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Yorodumi- PDB-6byq: Crystal structure of Tyrosine-tRNA ligase from Helicobacter pylori G27 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6byq | ||||||
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Title | Crystal structure of Tyrosine-tRNA ligase from Helicobacter pylori G27 | ||||||
Components | Tyrosine--tRNA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Tyrosine--tRNA ligase / Helicobacter pylori / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal structure of Tyrosine-tRNA ligase from Helicobacter pylori G27 Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6byq.cif.gz | 143.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6byq.ent.gz | 108.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6byq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6byq_validation.pdf.gz | 436.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6byq_full_validation.pdf.gz | 438.1 KB | Display | |
Data in XML | 6byq_validation.xml.gz | 14 KB | Display | |
Data in CIF | 6byq_validation.cif.gz | 19.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/6byq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/6byq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1h3fS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46732.641 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (strain G27) (bacteria) Strain: G27 / Gene: tyrS, HPG27_731 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: B5Z7D7, tyrosine-tRNA ligase |
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#2: Chemical | ChemComp-IPA / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Molecular Dimensions Morpheus screen D11: 10% w/V PEG 4000, 20% V/V glycerol, 0.02 M each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, M 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol: ...Details: Molecular Dimensions Morpheus screen D11: 10% w/V PEG 4000, 20% V/V glycerol, 0.02 M each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, M 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol: 100mM Bicine/Tris base pH 8.5: HepyC.00630.a.B1/HepyC.01032.a.B1.PS38283 at 18.5mg/ml: cryo: direct: tray 292683 d11: puck xoe2-4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 27, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→40.011 Å / Num. obs: 25454 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 4.17 % / Biso Wilson estimate: 40.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 18.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1h3f as per MorDa, TARGET IDENTIFIED WITH SIMBAD Resolution: 2.2→40.011 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.77
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.38 Å2 / Biso mean: 60.732 Å2 / Biso min: 19.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→40.011 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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