PDB-6bwt: 2.45 Angstrom Resolution Crystal Structure Thioredoxin Reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bwt

タイトル

2.45 Angstrom Resolution Crystal Structure Thioredoxin Reductase from Francisella tularensis.

要素

Thioredoxin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Thioredoxin Reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.45 Angstrom Resolution Crystal Structure Thioredoxin Reductase from Francisella tularensis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bwt.cif.gz	436.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bwt.ent.gz	359.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6bwt_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bwt_full_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示
XML形式データ	6bwt_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	6bwt_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/6bwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/6bwt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1tdeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yej-1 2nqs-d 4xm3-1 4xn0-1 2nqk-d 2x6w-1 4xla-1 4xmy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP02383

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thioredoxin reductase

B: Thioredoxin reductase

C: Thioredoxin reductase

D: Thioredoxin reductase

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.299, 112.587, 167.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	2 - 314	5 - 317
2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	2 - 314	5 - 317
1	2	ASN	ASN	ASP	ASP	A	A	3 - 315	6 - 318
2	2	ASN	ASN	ASP	ASP	C	C	3 - 315	6 - 318
1	3	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	3 - 313	6 - 316
2	3	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	3 - 313	6 - 316
1	4	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	3 - 313	6 - 316
2	4	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	3 - 313	6 - 316
1	5	ASN	ASN	LEU	LEU	B	B	3 - 314	6 - 317
2	5	ASN	ASN	LEU	LEU	D	D	3 - 314	6 - 317
1	6	ASN	ASN	LEU	LEU	C	C	3 - 314	6 - 317
2	6	ASN	ASN	LEU	LEU	D	D	3 - 314	6 - 317

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Thioredoxin reductase 分子量: 34303.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア) 株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: trxB, FTT_0489c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5NHG5, thioredoxin-disulfide reductase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 7.7 mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCL pH 8.3; Screen: Clssics II (F8), 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 41167 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 51.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.067 / R_sym value: 0.06 / Χ²: 1.014 / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2009 / CC_1/2: 0.717 / R_pim(I) all: 0.363 / R_rim(I) all: 0.818 / R_sym value: 0.73 / Χ²: 0.994 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TDE

1tde

解像度: 2.45→29.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 18.487 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.751 / ESU R Free: 0.296 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25217	2074	5 %	RANDOM
R_work	0.21524	-	-	-
obs	0.21708	39025	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.212 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.45→29.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8306	0	71	247	8624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	8502
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.265	1.959	11502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.85	3	18508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.048	5	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.419	25.983	351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.621	15	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.994	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	9473
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.021	0.02	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.125	4.232	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.125	4.232	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.488	6.338	5530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.488	6.338	5531
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.298	4.65	4071
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.243	4.617	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.691	6.773	5895
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.416	50.438	9020
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.381	50.33	8986
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15330	0.12
1	2	B	15330	0.12
2	1	A	15336	0.12
2	2	C	15336	0.12
3	1	A	15636	0.1
3	2	D	15636	0.1
4	1	B	15646	0.1
4	2	C	15646	0.1
5	1	B	15232	0.12
5	2	D	15232	0.12
6	1	C	15360	0.11
6	2	D	15360	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.451→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	174	-
R_work	0.271	2685	-
obs	-	-	96.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8605	0.161	-2.1144	1.904	-0.2706	5.153	-0.1373	0.0088	-0.3302	-0.0035	-0.0131	-0.0127	0.2065	-0.418	0.1504	0.0238	-0.0239	-0.0172	0.0532	0.0234	0.0833	19.4807	14.9026	35.497
2	6.2484	-0.5823	-3.912	2.469	-1.3602	5.3956	0.1315	0.0458	-0.1525	0.1922	0.0069	0.0741	-0.2312	-0.1849	-0.1385	0.2467	0.0159	-0.0057	0.0376	0.057	0.1009	24.429	46.3506	21.8077
3	0.7048	0.8346	-2.0319	1.1137	-2.5702	6.1634	0.184	-0.1918	0.068	0.305	-0.0689	-0.1333	-0.8078	0.1956	-0.1151	0.7286	0.0803	0.0033	0.5287	-0.0074	0.8043	24.8089	50.2526	29.4353
4	2.9472	0.5273	-0.9452	0.1783	-0.5796	2.3343	0.0117	-0.3412	-0.1585	0.0135	-0.038	-0.0315	-0.0304	-0.0125	0.0264	0.0729	0.0163	-0.0183	0.053	0.0287	0.0816	32.746	19.0078	38.6498
5	2.0396	-1.1767	-0.3825	3.905	-0.5498	3.0579	0.1058	0.1021	0.2858	-0.459	-0.1371	-0.2729	-0.1161	0.2908	0.0313	0.0879	0.0259	0.0561	0.0867	0.0776	0.1095	55.363	24.1367	17.9017
6	2.72	-1.0184	-3.6248	3.1052	0.5223	7.2474	0.4269	-0.0217	0.1957	0.0656	-0.2846	0.3197	-0.3865	0.3315	-0.1423	0.2405	-0.0326	0.0639	0.0596	-0.0138	0.1031	49.84	-9.5805	33.6276
7	6.7273	1.0258	-0.5734	7.0337	0.778	4.1436	0.2606	-0.6589	0.1923	0.4137	-0.0238	-0.9926	-0.4497	1.1153	-0.2368	0.1839	-0.135	-0.0393	0.4849	-0.029	0.1641	62.3518	-8.8057	37.8745
8	2.9842	0.6432	-0.8413	2.3056	-0.3669	2.4543	0.0421	-0.3512	0.188	0.089	-0.0389	-0.1652	-0.0231	0.3445	-0.0032	0.0578	0.0107	-0.0172	0.0933	0.0169	0.1271	50.3126	20.9005	30.1778
9	2.405	-1.3727	-0.1343	3.0991	-0.5144	1.2983	-0.2649	-0.0365	0.0938	-0.0119	0.0495	-0.4415	-0.0209	0.106	0.2155	0.1727	-0.0175	-0.0601	0.0132	0.0131	0.1217	60.0319	-0.0663	7.6487
10	4.8871	-1.7326	-2.1373	6.2991	3.6048	6.7521	-0.1128	0.5686	-0.146	-0.1007	-0.336	0.5431	-0.113	-0.4755	0.4488	0.0852	0.0427	-0.0755	0.107	-0.0703	0.1362	30.1044	19.1616	12.1265
11	8.2031	1.5105	-2.1904	6.6072	-0.296	7.342	-0.0469	1.2219	-0.8013	-1.0384	-0.6814	0.9063	0.338	-0.5456	0.7283	0.2754	0.113	-0.1854	0.3213	-0.277	0.3114	27.6696	12.2784	3.1024
12	1.2037	-0.6681	0.1911	2.4693	0.247	1.1843	-0.2214	0.1441	-0.0919	-0.1101	0.1376	-0.0888	0.0736	-0.1474	0.0838	0.3255	-0.0343	0.0002	0.1313	0.0148	0.1581	48.1679	-3.6137	3.2377
13	6.91	0.7439	0.1149	2.4394	0.8503	3.5393	-0.0357	-0.6945	-0.1865	0.5734	0.0991	0.4836	-0.1386	-0.6877	-0.0634	0.2976	0.0549	0.1476	0.303	0.1544	0.274	29.271	-20.7368	21.0454
14	4.8637	-0.2775	0.4411	2.5112	-1.7211	1.5854	0.1667	-0.4953	-0.0997	-0.308	-0.1907	-0.1939	0.2443	0.0742	0.0241	0.1489	-0.0138	0.0677	0.0756	0.0243	0.0716	51.0934	-35.1564	20.9049
15	8.3304	1.1638	-0.2205	1.2018	-0.5213	0.3002	-0.0435	-0.2561	-0.8062	-0.4455	-0.0801	-0.4921	0.1822	0.0348	0.1236	0.3816	0.0143	0.1312	0.015	0.0332	0.3289	53.3925	-46.5461	18.9141
16	3.7371	0.7981	-0.8813	2.1967	0.186	1.5451	-0.1233	0.2447	-0.1313	-0.1949	0.2157	0.3242	0.11	-0.3896	-0.0924	0.267	-0.0283	-0.006	0.1357	0.0849	0.2228	35.2314	-18.0675	8.3121

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	115 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	218 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	250 - 315
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 118
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	121 - 206
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	207 - 240
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	241 - 314
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	129 - 173
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	174 - 230
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	231 - 315
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	3 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	94 - 205
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	206 - 249
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	250 - 314

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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