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- PDB-6c0b: Structural basis for recognition of frizzled proteins by Clostrid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c0b
タイトルStructural basis for recognition of frizzled proteins by Clostridium difficile toxin B
要素
  • Frizzled-2
  • Toxin B
キーワードTOXIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


muscular septum morphogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / endothelial cell differentiation / cochlea morphogenesis / Wnt-protein binding / glucosyltransferase activity / hard palate development ...muscular septum morphogenesis / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / endothelial cell differentiation / cochlea morphogenesis / Wnt-protein binding / glucosyltransferase activity / hard palate development / inner ear receptor cell development / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / outflow tract morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / TCF dependent signaling in response to WNT / cysteine-type peptidase activity / Asymmetric localization of PCP proteins / host cell endosome membrane / PDZ domain binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / G protein-coupled receptor activity / Wnt signaling pathway / neuron differentiation / sensory perception of smell / cell-cell signaling / toxin activity / Ca2+ pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / focal adhesion / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled 2, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / TcdA/TcdB pore forming domain / Frizzled/Smoothened family membrane region ...Frizzled 2, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / TcdA/TcdB pore forming domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / PALMITOLEIC ACID / Glycosylating toxin TcdB / Toxin B / Frizzled-2
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen, P. / Lam, K. / Jin, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI091823, R01 AI125704, and R21AI123920 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structural basis for recognition of frizzled proteins byClostridium difficiletoxin B.
著者: Chen, P. / Tao, L. / Wang, T. / Zhang, J. / He, A. / Lam, K.H. / Liu, Z. / He, X. / Perry, K. / Dong, M. / Jin, R.
履歴
登録2017年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin B
B: Frizzled-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2537
ポリマ－76,4712
非ポリマー7825
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Frizzled-2
ヘテロ分子

B: Frizzled-2
ヘテロ分子

A: Toxin B
ヘテロ分子

A: Toxin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,50514
ポリマ－152,9424
非ポリマー1,56410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_576x,-y+2,-z+11
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation8_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
Buried area8370 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area57650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.611, 175.613, 174.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Toxin B


分子量: 59023.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア)
遺伝子: tcdB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4NKV9, UniProt: P18177*PLUS
#2: タンパク質 Frizzled-2 / hFz2 / FzE2


分子量: 17447.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD2 / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: Q14332

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糖 , 1種, 1分子

#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 41分子

#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.4 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0) and 1 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→87.86 Å / Num. obs: 39399 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.0468 / Net I/σ(I): 18.25
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.595 / Num. unique obs: 3920

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→87.806 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 1960 4.98 %
Rwork0.1987 --
obs0.2006 39325 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→87.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4978 0 53 37 5068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0176944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9423092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06794
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006895
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56250.46881400.39522646X-RAY DIFFRACTION99
2.5625-2.63180.37311370.35132643X-RAY DIFFRACTION99
2.6318-2.70930.34131360.31412657X-RAY DIFFRACTION99
2.7093-2.79670.36061260.29542678X-RAY DIFFRACTION99
2.7967-2.89670.33911510.29232661X-RAY DIFFRACTION99
2.8967-3.01270.33821420.28912637X-RAY DIFFRACTION98
3.0127-3.14980.28431510.25332623X-RAY DIFFRACTION98
3.1498-3.31580.31931230.23672679X-RAY DIFFRACTION98
3.3158-3.52360.27691320.21482674X-RAY DIFFRACTION98
3.5236-3.79570.21551450.19722667X-RAY DIFFRACTION98
3.7957-4.17760.2191560.16912662X-RAY DIFFRACTION98
4.1776-4.78210.15961420.13122676X-RAY DIFFRACTION98
4.7821-6.02480.1881480.14972694X-RAY DIFFRACTION98
6.0248-87.86070.19261310.17072768X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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