PDB-6buv: Structure of Mycobacterium tuberculosis NadD in complex with inhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6buv

タイトル

Structure of Mycobacterium tuberculosis NadD in complex with inhibitor [(1~{R},2~{R},5~{S})-5-methyl-2-propan-2-yl-cyclohexyl] 2-[3-methyl-2-(phenoxymethyl)benzimidazol-1-yl]ethanoate

要素

nicotinate mononucleotide adenylyltransferase NadD

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Rossman fold / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Rodionova, I.A. / Reed, R.W. / Sorci, L. / Osterman, A.L. / Korotkov, K.V.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1R03AI117361	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P20GM103486	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30GM110787	米国

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Novel Antimycobacterial Compounds Suppress NAD Biogenesis by Targeting a Unique Pocket of NaMN Adenylyltransferase.
著者: Osterman, A.L. / Rodionova, I. / Li, X. / Sergienko, E. / Ma, C.T. / Catanzaro, A. / Pettigrove, M.E. / Reed, R.W. / Gupta, R. / Rohde, K.H. / Korotkov, K.V. / Sorci, L.

履歴

登録	2017年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年4月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.0	2024年5月1日	Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6buv.cif.gz	236.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6buv.ent.gz	194 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6buv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6buv_validation.pdf.gz	903 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6buv_full_validation.pdf.gz	906.3 KB	表示
XML形式データ	6buv_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	6buv_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6buv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6buv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4s1oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xmh-2 2xme-1 2z0j-4 1v6s-1 2xme-2 3iuy-d 2w35-1 3uwd-d 2nv0-d 5css-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: nicotinate mononucleotide adenylyltransferase NadD

B: nicotinate mononucleotide adenylyltransferase NadD

ヘテロ分子

45.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	163.730, 163.730, 153.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	nicotinate mononucleotide adenylyltransferase NadD / Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide ...Deamido-NAD(+) diphosphorylase / Deamido-NAD(+) pyrophosphorylase / Nicotinate mononucleotide adenylyltransferase / NaMN adenylyltransferase 分子量: 22352.281 Da / 分子数: 2 / 変異: C196R, C200T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: nadD, Rv2421c, MTCY428.26 / プラスミド: pRSF-NT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) 参照: UniProt: P9WJJ5, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-E9A / 1-methyl-3-(2-{[(1R,2R,5S)-5-methyl-2-(propan-2-yl)cyclohexyl]oxy}-2-oxoethyl)-2-(phenoxymethyl)-1H-1,3-benzimidazol-3-ium 分子量: 435.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.25 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 6.2, 2.5 M sodium chloride Temp details: room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月20日
詳細: Si(111). Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→52.102 Å / Num. obs: 65723 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.773 % / B_iso Wilson estimate: 33.35 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.989 / Net I/σ(I): 11.08 / Num. measured all: 248001 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.86-1.91	3.76	1.146	1.72	4841	0.547	1.329	100
1.91-1.96	3.772	0.816	2.35	4741	0.662	0.945	99.9
1.96-2.02	3.776	0.654	2.92	4620	0.744	0.758	100
2.02-2.08	3.789	0.506	3.72	4477	0.841	0.586	100
2.08-2.15	3.78	0.361	5.02	4329	0.911	0.418	99.9
2.15-2.22	3.794	0.284	6.11	4185	0.94	0.329	99.9
2.22-2.31	3.794	0.228	7.22	4054	0.961	0.264	99.8
2.31-2.4	3.794	0.181	8.58	3908	0.973	0.21	99.8
2.4-2.51	3.808	0.149	9.88	3721	0.98	0.172	99.5
2.51-2.63	3.803	0.12	11.49	3597	0.985	0.139	99.6
2.63-2.77	3.806	0.098	13.16	3382	0.991	0.114	99.5
2.77-2.94	3.801	0.078	15.43	3204	0.992	0.091	99.2
2.94-3.14	3.78	0.063	18.37	3032	0.994	0.073	99.1
3.14-3.4	3.765	0.053	21.14	2801	0.995	0.062	98.9
3.4-3.72	3.757	0.045	24.02	2596	0.996	0.052	98.9
3.72-4.16	3.728	0.042	25.41	2342	0.996	0.049	98.2
4.16-4.8	3.74	0.04	27.25	2057	0.996	0.047	97.8
4.8-5.88	3.694	0.04	26.82	1736	0.996	0.047	96.9
5.88-8.32	3.673	0.04	26.83	1354	0.996	0.047	96.4
8.32-52.102	3.464	0.043	27.84	746	0.993	0.052	92.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE	November 3, 2014	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.13rc2_2975	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS	November 3, 2014	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4S1O

4s1o

解像度: 1.86→52.102 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.9 / 位相誤差: 20.23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1918	5923	5.03 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.1706	-	-	-
obs	0.1716	65711	91.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.63 Å² / B_iso mean: 48.6118 Å² / B_iso min: 21.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.86→52.102 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2976	0	73	296	3345
B_iso mean	-	-	66.72	49.56	-
残基数	-	-	-	-	380

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.86-1.8812	0.457	205	0.4241	3572	3777	88
1.8812-1.9033	0.372	201	0.3649	3610	3811	88
1.9033-1.9265	0.3097	204	0.323	3549	3753	89
1.9265-1.9509	0.2983	203	0.2909	3622	3825	89
1.9509-1.9766	0.2883	193	0.2883	3619	3812	89
1.9766-2.0036	0.2714	178	0.2689	3644	3822	89
2.0036-2.0323	0.246	178	0.2733	3706	3884	89
2.0323-2.0626	0.2928	154	0.2575	3675	3829	90
2.0626-2.0948	0.2635	189	0.2528	3673	3862	90
2.0948-2.1292	0.2521	188	0.2378	3704	3892	90
2.1292-2.1659	0.2528	195	0.2131	3664	3859	91
2.1659-2.2053	0.2119	208	0.1981	3676	3884	90
2.2053-2.2477	0.2314	184	0.1894	3736	3920	91
2.2477-2.2936	0.2251	216	0.1885	3680	3896	91
2.2936-2.3434	0.2144	182	0.1745	3743	3925	91
2.3434-2.3979	0.1944	187	0.1674	3704	3891	91
2.3979-2.4579	0.1933	194	0.1649	3762	3956	92
2.4579-2.5244	0.1995	212	0.1662	3742	3954	92
2.5244-2.5986	0.181	222	0.1612	3742	3964	92
2.5986-2.6825	0.2029	193	0.176	3796	3989	92
2.6825-2.7784	0.2008	212	0.1699	3741	3953	93
2.7784-2.8896	0.1849	212	0.1664	3797	4009	93
2.8896-3.0211	0.1803	160	0.1622	3835	3995	93
3.0211-3.1804	0.2046	218	0.171	3813	4031	94
3.1804-3.3796	0.1758	209	0.1554	3831	4040	94
3.3796-3.6405	0.1705	206	0.138	3834	4040	94
3.6405-4.0067	0.1173	232	0.1311	3827	4059	94
4.0067-4.5862	0.1183	191	0.1182	3858	4049	95
4.5862-5.777	0.1708	161	0.1425	3917	4078	94
5.777-52.1221	0.2385	236	0.1891	3822	4058	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5029	0.1174	-0.2421	2.1024	0.8745	2.4444	-0.0671	0.0216	-0.0465	-0.026	0.0224	-0.1817	-0.0461	0.1585	0.0347	0.2039	0.0348	0.0235	0.1765	0.0225	0.2192	-6.6598	19.3122	64.1662
2	2.6517	0.1517	0.1147	1.898	-0.4532	1.2111	0.1205	0.3719	-0.2064	-0.3178	-0.1108	-0.149	-0.1162	0.0087	-0.009	0.3362	0.0478	0.0141	0.259	-0.0021	0.2926	-4.9429	13.7854	52.2647
3	1.0034	0.0804	0.2484	1.8946	0.9364	2.402	0.0607	-0.0414	0.0045	-0.1365	-0.0408	-0.2503	-0.2598	0.3175	-0.0367	0.2879	0.0269	0.0313	0.233	0.0401	0.3472	-1.3693	30.0922	65.5305
4	2.2539	1.0025	0.8694	1.9311	0.2649	1.4635	0.0299	-0.0408	0.0542	0.3496	-0.0118	-0.2165	-0.3344	0.0858	0.0073	0.4387	0.0116	0.0035	0.2461	0.0221	0.2748	-9.235	47.6783	72.6054
5	1.4164	0.5518	0.2924	1.4113	-0.1416	1.2131	-0.1233	0.1235	0.2534	0.1493	0.0727	0.0205	-0.5665	-0.0481	0.0368	0.5149	0.0641	0.0239	0.2805	0.0184	0.3063	-18.0257	52.1396	70.099
6	0.8655	0.0109	-0.8013	5.9874	-2.2192	1.7336	0.0333	0.004	0.1774	0.4213	0.172	0.4688	-0.6483	-0.1681	-0.053	0.5835	0.09	0.0413	0.2522	0.0101	0.3487	-18.2608	54.5963	75.7435
7	3.9262	-0.3867	1.4749	1.6618	0.6248	5.4505	-0.0662	-0.4966	0.2627	0.6418	-0.0994	-0.1313	-0.1028	-0.1699	0.1074	0.8213	0.0315	0.0058	0.3444	-0.0399	0.3908	-12.2601	62.9188	80.0749
8	1.2925	-0.6541	-0.1263	1.9039	-1.5849	3.0198	-0.1071	0.1423	0.1884	0.5014	-0.1763	-0.1581	-0.3202	0.065	0.3037	0.5423	-0.048	-0.0356	0.2446	0.0359	0.323	-6.7037	59.9013	66.6921
9	2.08	1.3324	0.2562	5.1581	0.942	3.3937	-0.0747	-0.1153	0.4764	0.6363	-0.3023	-0.0069	-0.9674	0.0352	0.3741	0.7402	-0.0934	-0.0963	0.3005	0.0119	0.4352	-3.3407	63.2569	70.8637
10	3.2542	0.863	-1.3913	5.3291	-0.7166	3.4515	0.0789	0.0887	0.4457	0.2325	-0.1045	-1.3533	-0.7251	0.9931	0.0322	0.6057	-0.0662	-0.0089	0.4698	0.1184	0.6967	4.5857	56.9006	64.6204
11	1.3422	0.4532	0.5323	1.4766	-0.1014	0.8863	-0.0353	0.2869	0.113	-0.2758	0.0149	0.0079	-0.2163	-0.0409	-0.0012	0.393	0.0592	0.0174	0.2594	0.0249	0.2711	-16.079	38.7704	59.9547
12	4.6933	0.2319	0.1762	6.4322	-2.4918	6.9809	-0.0617	0.2749	-0.1246	-0.1856	0.1652	0.4342	-0.0131	-0.9075	0.0064	0.3604	0.0928	0.0063	0.3614	-0.0129	0.2867	-27.1034	39.7793	65.1446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 85 )	A	4 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 86 through 133 )	A	86 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 134 through 200 )	A	134 - 200
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 30 )	B	4 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 31 through 65 )	B	31 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 66 through 85 )	B	66 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 86 through 100 )	B	86 - 100
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 101 through 118 )	B	101 - 118
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 119 through 133 )	B	119 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 134 through 160 )	B	134 - 160
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 161 through 186 )	B	161 - 186
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 187 through 200 )	B	187 - 200

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)