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- PDB-6byw: Structure of GoxA from Pseudoalteromonas luteoviolacea -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6byw
タイトルStructure of GoxA from Pseudoalteromonas luteoviolacea
要素GoxA
キーワードUNKNOWN FUNCTION / cystein tryptophylquinone / glycine oxidase
機能・相同性L-Lysine epsilon oxidase, N-terminal / L-lysine epsilon oxidase, C-terminal / L-Lysine epsilon oxidase N-terminal / L-lysine epsilon oxidase C-terminal domain / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas luteoviolacea DSM 6061 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Yukl, E.T. / Avalos, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structure and Enzymatic Properties of an Unusual Cysteine Tryptophylquinone-Dependent Glycine Oxidase from Pseudoalteromonas luteoviolacea.
著者: Andreo-Vidal, A. / Mamounis, K.J. / Sehanobish, E. / Avalos, D. / Campillo-Brocal, J.C. / Sanchez-Amat, A. / Yukl, E.T. / Davidson, V.L.
履歴
登録2017年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GoxA
A: GoxA
C: GoxA
D: GoxA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,98916
ポリマ－366,1074
非ポリマー88212
水29,5631641
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22940 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area106300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.843, 93.236, 188.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 BACD

#1: タンパク質
GoxA


分子量: 91526.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas luteoviolacea DSM 6061 (バクテリア)
遺伝子: N475_19905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A161XU12

-
非ポリマー , 5種, 1653分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 292 K / 手法: batch mode / pH: 7.5
詳細: Batch mode under paraffin oil. 1:1 mixture of protein at 10 mg/mL with mother liquor containing 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M ammonium sulfate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.283 Å / Num. obs: 235829 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 11390 / Rpim(I) all: 0.522 / Rrim(I) all: 0.72 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→48.283 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 11722 4.99 %
Rwork0.1855 --
obs0.1872 234728 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24680 0 53 1641 26374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00425395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7834572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.69415147
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0783750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044561
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.07330.45093800.42787235X-RAY DIFFRACTION96
2.0733-2.09770.40913830.38277361X-RAY DIFFRACTION100
2.0977-2.12330.28064090.26147530X-RAY DIFFRACTION100
2.1233-2.15010.26993830.23337489X-RAY DIFFRACTION100
2.1501-2.17840.24794040.22827436X-RAY DIFFRACTION100
2.1784-2.20830.28063740.2437520X-RAY DIFFRACTION100
2.2083-2.23980.42363580.39926945X-RAY DIFFRACTION93
2.2398-2.27330.54393390.48146617X-RAY DIFFRACTION88
2.2733-2.30880.23764030.21547400X-RAY DIFFRACTION100
2.3088-2.34660.2363900.2027530X-RAY DIFFRACTION100
2.3466-2.38710.2254240.20087505X-RAY DIFFRACTION100
2.3871-2.43050.23263810.19537461X-RAY DIFFRACTION100
2.4305-2.47720.22123990.19327499X-RAY DIFFRACTION100
2.4772-2.52780.223750.19227526X-RAY DIFFRACTION100
2.5278-2.58280.24074050.18817453X-RAY DIFFRACTION100
2.5828-2.64280.22123880.19047493X-RAY DIFFRACTION100
2.6428-2.70890.21153840.18747456X-RAY DIFFRACTION99
2.7089-2.78220.23063950.18617497X-RAY DIFFRACTION100
2.7822-2.8640.22364160.18367457X-RAY DIFFRACTION100
2.864-2.95650.21063800.18187542X-RAY DIFFRACTION100
2.9565-3.06210.21363870.17847534X-RAY DIFFRACTION100
3.0621-3.18470.21474150.17367511X-RAY DIFFRACTION100
3.1847-3.32960.19583800.16327517X-RAY DIFFRACTION100
3.3296-3.50510.20334120.17177408X-RAY DIFFRACTION99
3.5051-3.72460.18023710.15177370X-RAY DIFFRACTION97
3.7246-4.01210.16814020.13767395X-RAY DIFFRACTION98
4.0121-4.41560.15263890.12397535X-RAY DIFFRACTION99
4.4156-5.05390.16733990.1267516X-RAY DIFFRACTION99
5.0539-6.36510.19153970.1537536X-RAY DIFFRACTION99
6.3651-48.29660.19154000.15857732X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.1872 Å / Origin y: -36.8445 Å / Origin z: 236.0844 Å
111213212223313233
T0.1504 Å20.0118 Å2-0.0063 Å2-0.2108 Å2-0.0029 Å2--0.206 Å2
L0.1063 °2-0.0098 °2-0.0445 °2-0.3995 °20.1174 °2--0.4362 °2
S0.0044 Å °-0.0082 Å °0.005 Å °0.0278 Å °0.0245 Å °-0.0394 Å °0.0465 Å °0.0875 Å °0.0065 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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