PDB-6buh: Crystal structure of a membrane protein, crystal form II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6buh

タイトル

Crystal structure of a membrane protein, crystal form II

要素

D-alanyl carrier protein
D-alanyl transfer protein DltB

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

D-alanyl carrier activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cell wall organization / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Ma, D. / Wang, Z. / Xu, W.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of a membrane-bound O-acyltransferase.
著者: Ma, D. / Wang, Z. / Merrikh, C.N. / Lang, K.S. / Lu, P. / Li, X. / Merrikh, H. / Rao, Z. / Xu, W.

履歴

登録	2017年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.2	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6buh.cif.gz	796.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6buh.ent.gz	671.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6buh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6buh_validation.pdf.gz	501.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6buh_full_validation.pdf.gz	529.7 KB	表示
XML形式データ	6buh_validation.xml.gz	65 KB	表示
CIF形式データ	6buh_validation.cif.gz	87.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6buh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6buh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bugSC 6buiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bug-2 6bug-3 6bug-1 6h7v-2 5c7m-d 6h7v-1 3qzw-1 3qlb-1 5yiy-d 4rgw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: D-alanyl carrier protein

C: D-alanyl transfer protein DltB

B: D-alanyl carrier protein

D: D-alanyl transfer protein DltB

E: D-alanyl carrier protein

F: D-alanyl transfer protein DltB

G: D-alanyl carrier protein

H: D-alanyl transfer protein DltB

238 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: D-alanyl carrier protein

C: D-alanyl transfer protein DltB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: D-alanyl carrier protein

D: D-alanyl transfer protein DltB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: D-alanyl carrier protein

F: D-alanyl transfer protein DltB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: D-alanyl carrier protein

H: D-alanyl transfer protein DltB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.677, 124.581, 126.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	A	A	1 - 79	4 - 82
2	1	ALA	ALA	B	C	1 - 79	4 - 82
1	2	ALA	ALA	A	A	1 - 79	4 - 82
2	2	ALA	ALA	E	E	1 - 79	4 - 82
1	3	ALA	ALA	A	A	1 - 79	4 - 82
2	3	ALA	ALA	G	G	1 - 79	4 - 82
1	4	LYS	LYS	C	B	1 - 414	1 - 414
2	4	LYS	LYS	D	D	1 - 414	1 - 414
1	5	LYS	LYS	C	B	1 - 414	1 - 414
2	5	LYS	LYS	F	F	1 - 414	1 - 414
1	6	LYS	LYS	C	B	1 - 414	1 - 414
2	6	LYS	LYS	H	H	1 - 414	1 - 414
1	7	ALA	ALA	B	C	1 - 79	4 - 82
2	7	ALA	ALA	E	E	1 - 79	4 - 82
1	8	ALA	ALA	B	C	1 - 79	4 - 82
2	8	ALA	ALA	G	G	1 - 79	4 - 82
1	9	LYS	LYS	D	D	1 - 414	1 - 414
2	9	LYS	LYS	F	F	1 - 414	1 - 414
1	10	LYS	LYS	D	D	1 - 414	1 - 414
2	10	LYS	LYS	H	H	1 - 414	1 - 414
1	11	ALA	ALA	E	E	1 - 79	4 - 82
2	11	ALA	ALA	G	G	1 - 79	4 - 82
1	12	LYS	LYS	F	F	1 - 414	1 - 414
2	12	LYS	LYS	H	H	1 - 414	1 - 414

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質	D-alanyl carrier protein / DCP / D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 2 分子量: 9337.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス) 遺伝子: dltC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M0A6, UniProt: Q5M4V3*PLUS
#2: タンパク質	D-alanyl transfer protein DltB / D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltB 分子量: 50192.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス) 遺伝子: dltB, stu0762 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M4V4

#1: タンパク質

D-alanyl carrier protein / DCP / D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 2

分子量: 9337.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス)
遺伝子: dltC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M0A6, UniProt: Q5M4V3*PLUS

#2: タンパク質

D-alanyl transfer protein DltB / D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltB

分子量: 50192.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス)
遺伝子: dltB, stu0762 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M4V4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.62 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100mM sodium citrate pH5.6, 200mM NH4H2PO4, and 100mM (NH4)2SO4, 27% (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→125.77 Å / Num. obs: 54118 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.165 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 3.15→3.24 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4222 / CC_1/2: 0.582 / R_sym value: 0.929 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6BUG

6bug

解像度: 3.15→125.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.875 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / SU B: 78.724 / SU ML: 0.565 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.53 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2992	2832	5 %	RANDOM
R_work	0.2756	-	-	-
obs	0.2768	54118	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 222 Å² / B_iso mean: 96.365 Å² / B_iso min: 51.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.94 Å²	0 Å²	-1.84 Å²
2-	-	6.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.15→125.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16308	0	0	0	16308
残基数	-	-	-	-	1972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	16764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.953	22680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.412	5	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.412	23.105	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.464	15	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.664	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	12500

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4350	0.05
1	2	B	4350	0.05
2	1	A	4344	0.07
2	2	E	4344	0.07
3	1	A	4320	0.06
3	2	G	4320	0.06
4	1	C	29222	0.03
4	2	D	29222	0.03
5	1	C	29134	0.03
5	2	F	29134	0.03
6	1	C	29166	0.03
6	2	H	29166	0.03
7	1	B	4432	0.05
7	2	E	4432	0.05
8	1	B	4372	0.06
8	2	G	4372	0.06
9	1	D	29170	0.03
9	2	F	29170	0.03
10	1	D	29164	0.03
10	2	H	29164	0.03
11	1	E	4372	0.06
11	2	G	4372	0.06
12	1	F	29256	0.03
12	2	H	29256	0.03

LS精密化シェル

解像度: 3.153→3.235 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.419	176	-
R_work	0.377	3454	-
all	-	3630	-
obs	-	-	84.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7489	-1.4375	0.7612	2.7744	-1.4771	0.7911	-0.35	-0.0872	0.2833	0.7372	0.1081	-0.4952	-0.4194	-0.0077	0.2419	0.507	-0.0253	0.1152	0.9773	0.0307	0.4011	-1.6966	8.3115	-14.256
2	1.0737	0.0663	-0.1746	0.1542	-0.1536	0.1906	-0.0196	0.0157	0.0918	-0.0153	0.0487	-0.0565	-0.0114	-0.1533	-0.0291	0.0554	0.0415	0.1404	0.5626	0.1005	0.3768	2.426	16.2883	15.2002
3	3.196	-0.7533	1.3277	6.3319	-0.2929	0.5546	-0.5016	0.3835	-0.2274	-0.4289	0.5601	-0.7351	-0.2327	0.1485	-0.0585	0.3013	0.0971	0.012	0.5372	0.0404	0.6458	-50.4521	15.7026	-13.1473
4	1.5255	0.0097	-0.2387	0.2029	0.0618	0.0572	-0.1233	0.2723	-0.1112	0.0474	0.0996	0.0218	0.0341	-0.0132	0.0236	0.0598	-0.0442	0.1358	0.5002	-0.0493	0.4254	-45.9826	34.7405	-37.1548
5	1.5723	-0.2879	1.6169	4.9437	-1.515	1.9795	-0.2616	-0.5843	0.2513	0.635	-0.0612	0.0529	-0.44	-0.549	0.3228	0.2637	0.0015	-0.014	0.6863	-0.1307	0.4021	4.4391	36.3035	-80.4988
6	1.3718	-0.1304	0.382	0.3115	0.0574	0.5131	-0.0314	0.353	0.0959	0.0408	-0.0274	-0.0496	-0.0078	0.035	0.0588	0.0547	-0.0202	0.1202	0.5211	-0.0207	0.3565	8.2052	35.5529	-49.7823
7	0.0792	0.0367	-0.1098	0.0657	-0.0803	0.1706	-0.1379	0.0681	-0.1033	-0.1339	0.0923	0.1048	0.2474	-0.1173	0.0455	0.821	0.1336	-0.0302	0.4637	-0.0262	0.8174	-55.1058	48.8876	42.9523
8	1.9556	-0.4639	-0.0293	0.4477	0.0763	0.1556	-0.2124	-0.2962	0.4485	0.0402	0.1879	-0.0895	0.0424	0.0308	0.0245	0.0547	0.079	0.0435	0.4884	-0.0084	0.5374	-51.9255	25.5322	23.1662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	1 - 414
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 414
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 414
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 414

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)