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Yorodumi- PDB-5yiy: Crystal structure of D175A mutant of Rv3272 from Mycobacterium tu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yiy | ||||||
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Title | Crystal structure of D175A mutant of Rv3272 from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Components | CoA transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / CoA transferases / D175A / Rv3272 / Mycobacterium | ||||||
Function / homology | Transferases; Transferring sulfur-containing groups; CoA-transferases / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III / transferase activity / Probable fatty acyl-CoA transferase Rv3272 Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.504 Å | ||||||
Authors | Karade, S.S. / Pratap, J.V. | ||||||
Citation | Journal: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / Year: 2019 Title: Rv3272 encodes a novel Family III CoA transferase that alters the cell wall lipid profile and protects mycobacteria from acidic and oxidative stress. Authors: Karade, S.S. / Pandey, S. / Ansari, A. / Das, S. / Tripathi, S. / Arora, A. / Chopra, S. / Pratap, J.V. / Dasgupta, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5yiy.cif.gz | 283.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5yiy.ent.gz | 230.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5yiy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5yiy_validation.pdf.gz | 433.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5yiy_full_validation.pdf.gz | 439.2 KB | Display | |
Data in XML | 5yiy_validation.xml.gz | 27.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5yiy_validation.cif.gz | 37.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/5yiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/5yiy | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42461.438 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D175A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: Rv3272 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P96877 #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.07 % / Description: Rod shaped crystal |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 100mM Tris pH 8.5, 100mM MgCl2, PEG 4000, 20-25% PEG 6000, 100um Octanoyl CoA |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.966 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 3, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.966 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.498→75.099 Å / Num. obs: 28431 / % possible obs: 94.23 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 47.59 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08823 / Rrim(I) all: 0.09973 / Net I/σ(I): 9.94 |
Reflection shell | Resolution: 2.504→2.594 Å / Redundancy: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4417 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.726 / % possible all: 63.06 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.504→49.115 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.504→49.115 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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