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- PDB-6d5v: Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d5v
タイトルRas:SOS:Ras in complex with a small molecule activator
要素
  • (GTPase HRas) x 2
  • Son of sevenless homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ras / SOS / inhibitor / ONCOPROTEIN / Protein-protein complex / MAPK
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase complex / phospholipase C activator activity / Interleukin-15 signaling / oncogene-induced cell senescence / Activation of RAC1 / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / positive regulation of miRNA metabolic process / Signaling by LTK / positive regulation of ruffle assembly / T-helper 1 type immune response ...GTPase complex / phospholipase C activator activity / Interleukin-15 signaling / oncogene-induced cell senescence / Activation of RAC1 / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / positive regulation of miRNA metabolic process / Signaling by LTK / positive regulation of ruffle assembly / T-helper 1 type immune response / leukocyte migration / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / defense response to protozoan / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of wound healing / adipose tissue development / Fc-epsilon receptor signaling pathway / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / RET signaling / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / Signal attenuation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / Schwann cell development / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / positive regulation of Rac protein signal transduction / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / myelination / Signaling by FGFR4 in disease / fibroblast proliferation / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / RAC1 GTPase cycle / Tie2 Signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR2 in disease / EPHB-mediated forward signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / animal organ morphogenesis / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / FCERI mediated Ca+2 mobilization / response to ischemia / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / axon guidance / guanyl-nucleotide exchange factor activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / B cell receptor signaling pathway / VEGFR2 mediated cell proliferation / GTPase activator activity / regulation of actin cytoskeleton organization / T cell activation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / molecular condensate scaffold activity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII
類似検索 - 分子機能
Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor ...Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Histone-fold / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FVY / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase HRas / Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Phan, J. / Hodges, T. / Fesik, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Lustgarten 米国
引用
ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery and Structure-Based Optimization of Benzimidazole-Derived Activators of SOS1-Mediated Nucleotide Exchange on RAS.
著者: Hodges, T.R. / Abbott, J.R. / Little, A.J. / Sarkar, D. / Salovich, J.M. / Howes, J.E. / Akan, D.T. / Sai, J. / Arnold, A.L. / Browning, C. / Burns, M.C. / Sobolik, T. / Sun, Q. / Beesetty, Y. ...著者: Hodges, T.R. / Abbott, J.R. / Little, A.J. / Sarkar, D. / Salovich, J.M. / Howes, J.E. / Akan, D.T. / Sai, J. / Arnold, A.L. / Browning, C. / Burns, M.C. / Sobolik, T. / Sun, Q. / Beesetty, Y. / Coker, J.A. / Scharn, D. / Stadtmueller, H. / Rossanese, O.W. / Phan, J. / Waterson, A.G. / McConnell, D.B. / Fesik, S.W.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2014
タイトル: Approach for targeting Ras with small molecules that activate SOS-mediated nucleotide exchange.
著者: Burns, M.C. / Sun, Q. / Daniels, R.N. / Camper, D. / Kennedy, J.P. / Phan, J. / Olejniczak, E.T. / Lee, T. / Waterson, A.G. / Rossanese, O.W. / Fesik, S.W.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: GTPase HRas
R: GTPase HRas
S: Son of sevenless homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2126
ポリマ－94,3623
非ポリマー8503
水16,466914
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area35530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.822, 182.822, 177.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11S-1627-

HOH

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 QRS

#1: タンパク質 GTPase HRas / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras


分子量: 18840.146 Da / 分子数: 1 / 変異: Y64A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112
#2: タンパク質 GTPase HRas / H-Ras-1 / Ha-Ras / Transforming protein p21 / c-H-ras / p21ras


分子量: 18932.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01112
#3: タンパク質 Son of sevenless homolog 1 / SOS-1


分子量: 56589.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07889

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非ポリマー , 4種, 917分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-FVY / 1-[(3-chloro-4-fluorophenyl)methyl]-5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-amine


分子量: 303.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15ClFN3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 914 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 95040 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.08 Å / Num. unique obs: 4687 / Rpim(I) all: 0.204

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NYI

4nyi


解像度: 2.04→35.854 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1862 1998 2.1 %
Rwork0.1669 --
obs0.1673 94992 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→35.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6515 0 54 917 7486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0629188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0072618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431006
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0402-2.09120.21441400.1946550X-RAY DIFFRACTION100
2.0912-2.14770.21371420.18436560X-RAY DIFFRACTION100
2.1477-2.21090.20231400.17656593X-RAY DIFFRACTION100
2.2109-2.28220.21321480.17826548X-RAY DIFFRACTION100
2.2822-2.36380.21361360.18056601X-RAY DIFFRACTION100
2.3638-2.45840.25141390.17836611X-RAY DIFFRACTION100
2.4584-2.57030.20571410.17716601X-RAY DIFFRACTION100
2.5703-2.70570.20191460.18516599X-RAY DIFFRACTION100
2.7057-2.87520.22461400.18456636X-RAY DIFFRACTION100
2.8752-3.09710.22631450.17796639X-RAY DIFFRACTION100
3.0971-3.40850.18331420.16626665X-RAY DIFFRACTION100
3.4085-3.90120.1521450.14546686X-RAY DIFFRACTION100
3.9012-4.91320.13261460.13516750X-RAY DIFFRACTION100
4.9132-35.85990.18231480.17586955X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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