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- PDB-6by8: Menin in complex with MI-1482 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6by8
タイトルMenin in complex with MI-1482
要素Menin
キーワードPROTEIN BINDING / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Y-form DNA binding / : / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / MLL1/2 complex / R-SMAD binding / osteoblast development / histone methyltransferase complex / negative regulation of osteoblast differentiation ...Y-form DNA binding / : / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / MLL1/2 complex / R-SMAD binding / osteoblast development / histone methyltransferase complex / negative regulation of osteoblast differentiation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cleavage furrow / MLL1 complex / negative regulation of cell cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of protein phosphorylation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / response to gamma radiation / phosphoprotein binding / Post-translational protein phosphorylation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Borkin, T. / Klossowski, S. / Pollock, J. / Linhares, B. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Complexity of Blocking Bivalent Protein-Protein Interactions: Development of a Highly Potent Inhibitor of the Menin-Mixed-Lineage Leukemia Interaction.
著者: Borkin, D. / Klossowski, S. / Pollock, J. / Miao, H. / Linhares, B.M. / Kempinska, K. / Jin, Z. / Purohit, T. / Wen, B. / He, M. / Sun, D. / Cierpicki, T. / Grembecka, J.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,15311
ポリマ－54,6001
非ポリマー1,55310
水8,215456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Fluorescence polarization anisotropy assay
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.991, 80.222, 124.722
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Menin


分子量: 54600.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255

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非ポリマー , 6種, 466分子

#2: 化合物 ChemComp-FNV / 4-methyl-1-{[(2R)-5-oxomorpholin-2-yl]methyl}-5-[(4-{[6-(2,2,2-trifluoroethyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}piperidin-1-yl)methyl]-1H-indole-2-carbonitrile


分子量: 597.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H30F3N7O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were ...詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES and 25% w/v PEG 3,350. This solution was mixed 1:1 with 2.5mg/mL protein in 50mM Tris-HCl, 50mM NaCl, and 1mM TCEP. Prior to data collection, crystals were transferred into a cryo-solution containing 20% PEG550 MME and flash-frozen in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 54917 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 14.6947939233 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.48
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.508 / Num. unique all: 1972

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X5Y

4x5y


解像度: 1.9→38.52 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 2024 5.12 %
Rwork0.1505 --
obs0.1524 39551 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3657 0 98 456 4211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007891754340413908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8815435501295314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0504545823666592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00525020807061670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.76441311222355
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.9475 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 147 -
Rwork0.14 2641 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.0523688643 Å / Origin y: 11.6777166463 Å / Origin z: 13.9912356281 Å
111213212223313233
T0.0381606689031 Å2-0.0110161653713 Å2-0.00261823315105 Å2-0.0730391640593 Å20.0116843037937 Å2--0.0560293445723 Å2
L0.268338590747 °2-0.225629899856 °2-0.104717686221 °2-1.03323936873 °20.49427983047 °2--0.728236995177 °2
S-0.000114567938061 Å °0.0523701064189 Å °0.00221734531145 Å °-0.000185408272129 Å °-0.0280418089653 Å °0.0148161050071 Å °0.0288054345992 Å °-0.00774985969135 Å °0.0160344943276 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 2:588)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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