PDB-6bwc: X-ray structure of Pen from Bacillus thuringiensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bwc

タイトル

X-ray structure of Pen from Bacillus thuringiensis

要素

Polysaccharide biosynthesis protein CapD

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / shout chain dehydrogenase / flagellin glycosylation / deoxy-sugar

機能・相同性

機能・相同性情報

Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / Polysaccharide biosynthesis protein, CapD-like domain / Polysaccharide biosynthesis protein / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus thuringiensis HD-771 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Delvaux, N.A. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Molecular architectures of Pen and Pal: Key enzymes required for CMP-pseudaminic acid biosynthesis in Bacillus thuringiensis.
著者: Delvaux, N.A. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.

履歴

登録	2017年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bwc.cif.gz	396.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bwc.ent.gz	325.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6bwc_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6bwc_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	6bwc_validation.xml.gz	71.2 KB	表示
CIF形式データ	6bwc_validation.cif.gz	94.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/6bwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/6bwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bwlC 2gn4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gn6-1 2gna-1 2gn8-1 2gn4-1 2gn9-1 3an2-d 6wc0-d 214 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polysaccharide biosynthesis protein CapD

B: Polysaccharide biosynthesis protein CapD

C: Polysaccharide biosynthesis protein CapD

D: Polysaccharide biosynthesis protein CapD

E: Polysaccharide biosynthesis protein CapD

F: Polysaccharide biosynthesis protein CapD

ヘテロ分子

241 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.524, 141.876, 93.244
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Polysaccharide biosynthesis protein CapD 分子量: 38774.598 Da / 分子数: 6 / 変異: D128N, K129A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis HD-771 (バクテリア) 遺伝子: BTG_02000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3UJH9
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE 分子量: 607.354 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₇H₂₇N₃O₁₇P₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.2-2.5 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, 5 mM UDP-GlcNAc

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→86.66 Å / Num. obs: 55673 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.094 / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5327 / R_sym value: 0.301 / % possible all: 84.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
SAINT		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2gn4

2gn4

解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 16.183 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.393 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2512	2896	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20133	-	-	-
obs	0.20395	52775	90.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.501 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.72 Å²	0 Å²	-0.92 Å²
2-	-	3.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15321	0	547	134	16002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	16120
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	15584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.733	2.009	21771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.998	3	35908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.572	5	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.517	24.884	692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.374	15	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.544	15	82
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	17557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.399	2.601	7721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.399	2.601	7720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.384	3.891	9611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.384	3.891	9612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.283	2.69	8399
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.275	2.682	8378
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.218	3.955	12131
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.033	19.504	17186
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.008	19.504	17180
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	176	-
R_work	0.315	3633	-
obs	-	-	84.1 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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