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5WM9

5wm9


解像度: 3→28.495 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 4556 9.89 %random
Rwork0.2019 ---
obs0.2065 46083 94.42 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→28.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11879 1760 0 0 13639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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