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- PDB-6bzr: Human ABCC6 NBD2 in ADP-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bzr
タイトルHuman ABCC6 NBD2 in ADP-bound state
要素Multidrug resistance-associated protein 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABCC6 / NBD2 / ADP-bound state / ATP-Binding Cassette transporter C6 / nucleotide binding domain 2
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCC6 causes PXE / inorganic diphosphate transport / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / ATP transport / leukotriene transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / response to sodium phosphate / intracellular phosphate ion homeostasis / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity ...Defective ABCC6 causes PXE / inorganic diphosphate transport / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / ATP transport / leukotriene transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / response to sodium phosphate / intracellular phosphate ion homeostasis / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / phosphate ion homeostasis / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / response to magnesium ion / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / calcium ion homeostasis / ATP metabolic process / visual perception / basal plasma membrane / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / gene expression / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CITRIC ACID / ATP-binding cassette sub-family C member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.79999446301 Å
データ登録者Zheng, A. / Thibodeau, P.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK083284 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122091 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of human ABCC6 NBD1 and NBD2
著者: Zheng, A. / Thibodeau, P.H.
履歴
登録2017年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Multidrug resistance-associated protein 6
A: Multidrug resistance-associated protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5046
ポリマ－54,2652
非ポリマー1,2394
水82946
1
B: Multidrug resistance-associated protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7523
ポリマ－27,1321
非ポリマー6192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Multidrug resistance-associated protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7523
ポリマ－27,1321
非ポリマー6192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.760, 93.120, 64.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.497, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

-
要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance-associated protein 6 / ATP-binding cassette sub-family C member 6 / Anthracycline resistance-associated protein / Multi- ...ATP-binding cassette sub-family C member 6 / Anthracycline resistance-associated protein / Multi-specific organic anion transporter E / MOAT-E


分子量: 27132.463 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 622-859 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCC6, ARA, MRP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95255
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M Sodium Citrate pH 6.2, 12.5% PEG 4000, 18% propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79999446301→49.3420740866 Å / Num. obs: 29279 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.36 % / Biso Wilson estimate: 40.2937292237 Å2 / CC1/2: 0.934 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 2127 / CC1/2: 0.32 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GD7

3gd7


解像度: 2.79999446301→49.3420740866 Å / SU ML: 0.477631922965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34747057572 / 位相誤差: 28.4256620556
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264066464625 2817 9.6340629275 %
Rwork0.2309000121 26423 -
obs0.234182414144 29240 99.6489793136 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.079167556 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79999446301→49.3420740866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3588 0 80 46 3714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01449613472353724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.233531091625045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0923565489021585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00575077350237638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.84138376341385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.84830.3578164872471430.3413913143871285X-RAY DIFFRACTION99.9300209937
2.8483-2.90010.3984682628171470.3539938106441351X-RAY DIFFRACTION99.8666666667
2.9001-2.95580.4144829146811390.2977720538671308X-RAY DIFFRACTION100
2.9558-3.01620.3611179704531320.305322326611354X-RAY DIFFRACTION100
3.0162-3.08170.3543547953461480.2884590494361309X-RAY DIFFRACTION99.9314128944
3.0817-3.15340.3688930604281260.2751205542481319X-RAY DIFFRACTION100
3.1534-3.23220.2968499164871530.2671568005351330X-RAY DIFFRACTION99.9326145553
3.2322-3.31960.3186988949481340.2661882405331312X-RAY DIFFRACTION100
3.3196-3.41730.3001366385461520.2553049451991334X-RAY DIFFRACTION100
3.4173-3.52760.2618739830411360.2302297630341347X-RAY DIFFRACTION99.9326145553
3.5276-3.65360.2477432342941590.2179483352411263X-RAY DIFFRACTION99.7894736842
3.6536-3.79980.2217447855391300.2151932742961354X-RAY DIFFRACTION99.5305164319
3.7998-3.97270.2817096628011400.2103100906961346X-RAY DIFFRACTION99.3315508021
3.9727-4.1820.2570120762381400.2195936433181316X-RAY DIFFRACTION99.5896032832
4.182-4.44390.2791271070071340.194918263441300X-RAY DIFFRACTION99.3074792244
4.4439-4.78680.2355675603291500.192115903751335X-RAY DIFFRACTION99.5975855131
4.7868-5.2680.20539880951350.1970606382971322X-RAY DIFFRACTION99.7262149213
5.268-6.02910.2218269696171350.2050042840971333X-RAY DIFFRACTION99.7282608696
6.0291-7.59160.1962676887241430.2140130290561321X-RAY DIFFRACTION99.4565217391
7.5916-49.34970.1824270468311410.1971644868911284X-RAY DIFFRACTION97.3360655738

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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