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- PDB-6byy: MEF2 CHIMERA/DNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6byy
タイトルMEF2 CHIMERA/DNA Complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')
  • MEF2 CHIMERA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MEF2A MEF2B MEF2 Chimera / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / dendrite morphogenesis / Myogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding ...ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / dendrite morphogenesis / Myogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding / SMAD binding / ERK/MAPK targets / cellular response to calcium ion / positive regulation of D-glucose import / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell junction / MAPK cascade / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / DNA-templated transcription / apoptotic process / chromatin binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. ...SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / DNA / DNA (> 10) / Myocyte-specific enhancer factor 2A / Myocyte-specific enhancer factor 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lei, X. / Chen, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: The Cancer Mutation D83V Induces an alpha-Helix to beta-Strand Conformation Switch in MEF2B.
著者: Lei, X. / Kou, Y. / Fu, Y. / Rajashekar, N. / Shi, H. / Wu, F. / Xu, J. / Luo, Y. / Chen, L.
履歴
登録2017年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MEF2 CHIMERA
B: MEF2 CHIMERA
C: MEF2 CHIMERA
D: MEF2 CHIMERA
K: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
L: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,84711
ポリマ－63,0928
非ポリマー7553
水3,567198
1
A: MEF2 CHIMERA
B: MEF2 CHIMERA
K: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
L: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0516
ポリマ－31,5464
非ポリマー5052
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11210 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
2
C: MEF2 CHIMERA
D: MEF2 CHIMERA
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7965
ポリマ－31,5464
非ポリマー2501
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10350 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.350, 77.760, 106.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-231-

HOH

21D-113-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
MEF2 CHIMERA / Serum response factor-like protein 1 / RSRFR2 / Serum response factor-like protein 2 / Serum ...Serum response factor-like protein 1 / RSRFR2 / Serum response factor-like protein 2 / Serum response factor-like protein 1


分子量: 11343.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEF2A, MEF2, MEF2B, XMEF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02078, UniProt: Q02080

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 KELF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4286.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*TP*T)-3')


分子量: 4573.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 201分子

#4: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#5: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HAc pH 4.7, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 5 mM MgCl2 and 28% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→54.8547 Å / Num. obs: 29180 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 10.5 % / Net I/σ(I): 19.81
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2926精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→54.839 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 1364 4.67 %
Rwork0.2134 --
obs0.2159 29179 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.69 Å2 / Biso mean: 51.1924 Å2 / Biso min: 15.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→54.839 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3012 1125 40 198 4375
Biso mean--62.2 41.89 -
残基数----417
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3001-2.38230.36231510.261327202871
2.3823-2.47770.33691020.23927722874
2.4777-2.59040.30491310.230927532884
2.5904-2.7270.28981210.231327442865
2.727-2.89780.28131510.241627352886
2.8978-3.12160.29211520.238727552907
3.1216-3.43570.26821250.205227742899
3.4357-3.93270.251420.20627982940
3.9327-4.95430.22311200.186328302950
4.9543-54.85470.25131690.20729343103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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