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- PDB-6c1p: HypoPP mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c1p
タイトルHypoPP mutant
要素Ion transport protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Catterall, W.A. / Zheng, N. / Jiang, D. / Gamal El-Din, T.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)NS015751 米国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural basis for gating pore current in periodic paralysis.
著者: Jiang, D. / Gamal El-Din, T.M. / Ing, C. / Lu, P. / Pomes, R. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of a voltage-gated sodium channel.
著者: Catterall, W.A. / Zheng, N. / Payandeh, J.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,02622
ポリマ－132,0204
非ポリマー11,00618
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22400 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area44180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.500, 125.552, 192.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 33004.949 Da / 分子数: 4 / 変異: C235I, H123R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (strain RM4018) (バクテリア)
株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-1N7 / CHAPSO / 2-hydroxy-N,N-dimethyl-3-sulfo-N-(3-{[(3beta,5beta,7beta,12beta)-3,7,12-trihydroxy-24-oxocholan-24-yl]amino}propyl)propan-1-aminium / CHAPSO


分子量: 631.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H59N2O8S / コメント: 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: ammonium sulphate, Na-citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99994 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.46 Å / Num. obs: 67766 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3rvy

3rvy


解像度: 2.9→48.458 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 3444 5.08 %
Rwork0.2355 --
obs0.2388 67766 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7138 0 405 0 7543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.70310527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7142743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0971228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081206
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9004-2.95040.32671640.31943084X-RAY DIFFRACTION93
2.9504-3.0040.30481760.32823153X-RAY DIFFRACTION94
3.004-3.06170.39081780.3253215X-RAY DIFFRACTION95
3.0617-3.12420.3441390.31863171X-RAY DIFFRACTION96
3.1242-3.1920.32971710.31223204X-RAY DIFFRACTION95
3.192-3.26620.29311780.29623155X-RAY DIFFRACTION95
3.2662-3.34780.31621890.29173152X-RAY DIFFRACTION94
3.3478-3.43830.29981680.28563209X-RAY DIFFRACTION95
3.4383-3.53930.31061490.28893229X-RAY DIFFRACTION96
3.5393-3.65340.27061850.26723145X-RAY DIFFRACTION94
3.6534-3.78380.29451800.25683213X-RAY DIFFRACTION95
3.7838-3.93510.26521680.2333213X-RAY DIFFRACTION95
3.9351-4.11380.24461730.22063191X-RAY DIFFRACTION95
4.1138-4.33030.25781680.23673255X-RAY DIFFRACTION95
4.3303-4.60090.24731750.21413222X-RAY DIFFRACTION95
4.6009-4.9550.23631690.20013202X-RAY DIFFRACTION95
4.955-5.45160.24081840.21283268X-RAY DIFFRACTION95
5.4516-6.23570.2911750.24043240X-RAY DIFFRACTION95
6.2357-7.83850.28851650.24763321X-RAY DIFFRACTION95
7.8385-32.73420.20331840.19313435X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.41351.73675.01794.4123.61176.4217-0.21220.50140.11480.47690.5844-0.9547-0.58130.7152-0.25352.6166-0.2784-0.25382.1125-0.99481.202136.7774-67.183236.8437
26.0078-0.0529-0.19522.2023-2.75083.61690.1294-0.84821.00330.08821.6004-0.1816-1.1681.5231-0.67861.0994-0.0980.16110.6066-0.56831.419722.9559-66.8263219.7565
31.822-0.7625-0.07854.7581-4.2674.19090.6229-0.28051.0663-0.16670.33930.06430.46180.2763-0.11961.4847-0.5219-0.26091.0143-0.67231.54831.4591-70.1509218.524
46.37192.83825.30525.78451.94556.0455-0.23870.77790.00520.10451.0307-1.6496-0.16681.3118-0.35961.0771-0.2351-0.20931.485-0.73671.278428.664-79.1291217.0165
51.4203-0.0002-1.0063.51580.5343.76580.4884-1.11240.16510.5181-0.5515-0.1004-0.6327-0.0938-0.01280.872-0.2649-0.11641.4236-0.03030.604215.1343-98.971221.5679
63.62480.70262.60136.60660.23382.16481.08190.9819-0.0751-0.5809-0.7994-0.94820.18220.33020.30150.84610.288-0.01060.96840.3560.489412.9282-108.1565197.7271
78.78481.1686-2.17524.0290.97781.28950.0981-0.5011-0.3539-0.11120.1672-0.2508-0.78460.0008-0.30990.6948-0.05990.00890.57480.08260.28478.16-101.7772206.9603
86.1921-0.92320.57452.7856-0.95370.57250.50820.098-2.1315-0.4678-0.16340.29680.36480.1342-0.66160.8886-0.2669-0.34570.5583-0.0250.57341.838-110.484198.1839
93.7224-1.3509-0.84271.9655-0.65952.1287-0.0065-1.4884-0.2280.48360.05850.34310.27180.4406-0.39151.4553-0.2282-0.45540.93670.2780.3213.3902-106.4371218.3595
107.61273.9785-5.91335.4591-2.45445.0569-0.41941.2115-1.1328-1.65161.3672-1.3877-0.56940.5578-0.68921.24450.0902-0.13082.6467-0.88621.278426.5184-133.3898235.6635
116.76152.3771-3.57682.44390.10373.0423-0.6025-0.65240.04830.3248-1.12410.23811.10781.70561.13531.03360.2776-0.09120.99370.21410.755926.335-118.6721219.6706
121.97810.41060.44173.7198-1.12391.6007-0.2113-0.5695-1.332-0.2848-0.0393-0.37490.4068-0.36180.09381.24690.1107-0.58671.16840.29951.213920.443-126.5273219.34
132.39381.25521.56522.12421.25358.3993-0.915-1.1786-1.48610.3258-0.8978-0.2080.41581.09371.2630.68210.1230.05921.21080.41791.334715.6772-121.9167215.4258
140.911-0.84980.89671.0071-0.56041.4059-0.671-0.7585-0.96650.78820.09720.2025-0.54490.3409-0.16571.0719-0.1508-0.15141.35250.53730.5175-7.7746-110.5684219.7712
152.3809-3.85410.24546.3731-1.21915.0320.84160.207-0.7646-1.428-0.12210.85111.9724-1.0001-1.18531.3845-0.0679-0.35230.57910.18770.2491-13.9302-107.8161196.7438
164.8909-1.59090.46575.99891.77515.33710.5762-0.5471-0.71530.0434-0.47030.4405-0.31930.4036-0.21010.555-0.215-0.00910.54870.07580.3711-8.1448-103.4496206.0532
172.7883-0.4911-0.90223.69550.10436.0383-0.2826-0.420.0042-0.22490.54820.08320.2925-0.351-0.29660.8044-0.43740.02630.88150.04250.4102-13.9042-98.5044212.8883
188.6315-3.7851-2.37055.1458-3.75477.24310.0785-1.14210.97750.55080.4386-0.8006-1.24460.9864-0.50531.79520.95920.19262.7780.03930.8757-30.0792-54.5143233.735
191.7769-0.9576-0.34247.59115.31413.75990.4103-0.2090.3443-0.226-0.13610.0897-1.7872-0.95020.17321.430.34210.4941.1892-0.24341.1863-28.1781-65.7467213.6618
203.1439-1.1613-2.0582.39942.96963.8182-0.1677-1.26160.36080.0381-0.17330.08970.0188-0.0843-0.59012.10990.64841.32381.5944-0.18551.6097-15.8722-56.279230.5403
219.5573-1.3041.53312.75512.31023.40240.27471.11290.61330.457-0.86150.6838-0.7533-0.72940.60860.89040.18680.01411.3392-0.63081.2762-15.0819-60.9635214.3401
224.054-2.75131.48786.49974.05926.1172-0.219-1.16011.9385-0.45470.551-0.8036-1.916-0.9358-0.28060.9540.01060.08350.8119-0.26520.9627-18.0078-68.2399214.7156
233.49561.3618-1.13974.1848-0.99592.1751-0.3999-1.7410.1818-1.1841-0.6426-0.27480.5702-1.14481.07331.75-0.00280.32451.2563-0.26330.6584-13.7109-76.4848229.5018
241.7685-0.22771.97734.64081.67243.0084-0.2732-0.2430.02140.5135-0.08490.54090.01450.18440.12230.8944-0.23040.13660.6973-0.40320.962312.7272-78.7771216.0076
258.0887-0.27811.97367.71373.81262.4421-0.2252-0.17621.9041-1.16520.29110.0446-1.9190.8514-0.39381.3777-0.12320.21520.5475-0.19450.652713.2986-80.7849197.6754
268.0004-1.2808-0.16453.15393.13333.27630.2509-0.68731.00010.0359-0.2564-0.20980.1611-0.9373-0.16460.7346-0.0390.07390.713-0.09090.39776.7743-85.7239206.5342
276.44666.196-6.5348.7294-7.96847.6516-0.14530.18420.36-1.59890.8405-0.27271.3255-0.2452-0.44190.7171-0.2750.12450.6552-0.03650.353515.9501-91.8698198.9589
281.453-1.0049-0.19082.5244-0.92381.7120.1463-0.2968-0.36620.9448-0.0493-0.08580.1271-1.0139-0.20520.9849-0.3107-0.10461.2072-0.21770.654210.7095-89.9154218.607
294.38660.5854-2.62536.03790.79874.94290.5642-0.533-1.40980.1650.40480.88440.3738-1.1007-0.10551.057-0.3509-0.02451.26360.76731.2964-32.6738-117.3887218.1214
303.1099-0.1547-0.41633.26850.81492.78590.2876-1.1010.42890.39740.15260.1931-0.1304-0.0222-0.41320.62-0.05760.14640.8799-0.01730.4068-13.4004-88.8319212.6769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1001 through 1011 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1012 through 1034 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1035 through 1073 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1074 through 1112 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1113 through 1152 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1153 through 1162 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1163 through 1183 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1184 through 1191 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1192 through 1219 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1001 through 1011 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1012 through 1034 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1035 through 1088 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1089 through 1115 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1116 through 1152 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 1153 through 1162 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1163 through 1183 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 1184 through 1219 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1001 through 1011 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1012 through 1065 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1066 through 1074 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1075 through 1096 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 1097 through 1112 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 1113 through 1127 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 1128 through 1152 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 1153 through 1162 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 1163 through 1183 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 1184 through 1191 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 1192 through 1219 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 1001 through 1096 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 1097 through 1219 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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