PDB-6c0l: Crystal structure of HIV-1 E138K mutant reverse transcriptase in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c0l

タイトル

Crystal structure of HIV-1 E138K mutant reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor K-5a2

要素

Reverse transcriptase p51 subunit
Reverse transcriptase/ribonuclease H

キーワード

REPLICATION / non-nucleoside inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2018年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c0l.cif.gz	448.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c0l.ent.gz	366.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c0jC 6c0kC 6c0nC 6c0oC 6c0pC 6c0rC 6cgfC 6dufC 6dugC 6duhC 4g1qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6duh-d 6c0r-d 4kko-d 4ig0-d 6x49-d 5tuq-d 5vqq-d 4o4g-d 6dtw-d 6x4a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: Reverse transcriptase p51 subunit

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.374, 72.788, 109.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.25, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol 分子量: 50039.555 Da / 分子数: 1 / 変異: E138K, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質

Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol

分子量: 50039.555 Da / 分子数: 1 / 変異: E138K, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 6種, 783分子

#3: 化合物	ChemComp-K5A / 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzene-1-sulfonamide / 4-[[4-[[4-(4-シアノ-2,6-ジメチルフェノキシ)チエノ[3,2-d]ピリミジン-2-イル]アミノ]-1-(以下略) 分子量: 548.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₈N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine PH範囲: 6.0-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 91513 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.03395 / R_rim(I) all: 0.03945 / Net I/σ(I): 16.53
反射シェル	解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.106 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 14549 / CC_1/2: 0.483 / R_rim(I) all: 1.286 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS	June 1, 2017	データ削減
XDS	June 1, 2017	データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 1.95→43.155 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	4577	5 %	Random selection
R_work	0.1847	-	-	-
obs	0.1864	91513	99.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.155 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7934	0	184	746	8864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8477
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.757	11502
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.659	5054
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1440

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.4214	142	0.3872	2698	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9722-1.9954	0.3619	153	0.3528	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9954-2.0197	0.3606	154	0.327	2939	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0197-2.0453	0.2925	149	0.2919	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0453-2.0722	0.3271	153	0.2913	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0722-2.1006	0.306	152	0.2692	2872	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1006-2.1306	0.2741	153	0.258	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1306-2.1624	0.2708	152	0.2488	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1624-2.1962	0.3013	153	0.236	2903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1962-2.2322	0.2807	153	0.2334	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2322-2.2707	0.2904	152	0.2366	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2707-2.3119	0.2588	150	0.2277	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3119-2.3564	0.2611	155	0.2202	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3564-2.4045	0.2657	151	0.227	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4045-2.4568	0.2488	152	0.2234	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.5139	0.2588	153	0.2052	2903	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5139-2.5768	0.2108	153	0.2063	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5768-2.6464	0.2465	152	0.2041	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6464-2.7243	0.2513	153	0.2032	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7243-2.8122	0.2438	154	0.2017	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8122-2.9127	0.2477	153	0.1981	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9127-3.0293	0.2419	153	0.2015	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0293-3.1671	0.2382	153	0.1961	2915	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1671-3.3341	0.2316	150	0.1835	2834	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3341-3.5429	0.2216	153	0.1833	2910	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5429-3.8162	0.1943	154	0.1678	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8162-4.2	0.1843	154	0.152	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.8071	0.1816	155	0.148	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8071-6.0537	0.1975	155	0.1736	2957	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0537-43.1655	0.2031	158	0.1726	2981	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1271	-0.3207	1.3051	2.6053	-0.5776	3.7046	-0.2843	0.2784	0.4266	0.1935	-0.0808	-0.3424	0.0195	0.8377	0.2828	0.3798	-0.0163	0.026	0.5717	0.0519	0.4813	30.9188	25.6604	2.4171
2	2.8574	0.3414	1.8834	2.7682	0.0038	3.376	-0.4122	0.0933	0.5725	0.3256	0.0327	-0.0384	-0.6542	0.0424	0.3615	0.4522	-0.0704	0.0435	0.3781	0.0034	0.3928	33.4771	25.0297	9.0982
3	2.8692	0.2078	1.196	2.6859	-0.3457	2.2261	0.0405	0.1041	0.2895	0.2081	-0.1759	0.009	-0.2103	0.082	0.1182	0.4742	-0.0372	0.0621	0.4327	-0.0143	0.4429	42.9407	10.9963	19.929
4	1.0801	0.3919	-1.166	0.8681	1.3734	4.5709	0.2592	-0.2543	-0.1678	0.3892	0.0179	0.0653	0.3572	-0.0786	-0.2004	0.8407	0.0122	-0.0445	0.6117	0.1614	0.5143	50.0895	-19.7808	58.5417
5	1.5342	0.4361	1.0251	2.1437	-0.6954	3.2039	0.5013	-0.8149	-1.3586	0.2937	0.3926	0.9613	0.5063	-0.8887	-0.3601	0.6044	-0.1297	-0.08	0.6737	0.3592	1.0832	30.8621	-20.5804	26.8
6	4.2413	-1.3222	2.1962	1.1176	-0.802	1.9954	-0.036	-0.1651	-0.1335	0.0741	0.1509	0.2063	0.0114	-0.3263	-0.0518	0.3068	-0.0373	0.0673	0.4061	-0.0108	0.3834	19.6108	4.8809	6.886
7	6.5003	-0.7412	1.4261	6.3193	0.034	5.0576	-0.0012	0.0643	0.1608	0.4557	-0.1292	-0.1365	-0.2399	0.4127	0.0271	0.4469	-0.0772	-0.0036	0.401	0.0906	0.2911	56.6721	2.2884	36.747
8	2.58	1.7848	-2.0939	3.8248	-0.5558	3.5792	0.1726	-0.7408	0.8529	1.5324	-0.4842	0.5839	-1.8304	1.1842	0.2279	1.2866	-0.3633	-0.124	0.929	0.0443	1.1183	55.8311	27.1397	33.2681
9	2.6918	0.0187	1.3131	4.9974	-1.104	2.162	-0.2614	0.5258	0.526	0.2296	0.0016	-1.0132	-0.3789	0.9382	0.1297	0.6541	-0.2953	-0.0545	0.7623	0.093	0.6626	64.4069	14.9408	30.5258

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 239 through 269 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 270 through 363 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 364 through 428 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid -1 through 226 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 227 through 383 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 384 through 554 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 105 through 238 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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