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万見
- PDB-6byx: Complex structure of LOR107 mutant (R259N) with tetrasaccharide s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6byx
タイトルComplex structure of LOR107 mutant (R259N) with tetrasaccharide substrate
要素Short ulvan lyase
キーワードLYASE / Complex of LOR107 (R259N)
機能・相同性BNR repeat-containing family member / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / lyase activity / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / Ulvan lyase, short isoform
機能・相同性情報
生物種Alteromonas sp. LOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.208 Å
データ登録者Ulaganathan, T. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-function analyses of a PL24 family ulvan lyase reveal key features and suggest its catalytic mechanism.
著者: Ulaganathan, T. / Helbert, W. / Kopel, M. / Banin, E. / Cygler, M.
履歴
登録2017年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年4月24日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short ulvan lyase
B: Short ulvan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,59327
ポリマ－115,0342
非ポリマー3,55925
水8,377465
1
A: Short ulvan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,53116
ポリマ－57,5171
非ポリマー2,01415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Short ulvan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,06211
ポリマ－57,5171
非ポリマー1,54510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.050, 120.959, 127.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Short ulvan lyase


分子量: 57517.129 Da / 分子数: 2 / 変異: R259N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alteromonas sp. LOR (バクテリア)
遺伝子: LOR_107 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A109PTH9
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-3-O-sulfo-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D- ...4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-3-O-sulfo-alpha-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-3-O-sulfo-alpha-L-rhamnopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 804.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2211m-1a_1-5_3*OSO/3=O/3=O][a2122A-1b_1-5][a21eEA-1a_1-5]/1-2-1-3/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Rhap3SO3]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-L-Rhap3SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 488分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25.5% PEG8K, 0.17M Ammonium Sulfate, 0.1M Mes pH 6.5, 15% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→48.89 Å / Num. obs: 64618 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.21→2.26 Å / CC1/2: 0.91 / Rsym value: 1.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13rc2_2981: ???)精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.208→48.89 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 2014 3.18 %
Rwork0.2037 --
obs0.2053 63361 97.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.208→48.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7492 0 212 465 8169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93310745
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0294449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061394
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2077-2.26290.57151060.53342887X-RAY DIFFRACTION77
2.2629-2.32410.35471380.32084399X-RAY DIFFRACTION100
2.3241-2.39250.33841450.26984419X-RAY DIFFRACTION100
2.3925-2.46970.33771430.24374445X-RAY DIFFRACTION100
2.4697-2.5580.32451450.24934457X-RAY DIFFRACTION100
2.558-2.66040.31071500.25424473X-RAY DIFFRACTION100
2.6604-2.78140.32341350.23254470X-RAY DIFFRACTION100
2.7814-2.92810.25571480.22184458X-RAY DIFFRACTION100
2.9281-3.11150.2591520.2184487X-RAY DIFFRACTION100
3.1115-3.35170.25391510.19994497X-RAY DIFFRACTION100
3.3517-3.68890.23121470.18484479X-RAY DIFFRACTION100
3.6889-4.22240.18791460.16414552X-RAY DIFFRACTION100
4.2224-5.31870.19191490.13744577X-RAY DIFFRACTION100
5.3187-48.90170.24061590.19324747X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0977-1.0145-0.98761.77950.7661.8094-0.4087-0.2779-0.60130.08580.01230.07920.5076-0.00350.3490.4693-0.0050.20660.34490.03410.5291105.00535.3352-13.4767
21.80770.1738-0.81760.5768-0.31351.4106-0.18770.1022-0.134-0.0272-0.02930.01380.1009-0.15820.20340.26820.02210.01120.2499-0.0190.2405106.268457.4575-18.9472
34.12320.65721.90671.01060.36861.7542-1.64761.18932.2816-0.28780.05620.2065-1.24490.1985-0.03270.7357-0.0304-0.59560.38930.28961.354464.762183.323510.6957
43.38460.24611.32692.15820.09671.7714-0.0809-0.24820.196-0.0052-0.04460.0312-0.1225-0.18160.07460.2360.0019-0.00690.2154-0.00580.169571.582760.835319.4913
54.087-0.5281.42374.1622-0.1991.2511-0.2149-0.04570.37210.05080.06490.3124-0.0779-0.25850.10730.2361-0.0338-0.04310.37750.00260.234351.497262.936511.3266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 231 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 232 through 520 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 39 through 247 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 248 through 422)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 423 through 520)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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