PDB-6c0j: Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6c0j

タイトル

Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase in complex with non-nucleoside inhibitor K-5a2

要素

Reverse transcriptase p51 subunit
Reverse transcriptase/ribonuclease H

キーワード

REPLICATION / non-nucleoside inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Yang, Y. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Steitz, T.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis for potent and broad inhibition of HIV-1 RT by thiophene[3,2-d]pyrimidine non-nucleoside inhibitors.
著者: Yang, Y. / Kang, D. / Nguyen, L.A. / Smithline, Z.B. / Pannecouque, C. / Zhan, P. / Liu, X. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2018年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6c0j.cif.gz	445.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6c0j.ent.gz	363.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6c0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6c0j_validation.pdf.gz	831.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6c0j_full_validation.pdf.gz	866.9 KB	表示
XML形式データ	6c0j_validation.xml.gz	48.3 KB	表示
CIF形式データ	6c0j_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/6c0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6c0kC 6c0lC 6c0nC 6c0oC 6c0pC 6c0rC 6cgfC 6dufC 6dugC 6duhC 4g1qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kko-d 6c0p-d 4rw9-d 6duf-d 6x4d-d 6x47-d 4rw4-d 5cym-d 4ig3-d 1bqn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reverse transcriptase/ribonuclease H

B: Reverse transcriptase p51 subunit

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.263, 72.778, 109.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#1: タンパク質

Reverse transcriptase/ribonuclease H / Pr160Gag-Pol

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 変異: K172A, K173A, C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

#2: タンパク質

Reverse transcriptase p51 subunit / Pr160Gag-Pol

分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 762分子

#3: 化合物	ChemComp-K5A / 4-[(4-{[4-(4-cyano-2,6-dimethylphenoxy)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]benzene-1-sulfonamide / 4-[[4-[[4-(4-シアノ-2,6-ジメチルフェノキシ)チエノ[3,2-d]ピリミジン-2-イル]アミノ]-1-(以下略) 分子量: 548.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₈N₆O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM MES buffer (pH 6.0-6.6), 10% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 8000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 10 mM spermine PH範囲: 6.0-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 95878 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.02962 / R_rim(I) all: 0.03512 / Net I/σ(I): 17.89
反射シェル	解像度: 1.92→2.04 Å / R_merge(I) obs: 1.068 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 15345 / CC_1/2: 0.441 / R_rim(I) all: 1.263

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G1Q

4g1q

解像度: 1.92→49.014 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2255	4795	5 %	Random selection
R_work	0.1827	-	-	-
obs	0.1848	95878	99.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→49.014 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7934	0	166	730	8830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.705	11449
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.22	5039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1221
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1435

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.9418	0.3449	152	0.3209	2887	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9418-1.9646	0.301	159	0.3133	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9646-1.9886	0.3589	161	0.2966	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9886-2.0138	0.3258	158	0.2982	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0138-2.0403	0.3327	161	0.2862	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0403-2.0682	0.2631	160	0.2776	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0682-2.0978	0.3153	159	0.2625	3031	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0978-2.1291	0.2736	160	0.2543	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1291-2.1623	0.2844	160	0.2423	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1623-2.1978	0.2441	160	0.2318	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1978-2.2357	0.2683	160	0.2232	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2357-2.2763	0.2809	159	0.2342	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2763-2.3201	0.2788	158	0.2308	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3201-2.3675	0.2875	160	0.222	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3675-2.419	0.2863	161	0.225	3067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.419-2.4752	0.2955	160	0.2232	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4752-2.5371	0.2669	159	0.2111	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5371-2.6057	0.2702	160	0.2072	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6057-2.6824	0.2702	161	0.1982	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6824-2.769	0.2414	159	0.198	3021	X-RAY DIFFRACTION	99
2.769-2.8679	0.2314	160	0.1979	3033	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8679-2.9827	0.2713	161	0.1969	3053	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9827-3.1185	0.2536	158	0.1978	3011	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1185-3.2828	0.1974	159	0.1851	3025	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2828-3.4885	0.2327	162	0.1793	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4885-3.7577	0.2217	160	0.1685	3039	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7577-4.1357	0.188	161	0.1487	3053	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1357-4.7337	0.2062	162	0.1472	3079	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7337-5.9623	0.1944	160	0.1653	3038	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9623-49.0295	0.1953	165	0.1673	3132	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2488	-0.3156	1.258	1.9921	-0.6179	2.5921	-0.2699	0.1929	0.4862	0.1864	-0.0816	-0.2708	0.1138	0.6362	0.3387	0.3825	-0.0312	0.008	0.5408	0.0548	0.4442	30.9112	25.7018	2.4361
2	1.2612	0.548	0.5593	1.6359	0.1115	1.6861	-0.3329	0.2217	0.4077	0.2523	0.0105	-0.0095	-0.4091	0.1309	-0	0.5341	-0.0484	-0.0114	0.4314	-0.0002	0.4631	33.2317	25.37	8.9497
3	1.2493	0.0666	0.6856	1.3462	-0.1195	1.1577	-0.0205	0.1482	0.1541	0.1609	-0.1322	0.0153	-0.177	0.0928	-0	0.4566	-0.0427	0.0436	0.4241	-0.0114	0.4421	42.7549	11.2121	19.7615
4	0.7358	0.5109	-1.1341	0.6559	0.9979	4.0012	0.2417	-0.2356	-0.0864	0.3201	0.0599	0.0571	0.3094	0.1041	-0.2411	0.8209	0.0339	-0.0317	0.6085	0.1334	0.5092	49.942	-19.7822	58.6107
5	1.4053	0.7128	0.7034	1.6316	-0.4655	2.7864	0.5066	-0.6038	-1.2591	0.1632	0.2371	0.7192	0.489	-0.6577	-0.0931	0.5557	-0.1284	-0.1086	0.5643	0.3123	0.9907	30.8267	-20.6033	26.789
6	3.8472	-1.3414	2.0079	1.0856	-0.732	1.5479	-0.0621	-0.1331	-0.1429	0.0594	0.1565	0.153	0.0181	-0.2656	-0.0574	0.3079	-0.0302	0.0615	0.41	-0.0136	0.3727	19.3616	4.9708	6.8366
7	5.4756	-0.4557	1.1698	5.501	-0.1385	4.5881	-0.013	0.011	0.2032	0.419	-0.1202	-0.1799	-0.2949	0.3708	0.0565	0.4314	-0.0682	-0.0022	0.4195	0.0715	0.3083	56.599	2.3413	36.7461
8	0.8207	1.7638	-2.1844	7.2855	-7.5477	8.1941	-0.0464	-0.34	1.2722	1.4187	-0.1032	0.7176	-2.0684	1.1403	0.299	1.2608	-0.3277	-0.0853	0.8499	0.0706	1.0531	55.8433	27.1195	33.2876
9	2.6141	-0.2107	1.1841	3.6041	-0.9068	2.3937	-0.2237	0.4212	0.5032	0.1947	-0.096	-0.8015	-0.3787	0.922	0.2149	0.6289	-0.2689	-0.0791	0.726	0.0827	0.6198	64.335	14.9285	30.585

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 239 through 269 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 270 through 363 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 364 through 428 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid -1 through 226 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 227 through 383 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 384 through 554 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 83 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 105 through 238 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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