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- PDB-6byf: Crystal structure of the core catalytic domain of PP-IP phosphata... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6byf
タイトルCrystal structure of the core catalytic domain of PP-IP phosphatase SIW14 from S. cerevisiae in complex with citrate
要素Tyrosine-protein phosphatase SIW14
キーワードTRANSFERASE / protein tyrosine phosphatase / phosphatase / inositol / inositol polyphosphate / inositol pyrophosphate / substrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,3,4,6-tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / phosphatase activity / actin filament organization / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like, plant and fungi / Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like / Tyrosine phosphatase family / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Protein-tyrosine phosphatase-like ...Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like, plant and fungi / Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like / Tyrosine phosphatase family / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Inositol diphosphatase SIW14
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Wang, H. / Shears, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical characterization of Siw14: A protein-tyrosine phosphatase fold that metabolizes inositol pyrophosphates.
著者: Wang, H. / Gu, C. / Rolfes, R.J. / Jessen, H.J. / Shears, S.B.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
B: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
C: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
D: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
E: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
F: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
G: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
H: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
I: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,40723
ポリマ－179,4209
非ポリマー1,98614
水7,422412
1
A: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1903
ポリマ－19,9361
非ポリマー2542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1282
ポリマ－19,9361
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1903
ポリマ－19,9361
非ポリマー2542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2254
ポリマ－19,9361
非ポリマー2903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1282
ポリマ－19,9361
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1282
ポリマ－19,9361
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1633
ポリマ－19,9361
非ポリマー2282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1282
ポリマ－19,9361
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Tyrosine-protein phosphatase SIW14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1282
ポリマ－19,9361
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.968, 92.968, 814.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11I-426-

HOH

21I-432-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein phosphatase SIW14


分子量: 19935.592 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SIW14, YNL032W, N2746 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53965, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.7M sodium citrate, 50 mM ?-mercaptoethanol / PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97177 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月15日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97177 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→50 Å / Num. obs: 162303 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.831 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.34→2.38 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7262 / CC1/2: 0.824 / Rrim(I) all: 0.544 / Χ2: 0.552 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→49.454 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 3595 2.23 %
Rwork0.2059 --
obs0.2064 160875 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12258 0 14 412 12684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512566
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79516988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2574778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.38090.32621240.27635507X-RAY DIFFRACTION88
2.3809-2.41350.31261270.27295772X-RAY DIFFRACTION94
2.4135-2.4480.28851440.25516239X-RAY DIFFRACTION100
2.448-2.48460.29891410.25126104X-RAY DIFFRACTION100
2.4846-2.52340.27061410.25096182X-RAY DIFFRACTION100
2.5234-2.56470.29061370.24736152X-RAY DIFFRACTION100
2.5647-2.6090.29991420.2486119X-RAY DIFFRACTION100
2.609-2.65640.31771420.23716258X-RAY DIFFRACTION100
2.6564-2.70750.27131390.24736083X-RAY DIFFRACTION100
2.7075-2.76280.28741450.25026191X-RAY DIFFRACTION100
2.7628-2.82280.29611330.23786255X-RAY DIFFRACTION100
2.8228-2.88850.28821420.23226136X-RAY DIFFRACTION100
2.8885-2.96070.28181430.23126131X-RAY DIFFRACTION100
2.9607-3.04080.28211450.22786166X-RAY DIFFRACTION100
3.0408-3.13020.24681400.22556146X-RAY DIFFRACTION100
3.1302-3.23120.23811410.21896176X-RAY DIFFRACTION100
3.2312-3.34670.24871440.22076169X-RAY DIFFRACTION100
3.3467-3.48070.24061400.21816130X-RAY DIFFRACTION100
3.4807-3.6390.21541400.19656138X-RAY DIFFRACTION100
3.639-3.83080.23691410.18556147X-RAY DIFFRACTION99
3.8308-4.07070.16881360.17545890X-RAY DIFFRACTION96
4.0707-4.38480.18321300.17135926X-RAY DIFFRACTION96
4.3848-4.82580.16091260.1515610X-RAY DIFFRACTION91
4.8258-5.52330.18831450.17695848X-RAY DIFFRACTION95
5.5233-6.95570.1871390.20916056X-RAY DIFFRACTION98
6.9557-49.46530.19161280.1885749X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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