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- PDB-6byq: Crystal structure of Tyrosine-tRNA ligase from Helicobacter pylori G27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6byq
タイトルCrystal structure of Tyrosine-tRNA ligase from Helicobacter pylori G27
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Tyrosine--tRNA ligase / Helicobacter pylori / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 2 / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. ...Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 2 / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Tyrosine-tRNA ligase from Helicobacter pylori G27
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7932
ポリマ－46,7331
非ポリマー601
水2,198122
1
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5854
ポリマ－93,4652
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area28070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.400, 43.360, 113.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.210, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 46732.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: tyrS, HPG27_731 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5Z7D7, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen D11: 10% w/V PEG 4000, 20% V/V glycerol, 0.02 M each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, M 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol: ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen D11: 10% w/V PEG 4000, 20% V/V glycerol, 0.02 M each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, M 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol: 100mM Bicine/Tris base pH 8.5: HepyC.00630.a.B1/HepyC.01032.a.B1.PS38283 at 18.5mg/ml: cryo: direct: tray 292683 d11: puck xoe2-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40.011 Å / Num. obs: 25454 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.17 % / Biso Wilson estimate: 40.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 18.03
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.263.7370.4982.616370.790.57884.8
2.26-2.323.9680.4653.0118030.830.53997.2
2.32-2.394.2910.3464.2918130.9250.39597.7
2.39-2.464.30.295.2216960.9450.33198
2.46-2.544.2730.2445.9816970.960.27997.4
2.54-2.634.2950.2027.0816080.9720.23198.2
2.63-2.734.30.1449.5915690.9870.16597.8
2.73-2.844.2820.10912.1315100.9920.12598.1
2.84-2.974.2450.09214.714600.9930.10598.1
2.97-3.114.2570.07317.6314110.9960.08398.3
3.11-3.284.2340.05722.4613120.9970.06598.5
3.28-3.484.2410.04328.112550.9980.04998.4
3.48-3.724.2030.03632.3811950.9980.04298.5
3.72-4.024.1580.03236.2311260.9990.03699
4.02-4.44.1130.02840.6510110.9990.03298.4
4.4-4.924.1220.02643.259480.9990.02998.8
4.92-5.684.0870.02541.758130.9990.02998.8
5.68-6.964.0470.02841.297160.9990.03298.5
6.96-9.843.980.02347.255550.9990.02798.2
9.84-40.0113.5830.0248.413190.9990.02394.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2947精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
SIMBAD位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1h3f as per MorDa, TARGET IDENTIFIED WITH SIMBAD

1h3f


解像度: 2.2→40.011 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.77
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2091 1964 7.72 %0
Rwork0.1781 ---
obs0.1805 25445 97.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.38 Å2 / Biso mean: 60.732 Å2 / Biso min: 19.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→40.011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2366 0 4 123 2493
Biso mean--50.4 55.31 -
残基数----313
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2001-2.25510.25651390.22791434157384
2.2551-2.3160.27941470.23031644179198
2.316-2.38420.25541430.19861699184298
2.3842-2.46110.23631340.18981638177298
2.4611-2.54910.26611180.18691717183598
2.5491-2.65110.23781370.18881662179998
2.6511-2.77170.21581190.17421700181998
2.7717-2.91780.18561430.17841686182998
2.9178-3.10060.21961460.19031693183999
3.1006-3.33990.23871540.17781685183999
3.3399-3.67580.18631240.18361712183699
3.6758-4.20710.19911450.16941712185799
4.2071-5.29860.17841750.15021709188499
5.2986-40.0180.21121400.18221790193098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4865-0.0388-0.72655.26650.24393.463-0.067-0.3261-0.01160.51910.10910.4554-0.1421-0.1727-0.02430.23710.02060.03810.2698-0.00790.2624-31.492-20.924811.0477
20.7172-0.5696-1.35634.03190.613.516-0.2746-0.2625-0.55530.41670.2055-0.9842-0.12551.01980.07050.39270.0021-0.10080.51860.05170.5045-10.5524-28.439413.9034
34.80180.1381-2.04212.1245-0.02231.94960.11-0.36970.37120.22470.0337-0.3753-0.05410.1963-0.13840.24790.0236-0.07310.3107-0.03310.4003-12.0458-21.22337.5054
42.5434-0.7291-0.3082.8068-0.80923.1106-0.4079-1.20390.05261.64430.52120.2848-0.128-0.2393-0.05881.06680.23570.09370.8424-0.04080.3185-30.1209-16.161128.4456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 69 )A-2 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 70 through 98 )A70 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 99 through 209 )A99 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 210 through 317 )A210 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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