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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c2x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis malate synthase in complex with 2-Br-6-Me-phenyldiketoacid | ||||||
![]() | Malate synthase G | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / Acetyltransferase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate catabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding ...host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / coenzyme A metabolic process / glyoxylate catabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding / laminin binding / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krieger, I.V. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Anion-pi Interactions in Computer-Aided Drug Design: Modeling the Inhibition of Malate Synthase by Phenyl-Diketo Acids. 著者: Ellenbarger, J.F. / Krieger, I.V. / Huang, H.L. / Gomez-Coca, S. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. / Wheeler, S.E. / Dunbar, K.R. #1: ![]() タイトル: Structure-guided discovery of phenyl-diketo acids as potent inhibitors of M. tuberculosis malate synthase. 著者: Krieger, I.V. / Freundlich, J.S. / Gawandi, V.B. / Roberts, J.P. / Sun, Q. / Owen, J.L. / Fraile, M.T. / Huss, S.I. / Lavandera, J.L. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6apzC ![]() 6as6C ![]() 6asuC ![]() 6au9C ![]() 6axbC ![]() 6ba7C ![]() 6bu1C ![]() 6c6oC ![]() 6c7bC ![]() 6c8pC ![]() 6dkoC ![]() 6dl9C ![]() 6dljC ![]() 6dnpC ![]() 1n8iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80456.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A5U3K4, UniProt: P9WK17*PLUS, malate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-EHV / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.08 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, TRIS-HCL, MgCl2 / PH範囲: 7.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22589 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 1.374 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 146 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1N8I 解像度: 2.6→39.76 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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