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- PDB-3upu: Crystal structure of the T4 Phage SF1B Helicase Dda -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3upu
タイトルCrystal structure of the T4 Phage SF1B Helicase Dda
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • ATP-dependent DNA helicase dda
キーワードHYDROLASE/DNA / RecA-like domain / SH3 domain / pin-tower interface / coupling ATP hydrolysis to DNA unwinding / ssDNA / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA 5'-3' helicase / helicase activity / DNA replication / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #780 / Dda helicase SH3 domain / Dda helicase SH3 domain / : / AAA domain / SH3 type barrels. / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain ...SH3 type barrels. - #780 / Dda helicase SH3 domain / Dda helicase SH3 domain / : / AAA domain / SH3 type barrels. / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / ATP-dependent DNA helicase dda
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.299 Å
データ登録者He, X. / Yun, M.K. / Pemble IV, C.W. / Kreuzer, K.N. / Raney, K.D. / White, S.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The T4 Phage SF1B Helicase Dda Is Structurally Optimized to Perform DNA Strand Separation.
著者: He, X. / Byrd, A.K. / Yun, M.K. / Pemble, C.W. / Harrison, D. / Yeruva, L. / Dahl, C. / Kreuzer, K.N. / Raney, K.D. / White, S.W.
履歴
登録2011年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase dda
B: ATP-dependent DNA helicase dda
C: ATP-dependent DNA helicase dda
D: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
E: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,6536
ポリマ－164,6536
非ポリマー00
水18010
1
A: ATP-dependent DNA helicase dda
D: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8842
ポリマ－54,8842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA
2
B: ATP-dependent DNA helicase dda
E: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8842
ポリマ－54,8842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22680 Å2
手法PISA
3
C: ATP-dependent DNA helicase dda
F: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8842
ポリマ－54,8842
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.536, 107.253, 85.475
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.128, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase dda / SF1B Helicase Dda


分子量: 52495.719 Da / 分子数: 3 / 変異: K38A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: dda, sud / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P32270, DNA helicase
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 2388.585 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE CORRESPONDS TO NCBI AAA32488.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化温度: 291.1 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 4.5% w/v PEG8000, 8% v/v ethylene glycol, 0.1 M HEPES, pH 6.5, 20 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.1K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
177.21
277.21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID10.9793
シンクロトロンAPS 22-BM21
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2009年6月19日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2010年10月29日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rosenbaum-Rock double-crystal Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
211
反射解像度: 3.299→36.035 Å / Num. obs: 29389 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 92.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 19.82
反射 シェル解像度: 3.299→3.42 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 71.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIControlデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.299→32.271 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7879 / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2576 1392 4.99 %RANDOM
Rwork0.2038 ---
obs0.2065 29389 91.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.539 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 313.71 Å2 / Biso mean: 110.0717 Å2 / Biso min: 32.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8054 Å20 Å2-7.0719 Å2
2--19.6229 Å20 Å2
3----20.4283 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.299→32.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10566 471 0 10 11047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91615428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611732
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4494216
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.299-3.41640.4098870.33171634172157
3.4164-3.5530.30341310.30142243237478
3.553-3.71450.321230.26292664278791
3.7145-3.910.32881580.23912732289094
3.91-4.15450.29871380.22152769290796
4.1545-4.47450.26991560.19162873302998
4.4745-4.92340.20721500.1662865301599
4.9234-5.63250.25431460.1962916306299
5.6325-7.0840.27331470.198229273074100
7.084-32.27230.21610.176129703131100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52760.3608-0.34151.9256-0.47442.4023-0.0279-0.31940.00780.1570.0113-0.0473-0.12620.0631-0.00340.2591-0.02140.03970.5246-0.0650.290110.8557-20.8365-19.4984
21.31510.59580.11613.0374-0.80281.30180.2294-0.17330.2263-0.0542-0.27350.4192-0.2307-0.02250.00060.61930.00860.04680.4846-0.10080.633745.72025.0842-47.5557
32.28390.41380.29441.06070.09631.4268-0.3266-0.01050.046-0.01310.01850.29930.25950.0457-0.00220.6525-0.13030.01130.39960.06830.578361.863319.9728-8.5176
40.0685-0.05660.00010.22090.1440.1138-0.20970.1471-0.0884-0.20330.18-0.41420.30.2197-0.00070.7077-0.0109-0.04871.33660.11860.834518.7312-22.0122-22.943
50.25210.04870.13570.01180.02520.07330.0036-0.37750.1071-0.76540.22590.72580.1896-0.63550.01151.31690.00860.17320.8677-0.14851.214541.772-1.5197-51.0284
60.1953-0.0271-0.05290.12040.03130.01920.5598-0.50560.60120.9538-0.23070.2606-0.3180.1148-0.00141.4256-0.1504-0.12271.11390.17741.1566.013127.0974-6.8138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA1 - 439
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB1 - 439
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC1 - 439
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD600 - 607
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE600 - 607
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF600 - 607

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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