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- PDB-6bxi: X-ray crystal structure of NDR1 kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bxi
タイトルX-ray crystal structure of NDR1 kinase domain
要素Serine/threonine-protein kinase 38
キーワードTRANSFERASE / kinase fold with atypically long activation segment
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like protein reader activity / UFM1-modified protein reader activity / postsynapse organization / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of MAP kinase activity / histone reader activity / RHOBTB2 GTPase cycle / DNA damage checkpoint signaling / protein modification process ...ubiquitin-like protein reader activity / UFM1-modified protein reader activity / postsynapse organization / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of MAP kinase activity / histone reader activity / RHOBTB2 GTPase cycle / DNA damage checkpoint signaling / protein modification process / site of double-strand break / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...: / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase 38
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xiong, S. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for Auto-Inhibition of the NDR1 Kinase Domain by an Atypically Long Activation Segment.
著者: Xiong, S. / Lorenzen, K. / Couzens, A.L. / Templeton, C.M. / Rajendran, D. / Mao, D.Y.L. / Juang, Y.C. / Chiovitti, D. / Kurinov, I. / Guettler, S. / Gingras, A.C. / Sicheri, F.
履歴
登録2017年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 38
B: Serine/threonine-protein kinase 38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5686
ポリマ－77,5072
非ポリマー1,0614
水7,945441
1
A: Serine/threonine-protein kinase 38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2843
ポリマ－38,7531
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase 38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2843
ポリマ－38,7531
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.191, 117.967, 95.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-776-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 38 / NDR1 protein kinase / Nuclear Dbf2-related kinase 1


分子量: 38753.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK38, NDR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q15208, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.071 Å / Num. obs: 220717 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.45 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1951精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→48.071 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 2554 5.09 %
Rwork0.1705 --
obs0.1726 50219 93.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.071 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5367 0 64 441 5872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1847540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6642065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055817
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006950
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1999-2.24220.26561130.22042341X-RAY DIFFRACTION82
2.2422-2.28790.27351390.2152521X-RAY DIFFRACTION90
2.2879-2.33770.23141450.20512626X-RAY DIFFRACTION93
2.3377-2.39210.23371450.20612669X-RAY DIFFRACTION94
2.3921-2.45190.24871670.20092677X-RAY DIFFRACTION95
2.4519-2.51820.25111500.19662654X-RAY DIFFRACTION94
2.5182-2.59230.24231520.19792647X-RAY DIFFRACTION95
2.5923-2.67590.2091290.18832755X-RAY DIFFRACTION97
2.6759-2.77160.21231590.17492723X-RAY DIFFRACTION96
2.7716-2.88250.23761510.17482698X-RAY DIFFRACTION95
2.8825-3.01370.23491500.17412670X-RAY DIFFRACTION95
3.0137-3.17250.22411290.17172679X-RAY DIFFRACTION94
3.1725-3.37130.22421310.16962749X-RAY DIFFRACTION96
3.3713-3.63150.17321440.15922696X-RAY DIFFRACTION95
3.6315-3.99680.19241550.14372620X-RAY DIFFRACTION93
3.9968-4.57470.17871280.13692678X-RAY DIFFRACTION93
4.5747-5.76210.19381310.15732655X-RAY DIFFRACTION93
5.7621-48.08270.19451360.16722607X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9283-0.2803-0.42821.18810.1931.0745-0.089-0.06640.46710.24270.0082-0.5319-0.13270.2430.00320.21820.0526-0.05760.3058-0.01920.3507174.132713.21430.4983
21.02950.22670.58111.18680.34991.49060.0354-0.0795-0.01890.1605-0.0018-0.08220.18510.0554-0.00860.24410.04190.00270.16930.0030.1747159.18666.51827.5323
31.584-0.21180.25721.64630.50171.3724-0.08360.19240.2605-0.384-0.15930.2572-0.302-0.34650.15340.31160.0139-0.05820.3111-0.00160.3049145.717919.572414.9037
41.0064-0.08950.23481.63570.52061.85230.0212-0.05470.0638-0.0192-0.15590.17390.1093-0.28040.11970.1696-0.00430.00350.2102-0.03690.1866142.63527.920915.9862
52.48940.40830.45281.35780.08241.33120.04930.3448-0.17210.10520.0989-0.22590.29460.1948-0.1490.37380.1030.03190.2502-0.01540.198164.705-1.877916.9393
62.02510.72020.02211.8976-0.03821.6304-0.09180.209-0.3159-0.24580.1749-0.31610.14190.1821-0.07710.2719-0.04490.04310.2653-0.01150.2886167.0841-16.9005-33.6154
70.876-0.2268-0.44361.13910.18971.27780.00810.08370.0091-0.12640.0051-0.0603-0.1430.0654-0.0190.1901-0.0403-0.0070.17230.00230.1854155.5648-7.3689-27.8354
81.71610.5347-0.54442.1123-0.34531.5124-0.0053-0.0924-0.23210.0608-0.27650.36870.2864-0.28460.20620.2731-0.05310.02760.2782-0.07230.3127141.687-23.2467-23.0011
91.2867-0.80530.19842.30421.08222.5103-0.3192-0.3169-0.21740.64650.0410.14980.1296-0.0690.23790.2861-0.00960.04150.21350.03680.206148.748-20.4336-9.7493
100.6731-0.0916-0.17471.49740.44051.36970.02370.0118-0.04280.0322-0.17390.2703-0.1285-0.2720.14520.17910.0087-0.00510.2344-0.04540.1928139.1598-8.5524-15.0149
112.43520.04-0.87150.96760.80131.36770.2512-0.05070.0769-0.3570.0926-0.1997-0.11350.2565-0.28780.3612-0.0685-0.06050.2576-0.02170.2269162.8407-0.7374-19.1071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 82 through 113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 228 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 229 through 273 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 274 through 382 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 383 through 414 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 83 through 127 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 128 through 228 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 229 through 256 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 257 through 290 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 291 through 382 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 383 through 414 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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