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- PDB-6byi: Crystal structure of the acid-base mutant (E477A) of the GH2 exo-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6byi
タイトルCrystal structure of the acid-base mutant (E477A) of the GH2 exo-beta-mannanase from Xanthomonas axonopodis pv. citri
要素Beta-mannosidase
キーワードHYDROLASE/CARBOHYDRATE / CARBOHYDRATE / HYDROLASE-CARBOHYDRATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mannosidase Ig/CBM-like domain / Beta-mannosidase, Ig-fold domain / Ig-fold domain / Mannosidase Ig/CBM-like domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily ...Mannosidase Ig/CBM-like domain / Beta-mannosidase, Ig-fold domain / Ig-fold domain / Mannosidase Ig/CBM-like domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Beta-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Domingues, M.N. / Vieira, P.S. / Morais, M.A.B. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of exo-beta-mannanase activity in the GH2 family.
著者: Domingues, M.N. / Souza, F.H.M. / Vieira, P.S. / de Morais, M.A.B. / Zanphorlin, L.M. / Dos Santos, C.R. / Pirolla, R.A.S. / Honorato, R.V. / de Oliveira, P.S.L. / Gozzo, F.C. / Murakami, M.T.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-mannosidase
B: Beta-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,3057
ポリマ－193,4042
非ポリマー9015
水21,6541202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area61580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.707, 202.127, 79.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-mannosidase


分子量: 96701.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: XAC3075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PI23
#2: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium acetate Bis-tris PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.97 Å / Num. obs: 97007 / % possible obs: 94.98 % / 冗長度: 4.85 % / Biso Wilson estimate: 24.38 Å2 / Net I/σ(I): 9.08
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID
2.2-2.331
2.33-2.491
2.49-2.691
2.95-3.31
3.3-3.81
3.8-4.651
4.65-6.541

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化解像度: 2.2→41.97 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2115 4825 4.98 %
Rwork0.1689 --
obs0.171 96979 94.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.59 Å2 / Biso mean: 28.65 Å2 / Biso min: 7.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→41.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13640 0 60 1202 14902
Biso mean--66.07 30.19 -
残基数----1718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85619104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332026
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2475198
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1999-2.22490.31421340.26362656279082
2.2249-2.25110.26741310.2422446257776
2.2511-2.27850.25681510.23142787293886
2.2785-2.30740.26811590.23213053321294
2.3074-2.33770.28251760.22393003317995
2.3377-2.36980.2691660.22673108327495
2.3698-2.40360.28541650.22713026319195
2.4036-2.43950.25621560.21923076323295
2.4395-2.47760.26561660.20913085325195
2.4776-2.51820.25551490.20313085323496
2.5182-2.56160.27491590.20133121328096
2.5616-2.60820.26121390.20163098323796
2.6082-2.65840.26721650.20513136330196
2.6584-2.71260.25571520.19543082323496
2.7126-2.77160.28711640.20353072323696
2.7716-2.8360.2541670.19643145331297
2.836-2.90690.2351550.18613105326097
2.9069-2.98550.22651670.18723122328996
2.9855-3.07330.22581800.18593101328197
3.0733-3.17250.23831500.18133186333697
3.1725-3.28590.22491720.17953130330297
3.2859-3.41740.1911540.15973157331198
3.4174-3.57280.20591570.15393151330897
3.5728-3.76110.17261730.14953145331898
3.7611-3.99650.19951640.13713135329997
3.9965-4.30480.15991660.12143170333697
4.3048-4.73750.15271910.11433140333198
4.7375-5.42180.1581580.11673157331597
5.4218-6.82610.13911740.13723236341099
6.8261-41.97750.15971650.13283240340598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3271-0.0952-0.08710.6669-0.13170.6762-0.0061-0.0068-0.0277-0.00240.01370.07610.0785-0.0409-0.00540.1198-0.005-0.00980.17210.00530.164517.2861-0.404929.684
20.30740.0744-0.12080.5924-0.0150.61350.01850.05020.0446-0.1375-0.0034-0.003-0.0946-0.0235-0.02040.18510.0060.01040.16820.01180.155122.433645.35111.2383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 31:889)A31 - 889
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 31:889)B31 - 889

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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