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- PDB-6bz1: MEF2 Chimera D83V mutant/DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bz1
タイトルMEF2 Chimera D83V mutant/DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')
  • MEF2 CHIMERA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MEF2 / Transcription Factor / D83V mutant / conformation switch / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / Myogenesis / dendrite morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding ...ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / Myogenesis / dendrite morphogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding / SMAD binding / ERK/MAPK targets / cellular response to calcium ion / positive regulation of D-glucose import / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell junction / MAPK cascade / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / apoptotic process / DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. ...SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myocyte-specific enhancer factor 2A / Myocyte-specific enhancer factor 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Lei, X. / Chen, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: The Cancer Mutation D83V Induces an alpha-Helix to beta-Strand Conformation Switch in MEF2B.
著者: Lei, X. / Kou, Y. / Fu, Y. / Rajashekar, N. / Shi, H. / Wu, F. / Xu, J. / Luo, Y. / Chen, L.
履歴
登録2017年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: MEF2 CHIMERA
D: MEF2 CHIMERA
G: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')
A: MEF2 CHIMERA
B: MEF2 CHIMERA
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0298
ポリマ－63,0298
非ポリマー00
水00
1
C: MEF2 CHIMERA
D: MEF2 CHIMERA
G: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5144
ポリマ－31,5144
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area14210 Å2
手法PISA
2
A: MEF2 CHIMERA
B: MEF2 CHIMERA
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5144
ポリマ－31,5144
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9530 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area14100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.440, 78.440, 111.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12C
22A
13C
23B
14D
24A
15D
25B
16G
26E
17H
27F
18A
28B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYTHRTHRCA2 - 872 - 87
21GLYGLYTHRTHRDB2 - 872 - 87
12GLYGLYLYSLYSCA2 - 892 - 89
22GLYGLYLYSLYSAE2 - 892 - 89
13GLYGLYLYSLYSCA2 - 892 - 89
23GLYGLYLYSLYSBF2 - 892 - 89
14GLYGLYTHRTHRDB2 - 872 - 87
24GLYGLYTHRTHRAE2 - 872 - 87
15GLYGLYTHRTHRDB2 - 872 - 87
25GLYGLYTHRTHRBF2 - 872 - 87
16DADADGDGGC3 - 142 - 13
26DADADGDGEG2 - 132 - 13
17DTDTDTDTHD2 - 142 - 14
27DTDTDTDTFH3 - 152 - 14
18GLYGLYARGARGAE2 - 902 - 90
28GLYGLYARGARGBF2 - 902 - 90

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

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要素

#1: タンパク質
MEF2 CHIMERA / Serum response factor-like protein 1 / RSRFR2 / Serum response factor-like protein 2


分子量: 11327.217 Da / 分子数: 4 / 変異: D83V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEF2A, MEF2, MEF2B, XMEF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02078, UniProt: Q02080
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4286.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')


分子量: 4573.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.01 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 5.94, 0.2 M NaCl and 18% PEG2000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.281
11-K, -H, -L20.206
11-h,-k,l30.312
11K, H, -L40.201
反射解像度: 3→67.93 Å / Num. obs: 15258 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 41.66
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0189 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.97→42.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 21.946 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18997 756 4.8 %RANDOM
Rwork0.13858 ---
obs0.14091 14964 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.098 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.42 Å20 Å20 Å2
2--15.42 Å20 Å2
3----30.84 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.97→42.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2939 1087 0 0 4026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0174191
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.7275844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1938237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2765351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.79123.235136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.27915632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4031528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8642.9911416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8642.9911415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5034.4851763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5024.4861764
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.823.0892775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.823.0882774
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3434.6214082
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.75455.4315761
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.75455.43215760
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C50220.07
12D50220.07
21C51140.08
22A51140.08
31C50560.09
32B50560.09
41D50800.06
42A50800.06
51D50240.06
52B50240.06
61G19600.1
62E19600.1
71H21260.14
72F21260.14
81A51360.09
82B51360.09
LS精密化 シェル解像度: 2.97→3.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 70 -
Rwork0.253 1099 -
obs--99.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80330.09380.16241.34621.22223.15230.00010.28930.18420.0728-0.0351-0.157-0.22720.21070.0350.2469-0.06260.06140.2560.03860.392777.34748.119-8.755
22.0827-0.24251.33411.85190.16521.81550.03050.0507-0.16640.06060.0321-0.11990.1729-0.1294-0.06260.3544-0.02740.01130.2226-0.01930.352976.28444.02-0.165
35.23862.3393-0.18095.7793-3.24555.0028-0.15470.0957-0.0158-0.41970.08830.2437-0.0352-0.41140.06630.15680.04170.01460.152-0.05940.232759.88854.098-4.99
45.04532.3517-1.33575.5172-0.79474.24560.0737-0.03250.35970.2163-0.05860.3956-0.5868-0.4375-0.01510.16090.02850.00890.131-0.02810.183361.71456.761-3.368
52.2264-0.22520.5121.5391-1.25272.4757-0.06410.02480.14310.12060.1570.17370.0711-0.1744-0.09290.338-0.0941-0.00470.2823-0.00890.458539.57320.011-5.307
60.39430.2325-0.88862.029-0.8893.2624-0.0155-0.12470.04520.13550.0814-0.0189-0.30940.0515-0.06590.33240.01630.00450.298-0.03740.432942.04223.4163.444
71.2557-1.9023-1.36122.90162.05231.4895-0.07-0.27510.28210.01380.3841-0.50220.12370.3563-0.31420.608-0.0233-0.01450.53170.02980.662757.52614.065-1.703
82.03152.22321.79926.08684.00163.22950.2423-0.1225-0.18130.44280.0432-0.53490.32940.5189-0.28550.34890.00440.02830.57470.01090.474257.41312.2630.15
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C2 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2D2 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3G2 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4H2 - 14
5X-RAY DIFFRACTION5A2 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7E2 - 14
8X-RAY DIFFRACTION8F3 - 15

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万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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