PDB-6byp: Structure of PL24 family Polysaccharide lyase-LOR107

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6byp

タイトル

Structure of PL24 family Polysaccharide lyase-LOR107

要素

Short ulvan lyase

キーワード

LYASE / Polysaccharide Lyase

機能・相同性

BNR repeat-containing family member / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / lyase activity / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ulvan lyase, short isoform

機能・相同性情報

生物種

Alteromonas sp. LOR (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ulaganathan, T.S. / Cygler, M.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-function analyses of a PL24 family ulvan lyase reveal key features and suggest its catalytic mechanism.
著者: Ulaganathan, T. / Helbert, W. / Kopel, M. / Banin, E. / Cygler, M.

履歴

登録	2017年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年4月24日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6byp.cif.gz	417.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6byp.ent.gz	339 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6byp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/6byp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/6byp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bytC 6byxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hx6-2 5mzh-1 6jq9-1 6jq9-2 5mzh-2 6byx-1 6byt-1 6byt-2 6c4t-d 6i3l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Short ulvan lyase

B: Short ulvan lyase

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short ulvan lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Short ulvan lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.551, 121.263, 123.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Short ulvan lyase 分子量: 58873.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alteromonas sp. LOR (バクテリア) 遺伝子: LOR_107 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A109PTH9

-
非ポリマー , 5種, 710分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 23% PEG8K, 0.085M MES pH6.5, 0.17M Ammonium Sulfate, 15% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→49.072 Å / Num. obs: 99600 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15 % / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 16.56
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique all: 7237 / CC_1/2: 0.652 / R_sym value: 1.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
CRANK2		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.072 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	4978	5 %
R_work	0.1746	-	-
obs	0.176	99600	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.072 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7642	0	111	686	8439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7951
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.802	10784
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.563	4495
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1092
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1406

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8988-1.9204	0.3825	154	0.349	3000	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9204-1.943	0.3417	166	0.3226	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
1.943-1.9667	0.2921	167	0.2497	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.9916	0.2575	163	0.2439	3138	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9916-2.0178	0.2744	164	0.2233	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0178-2.0454	0.2336	165	0.2201	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0454-2.0746	0.2652	162	0.2294	3117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0746-2.1056	0.2926	163	0.2179	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1056-2.1385	0.2381	161	0.2057	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1385-2.1736	0.2471	171	0.2029	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1736-2.211	0.2554	156	0.2019	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.211-2.2513	0.2547	171	0.2079	3116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2513-2.2946	0.2449	165	0.2023	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2946-2.3414	0.2309	161	0.1839	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3414-2.3923	0.1996	172	0.1875	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3923-2.4479	0.1987	158	0.1834	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4479-2.5092	0.239	169	0.1926	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5092-2.577	0.2452	162	0.1889	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.577-2.6528	0.2198	167	0.1928	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6528-2.7384	0.2192	175	0.1813	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7384-2.8363	0.2169	159	0.185	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8363-2.9499	0.236	175	0.1833	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9499-3.0841	0.2039	167	0.1851	3154	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0841-3.2467	0.1981	164	0.1729	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2467-3.45	0.2003	165	0.1646	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.7163	0.1858	167	0.1548	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7163-4.0901	0.1457	170	0.1415	3210	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0901-4.6816	0.1523	172	0.1298	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6816-5.8967	0.1429	167	0.141	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8967-49.0883	0.2214	180	0.1848	3381	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3897	-0.1148	-0.7269	1.8528	0.2154	1.4682	-0.225	-0.148	-0.3881	-0.0066	-0.0004	0.0481	0.2554	0.0282	0.2094	0.3029	0.0041	0.0892	0.2413	0.0176	0.2801	105.9025	36.6728	-14.7871
2	1.3864	0.1329	-0.6125	0.9382	-0.0909	1.249	-0.1199	0.0446	0.0888	-0.027	0.0187	0.0615	-0.0293	-0.1357	0.103	0.2335	0.0436	-0.0158	0.2423	0.0122	0.2286	105.7063	59.1769	-17.9027
3	3.2414	0.3553	1.4141	2.3155	0.3789	1.9337	-0.4997	0.5041	1.0613	-0.1768	0.062	0.0495	-0.596	0.1714	0.3489	0.5035	-0.0436	-0.2032	0.4161	0.1499	0.6807	63.0913	84.4278	10.5224
4	2.136	-0.3926	1.7437	3.4497	-0.1662	1.35	-0.4211	-0.234	0.6923	0.201	0.111	0.0065	-0.3393	-0.1545	0.215	0.3102	0.0243	-0.0693	0.2273	-0.0641	0.2932	73.3674	72.9369	22.584
5	2.525	-0.1347	0.3112	2.0033	0.6474	2.2698	0.0061	-0.0338	-0.1373	-0.0216	0.0302	-0.0179	0.0527	-0.1671	-0.0196	0.1871	0.0059	0.0099	0.1669	0.0153	0.1777	70.9707	55.4302	17.4913
6	4.178	-1.4549	1.614	4.008	-0.3969	0.9946	-0.2017	-0.0815	0.1565	0.0022	0.0863	0.2535	-0.0654	-0.1845	0.0942	0.188	-0.0135	-0.0003	0.2735	0.0017	0.1777	51.6179	62.4237	11.9444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 40 through 262 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 263 through 520 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 39 through 231 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 232 through 309 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 310 through 416 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 417 through 520 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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