PDB-6bvk: Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bvk

タイトル

Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator

要素

(GTPase HRas) x 2
Son of sevenless homolog 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Ras / SOS / inhibitor / ONCOPROTEIN / Protein-protein complex / MAPK

機能・相同性

機能・相同性情報

midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling / oncogene-induced cell senescence / Activation of RAC1 / positive regulation of ruffle assembly / blood vessel morphogenesis / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / leukocyte migration / regulation of T cell proliferation / positive regulation of miRNA metabolic process / NRAGE signals death through JNK / roof of mouth development / eyelid development in camera-type eye / defense response to protozoan / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / Fc-epsilon receptor signaling pathway / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / B cell homeostasis / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / RET signaling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / hair follicle development / SHC1 events in ERBB4 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / Signalling to RAS / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / adipose tissue development / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / : / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / myelination / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Insulin receptor signalling cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / positive regulation of GTPase activity
類似検索 - 分子機能

Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Phan, J. / Abbott, J. / Fesik, S.W.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Aminopiperidine Indoles That Activate the Guanine Nucleotide Exchange Factor SOS1 and Modulate RAS Signaling.
著者: Abbott, J.R. / Hodges, T.R. / Daniels, R.N. / Patel, P.A. / Kennedy, J.P. / Howes, J.E. / Akan, D.T. / Burns, M.C. / Sai, J. / Sobolik, T. / Beesetty, Y. / Lee, T. / Rossanese, O.W. / Phan, J. ...

履歴

登録	2017年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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-
関連構造データ

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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (83)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (49)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (6)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (7)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (2)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (2)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (9)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (9)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (4)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (4)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (5)
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インテグリン (Integrin)
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炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (4)
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類似性 (2)
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タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
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#21 - 2001年9月
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類似性 (3)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
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フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GTPase HRas

B: Son of sevenless homolog 1

C: GTPase HRas

ヘテロ分子

95.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.421, 184.421, 179.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2862- HOH

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	GTPase HRas / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras 分子量: 18856.146 Da / 分子数: 1 / 変異: Y64A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112
#2: タンパク質	Son of sevenless homolog 1 分子量: 56589.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07889
#3: タンパク質	GTPase HRas / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras 分子量: 18932.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112

-
非ポリマー , 7種, 1210分子

#4: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-EAV / N-{1-[(5-chloro-1H-indol-3-yl)methyl]piperidin-4-yl}-6-methyl-L-tryptophanamide 分子量: 464.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₀ClN₅O
#7: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.799→33.53 Å / Num. obs: 141274 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 12 % / R_pim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.799→1.863 Å / Num. unique all: 6961 / R_pim(I) all: 0.392

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12rc1_2801: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.799→33.53 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1787	6876	4.87 %
R_work	0.1553	-	-
obs	0.1564	141270	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→33.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6534	0	97	1203	7834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7103
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	9647
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.636	4384
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1045
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1300

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7989-1.8193	0.2663	222	0.2276	4356	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8193-1.8407	0.2431	210	0.2294	4450	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8407-1.8631	0.2543	236	0.2172	4455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8631-1.8867	0.2336	195	0.2049	4443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8867-1.9116	0.2025	220	0.1984	4429	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9116-1.9377	0.2094	264	0.1954	4419	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9377-1.9654	0.2272	261	0.1933	4412	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9654-1.9948	0.1942	249	0.1799	4420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9948-2.0259	0.1894	208	0.1696	4483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0259-2.0591	0.1898	229	0.1634	4439	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0591-2.0946	0.1832	214	0.1595	4451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0946-2.1327	0.1777	255	0.151	4446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1327-2.1737	0.1817	251	0.1521	4409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1737-2.2181	0.1926	193	0.1514	4509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2181-2.2663	0.1699	204	0.1509	4479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2663-2.319	0.1745	235	0.1555	4462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.377	0.1745	258	0.1548	4408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.377-2.4412	0.1767	245	0.1552	4472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4412-2.5131	0.1824	206	0.1546	4499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5131-2.5941	0.1882	235	0.1491	4486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5941-2.6868	0.1882	223	0.1584	4454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6868-2.7943	0.1834	251	0.1617	4477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7943-2.9215	0.1856	298	0.1567	4421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9215-3.0754	0.1885	253	0.155	4482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0754-3.2679	0.1597	253	0.1492	4479	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2679-3.52	0.1748	207	0.1424	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.8738	0.1383	224	0.1309	4538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8738-4.4332	0.1468	191	0.1223	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4332-5.5812	0.1461	179	0.1384	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5812-33.642	0.1837	207	0.1698	4803	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.023	0.0227	0.0165	0.0391	0.0263	0.0543	0.0428	0.008	-0.0292	-0.0168	-0.0085	0.088	0.073	-0.0382	0	0.121	-0.0218	0.0168	0.1316	-0.0125	0.1418	19.6475	50.2618	62.348
2	0.0262	0.0066	0.0406	0.0075	0.0005	0.0386	-0.0293	-0.0917	-0.0125	0.0888	0.0241	-0.0266	-0.072	0.0828	-0.0003	0.1194	-0.0516	0.018	0.1468	-0.0199	0.1132	29.2853	45.1126	56.7654
3	0.0119	0.0049	0.0178	-0.0052	0.0036	0.0132	0.0243	-0.129	-0.0799	0.1855	-0.064	0.0528	0.1648	-0.0532	-0	0.2038	-0.0432	0.0226	0.1777	0.0069	0.1267	24.1419	46.068	73.3244
4	0.0571	0.0557	0.0134	0.0487	0.0205	0.0139	0.1135	-0.2684	0.1382	0.1245	-0.0343	0.0391	-0.0475	0.0644	0.0028	0.158	-0.0463	0.018	0.1771	-0.0331	0.1238	27.2944	57.2204	74.7271
5	0.0341	0.0586	-0.0426	0.0565	-0.0507	0.0333	0.0442	-0.0384	0.1759	-0.0511	-0.0148	0.0909	-0.1584	0.048	-0	0.158	-0.028	0.0313	0.1178	-0.0213	0.1865	24.7408	66.138	65.7562
6	0.0114	-0.0105	-0.0126	0.0061	0.0034	0.0127	0.0376	-0.0029	0.0438	0.0292	-0.0776	-0.0487	-0.0488	0.1079	-0	0.1381	-0.0416	0.0134	0.1678	-0.0142	0.1236	34.6833	54.1071	60.7145
7	0.0856	-0.1129	-0.1935	0.1835	0.0517	0.3205	-0.0195	0.0018	0.0127	0.0202	-0.0042	0.0324	0.0146	0.0419	0	0.1114	-0.0213	0.0016	0.1239	0.0039	0.0929	12.9794	31.1171	78.0127
8	0.0331	-0.0178	0.0178	0.0359	0.0561	0.0549	0.1051	0.0128	0.07	0.0541	0.0554	0.0997	-0.2807	-0.0649	-0.0001	0.1702	-0.0238	0.011	0.1517	0.0192	0.1645	9.5541	49.4788	52.5579
9	0.1516	0.0361	-0.0775	0.3344	-0.1532	0.5732	-0.0328	0.019	-0.0041	-0.0144	0.0252	-0.0147	-0.0048	0.0289	0.023	0.0458	-0.0231	0.0092	0.0567	-0.0068	0.0531	22.5102	33.8015	32.8561
10	-0.0005	-0.0102	0.012	0.0477	-0.0348	0.0134	-0.0413	0.0223	0.1245	0.1311	0.0201	-0.1669	0.0382	0.0012	0	0.1265	0.0209	-0.0042	0.1245	-0.0017	0.2071	31.745	12.2649	41.6185
11	-0.0029	-0.0035	-0.0004	0.007	-0.0067	0.0016	0.0291	0.0344	-0.0675	0.0471	0.0476	0.0106	0.1023	0.0003	0	0.3087	0.0462	-0.1204	0.1477	0.0758	0.4125	32.2379	12.6037	55.8548
12	0.0006	0.0027	-0.0119	0.0017	0.0018	0.003	-0.0264	-0.0734	0.017	0.0494	-0.1188	-0.0451	-0.1069	0.1106	-0	0.2098	0.0522	-0.0919	0.233	0.003	0.4064	39.9781	14.3006	46.027
13	0.0138	0.0218	0.0559	0.0495	0.0406	0.0878	-0.0533	-0.0221	-0.0117	-0.0407	0.001	-0.1658	-0.0485	0.0175	-0.0008	0.0969	-0.0008	0.0099	0.083	0.0065	0.1516	29.4671	19.2447	36.0046
14	0.0027	-0.007	-0.0319	0.1086	0.0137	0.0267	0.0628	0.0488	-0.0041	-0.1209	-0.0274	0.0343	0.0196	0.0312	-0	0.1262	0.0188	0.0189	0.1078	0.0044	0.1248	23.4409	8.8774	31.5835
15	0.015	-0.0035	0.0186	0.0116	-0.0121	0.0197	0.0824	-0.0385	-0.0096	-0.0539	-0.0254	0.1873	0.1069	0.013	-0	0.1479	0.0084	0.0089	0.1042	-0.0257	0.1795	18.0925	-1.8695	36.4868
16	0.004	-0.0073	0.0077	0.0115	-0.0055	0.0031	0.0097	-0.0852	-0.0094	0.0651	-0.0063	-0.0692	-0.0243	-0.0342	0	0.1283	0.0227	0.0051	0.1201	-0.0069	0.1285	26.3707	1.0636	43.3012
17	0.0122	-0.0061	0.0001	0.011	-0.003	0	0.0387	0.016	0.035	-0.0874	-0.055	-0.1487	0.123	0.0374	0.001	0.1111	0.0345	0.0267	0.1162	-0.0036	0.1865	37.0059	3.3653	37.0193

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 117 through 151 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 152 through 166 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 565 through 723 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 724 through 768 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 769 through 1046 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 0 through 24 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 25 through 34 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 35 through 48 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 49 through 74 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 75 through 117 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 118 through 137 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 138 through 151 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 152 through 166 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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