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万見
- PDB-6bug: Crystal structure of a membrane protein, crystal form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bug
タイトルCrystal structure of a membrane protein, crystal form I
要素
  • D-alanyl carrier protein
  • D-alanyl transfer protein DltB
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanyl carrier activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cell wall organization / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-alanyl transfer protein DltB / Alginate O-acetyltransferase AlgI/D-alanyl transfer protein DltB / D-alanyl carrier protein / : / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily ...D-alanyl transfer protein DltB / Alginate O-acetyltransferase AlgI/D-alanyl transfer protein DltB / D-alanyl carrier protein / : / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-alanyl carrier protein / D-alanyl carrier protein / Teichoic acid D-alanyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Ma, D. / Wang, Z. / Xu, W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of a membrane-bound O-acyltransferase.
著者: Ma, D. / Wang, Z. / Merrikh, C.N. / Lang, K.S. / Lu, P. / Li, X. / Merrikh, H. / Rao, Z. / Xu, W.
履歴
登録2017年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanyl carrier protein
C: D-alanyl transfer protein DltB
B: D-alanyl carrier protein
D: D-alanyl transfer protein DltB
E: D-alanyl carrier protein
F: D-alanyl transfer protein DltB
G: D-alanyl transfer protein DltB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,7817
ポリマ－228,7817
非ポリマー00
水00
1
A: D-alanyl carrier protein
C: D-alanyl transfer protein DltB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5302
ポリマ－59,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25530 Å2
手法PISA
2
B: D-alanyl carrier protein
D: D-alanyl transfer protein DltB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5302
ポリマ－59,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
3
E: D-alanyl carrier protein
F: D-alanyl transfer protein DltB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5302
ポリマ－59,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
4
G: D-alanyl transfer protein DltB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1921
ポリマ－50,1921
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.713, 121.119, 126.529
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22E
13C
23D
14C
24F
15C
25G
16B
26E
17D
27F
18D
28G
19F
29G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 79
2010B1 - 79
1020A1 - 79
2020E1 - 79
1030C1 - 414
2030D1 - 414
1040C1 - 414
2040F1 - 414
1050C1 - 414
2050G1 - 414
1060B1 - 79
2060E1 - 79
1070D1 - 414
2070F1 - 414
1080D1 - 414
2080G1 - 414
1090F1 - 414
2090G1 - 414

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

#1: タンパク質 D-alanyl carrier protein / DCP / D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 2


分子量: 9337.271 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: dltC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M0A6, UniProt: Q5M4V3*PLUS
#2: タンパク質
D-alanyl transfer protein DltB / D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis protein DltB


分子量: 50192.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
遺伝子: dltB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M4V4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Tris-HCl pH7.5, 100mM NaCl, 100mM MgCl2, 21% (w/v) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→123.95 Å / Num. obs: 46614 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4072 / CC1/2: 0.732 / Rsym value: 1.661 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.27→123.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 87.263 / SU ML: 0.611 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.602 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3109 2428 5 %RANDOM
Rwork0.2886 ---
obs0.2897 46614 98.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 335.72 Å2 / Biso mean: 141.976 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.03 Å20 Å23.77 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3---3.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.27→123.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15679 0 0 0 15679
残基数----1893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0216096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.95121767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79751880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73722.961726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.708152816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4831584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112002
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A43520.04
12B43520.04
21A43580.04
22E43580.04
31C300300.04
32D300300.04
41C299560.04
42F299560.04
51C298640.05
52G298640.05
61B43440.05
62E43440.05
71D299220.04
72F299220.04
81D298380.04
82G298380.04
91F299500.04
92G299500.04
LS精密化 シェル解像度: 3.267→3.352 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 169 -
Rwork0.405 2835 -
all-3004 -
obs--82.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0386-0.06190.08490.145-0.16490.6491-0.0750.01730.05090.0712-0.0224-0.2011-0.1873-0.52180.09740.21010.00390.07330.7810.01080.552711.671716.507222.1528
21.8004-0.1078-0.03640.34230.13380.0589-0.0595-0.47710.101-0.14260.08120.0641-0.05370.0079-0.02170.0680.0043-0.06270.4736-0.00750.43416.1537-8.076941.6181
33.12943.23972.56683.44762.66952.1141-0.60650.14590.2759-0.61360.3420.1859-0.48860.15020.26460.33110.09160.11960.4317-0.09380.578144.5827.461217.379
41.8163-0.0656-0.2080.1298-0.16070.3109-0.19140.0173-0.66050.07730.0102-0.0005-0.1273-0.09090.18120.1238-0.0044-0.04090.35070.03850.541249.08813.9217-10.6793
52.4486-2.1432-1.21387.5895-3.69734.56910.0543-0.12120.13720.20760.27070.1805-0.2331-0.1131-0.3250.0777-0.139-0.03850.4574-0.01920.236166.6418-21.43183.2869
61.44980.1146-0.32940.4852-0.32960.7077-0.072-0.28070.0381-0.051-0.1085-0.06970.0850.00990.18060.03940.0137-0.07230.4698-0.14750.384670.4916-12.352153.3324
71.64390.37430.03090.16020.18770.6117-0.17120.1881-0.5397-0.05980.1237-0.09-0.09890.03940.04750.03550.00010.03720.2622-0.04410.7103-5.27563.3941-16.9997
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 414
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 79
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 414
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 414
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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