PDB-6byw: Structure of GoxA from Pseudoalteromonas luteoviolacea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6byw

タイトル

Structure of GoxA from Pseudoalteromonas luteoviolacea

要素

GoxA

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / cystein tryptophylquinone / glycine oxidase

機能・相同性

L-Lysine epsilon oxidase, N-terminal / L-lysine epsilon oxidase, C-terminal / L-Lysine epsilon oxidase N-terminal / L-lysine epsilon oxidase C-terminal domain / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas luteoviolacea DSM 6061 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Yukl, E.T. / Avalos, D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structure and Enzymatic Properties of an Unusual Cysteine Tryptophylquinone-Dependent Glycine Oxidase from Pseudoalteromonas luteoviolacea.
著者: Andreo-Vidal, A. / Mamounis, K.J. / Sehanobish, E. / Avalos, D. / Campillo-Brocal, J.C. / Sanchez-Amat, A. / Yukl, E.T. / Davidson, V.L.

履歴

登録	2017年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6byw.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6byw.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6byw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6byw_validation.pdf.gz	501.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6byw_full_validation.pdf.gz	545.6 KB	表示
XML形式データ	6byw_validation.xml.gz	121.7 KB	表示
CIF形式データ	6byw_validation.cif.gz	174.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/6byw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/6byw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ubz-d 6ubn-d 6eer-d 6ubr-d 6ufq-d 6vl7-d 6vmf-d 6uc1-d 6vmv-d 6vmw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: GoxA

A: GoxA

C: GoxA

D: GoxA

ヘテロ分子

367 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.843, 93.236, 188.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質	GoxA 分子量: 91526.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas luteoviolacea DSM 6061 (バクテリア) 遺伝子: N475_19905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A161XU12

-
非ポリマー , 5種, 1653分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 詳細: Batch mode under paraffin oil. 1:1 mixture of protein at 10 mg/mL with mother liquor containing 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日
放射	モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→48.283 Å / Num. obs: 235829 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 11390 / R_pim(I) all: 0.522 / R_rim(I) all: 0.72 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→48.283 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	11722	4.99 %
R_work	0.1855	-	-
obs	0.1872	234728	98.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.283 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24680	0	53	1641	26374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	25395
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.78	34572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.694	15147
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	3750
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4561

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0733	0.4509	380	0.4278	7235	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0733-2.0977	0.4091	383	0.3827	7361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1233	0.2806	409	0.2614	7530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1233-2.1501	0.2699	383	0.2333	7489	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1501-2.1784	0.2479	404	0.2282	7436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1784-2.2083	0.2806	374	0.243	7520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2083-2.2398	0.4236	358	0.3992	6945	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2398-2.2733	0.5439	339	0.4814	6617	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2733-2.3088	0.2376	403	0.2154	7400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3088-2.3466	0.236	390	0.202	7530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3466-2.3871	0.225	424	0.2008	7505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3871-2.4305	0.2326	381	0.1953	7461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4305-2.4772	0.2212	399	0.1932	7499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4772-2.5278	0.22	375	0.1922	7526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5278-2.5828	0.2407	405	0.1881	7453	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5828-2.6428	0.2212	388	0.1904	7493	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6428-2.7089	0.2115	384	0.1874	7456	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7089-2.7822	0.2306	395	0.1861	7497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7822-2.864	0.2236	416	0.1836	7457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-2.9565	0.2106	380	0.1818	7542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9565-3.0621	0.2136	387	0.1784	7534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0621-3.1847	0.2147	415	0.1736	7511	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1847-3.3296	0.1958	380	0.1632	7517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3296-3.5051	0.2033	412	0.1717	7408	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5051-3.7246	0.1802	371	0.1517	7370	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7246-4.0121	0.1681	402	0.1376	7395	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0121-4.4156	0.1526	389	0.1239	7535	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4156-5.0539	0.1673	399	0.126	7516	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0539-6.3651	0.1915	397	0.153	7536	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3651-48.2966	0.1915	400	0.1585	7732	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -2.1872 Å / Origin y: -36.8445 Å / Origin z: 236.0844 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1504 Å²	0.0118 Å²	-0.0063 Å²	-	0.2108 Å²	-0.0029 Å²	-	-	0.206 Å²
L	0.1063 °²	-0.0098 °²	-0.0445 °²	-	0.3995 °²	0.1174 °²	-	-	0.4362 °²
S	0.0044 Å °	-0.0082 Å °	0.005 Å °	0.0278 Å °	0.0245 Å °	-0.0394 Å °	0.0465 Å °	0.0875 Å °	0.0065 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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