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- PDB-6c1q: Crystal structure of human C5a receptor in complex with an orthos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c1q
タイトルCrystal structure of human C5a receptor in complex with an orthosteric antagonist PMX53 and an allosteric antagonist NDT9513727
要素
  • PMX53
  • Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / sensory perception of chemical stimulus / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of macrophage chemotaxis / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production ...complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / complement component C5a receptor activity / response to peptidoglycan / sensory perception of chemical stimulus / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of macrophage chemotaxis / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular defense response / neutrophil chemotaxis / astrocyte activation / Peptide ligand-binding receptors / secretory granule membrane / Regulation of Complement cascade / positive regulation of epithelial cell proliferation / mRNA transcription by RNA polymerase II / microglial cell activation / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / cognition / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / apical part of cell / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / basolateral plasma membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PMX53 / Chem-9P2 / Soluble cytochrome b562 / C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, H. / Wang, L. / Wei, Z. / Zhang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Orthosteric and allosteric action of the C5a receptor antagonists.
著者: Liu, H. / Kim, H.R. / Deepak, R.N.V.K. / Wang, L. / Chung, K.Y. / Fan, H. / Wei, Z. / Zhang, C.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera
L: PMX53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9783
ポリマ－48,4052
非ポリマー5741
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.369, 52.558, 84.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera / Cytochrome b-562 / C5a anaphylatoxin chemotactic receptor / C5aR


分子量: 47505.480 Da / 分子数: 1
断片: cytochrome (UNP residues 23-127) + C5a receptor (UNP residues 30-331)
変異: M29W, H124I, R128L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, C5AR1, C5AR, C5R1 / プラスミド: pFastbac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P21730
#2: タンパク質・ペプチド PMX53


タイプ: Cyclic peptide / 分子量: 899.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: PMX53
#3: 化合物 ChemComp-9P2 / 1-(1,3-benzodioxol-5-yl)-~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-~{N}-[(3-butyl-2,5-diphenyl-imidazol-4-yl)methyl]methanamine


分子量: 573.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H35N3O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: 25-35% PEG300, 100 mM MES, pH 6.5, 80-150 mM sodium malonate, 0.5% P400, 5 uM NDT, 5 uM PMX53

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月15日
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 10290 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 83.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.399 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.956.10.554180.870.2030.590.46468.5
2.95-36.30.5793910.8690.2170.6210.43968.6
3-3.067.40.5294320.9180.1830.5620.47970.4
3.06-3.127.60.4364420.9390.1450.4610.49474.4
3.12-3.197.80.4174260.9530.1390.4410.52673.3
3.19-3.278.70.3694750.9670.1180.3890.50578.8
3.27-3.358.40.3144860.9760.0990.330.58681.7
3.35-3.448.20.2685150.9810.0860.2820.67585.7
3.44-3.548.40.2445160.980.0770.2570.85486
3.54-3.657.70.2085170.9870.0690.220.93790.4
3.65-3.787.70.1835590.9870.060.1931.13791.5
3.78-3.937.40.1525610.9910.0510.1611.4193.7
3.93-4.117.20.1385670.9890.0490.1471.69493
4.11-4.336.70.1225570.990.0450.1312.08493
4.33-4.65.70.1095490.9950.0440.1182.40292.3
4.6-4.957.20.1025660.9960.0360.1092.37194.3
4.95-5.458.20.0995770.9970.0320.1052.20495.4
5.45-6.238.20.0985850.9950.0320.1032.05994.7
6.23-7.837.60.0795700.9970.0270.0842.43993.3
7.83-307.10.0575810.9950.020.063.06390.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→29.413 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 39.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 516 5.1 %
Rwork0.2417 9592 -
obs0.244 10108 85.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 317.7 Å2 / Biso mean: 116.8028 Å2 / Biso min: 37.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→29.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2875 0 43 0 2918
Biso mean--73.17 --
残基数----381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7794096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4721006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9002-3.19180.41241080.34791969207772
3.1918-3.65290.34921280.27962362249085
3.6529-4.59940.29931420.22252576271893
4.5994-29.41410.24531380.22812685282393
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.35881.5032-0.94674.8208-0.23335.8976-0.51160.2782-0.2805-0.40980.2003-0.86180.37091.50420.3780.86080.07040.08540.9776-0.02010.70269.321726.347937.5163
23.9991-1.282-3.18535.99972.3724.3122-0.2838-0.4085-0.03140.80590.09520.08451.3320.43670.18860.677-0.0055-0.17370.5542-0.02030.5579-7.474424.051244.1528
38.5953-0.9781-6.50443.60091.2425.56480.93712.2353-0.8803-0.0155-0.91090.2988-0.7594-0.5804-0.15971.42980.054-0.06631.0928-0.09850.5354-0.38427.186314.8736
46.62480.428-1.30878.83243.27592.3427-0.1223-0.19520.02260.6283-0.35540.4162-0.5666-0.440.5560.43140.0148-0.00850.40380.04030.4437-11.658636.949643.3363
54.0767-0.1704-0.20685.4415-0.94352.0593-0.269-0.06930.0338-0.28970.2175-0.4947-0.91820.96370.23150.8564-0.19940.04590.6401-0.04970.56212.482836.477739.565
62.1607-1.6356-0.2988.2343-2.92386.60361.1818-1.8120.32930.8392-0.3378-0.2971-1.55451.3491-0.98641.7612-0.44920.3371.82770.11810.93128.081344.38123.8554
74.8158-0.88052.98277.57711.27336.3380.4082-0.9856-1.7115-0.0877-0.0098-0.19480.78652.4974-0.40661.92870.12480.37621.81990.32040.99029.856639.3837-4.2344
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 114 )A32 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 115 through 180 )A115 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 181 through 197 )A181 - 197
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 198 through 237 )A198 - 237
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 238 through 324 )A238 - 324
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 11 through 68 )B11 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 69 through 114 )B69 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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