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万見
- PDB-6bua: Drosophila Dicer-2 apo homology model (helicase, Platform-PAZ, RN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bua
タイトルDrosophila Dicer-2 apo homology model (helicase, Platform-PAZ, RNaseIII domains)
要素Dicer-2, isoform A
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Dicer / dmDcr2 / Dicer-2 / helicase / platform / PAZ / RNAseIII
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Toll signaling pathway / : / lncRNA catabolic process / RNAi-mediated antiviral immune response / dsRNA transport / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / global gene silencing by mRNA cleavage / apoptotic DNA fragmentation / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity ...positive regulation of Toll signaling pathway / : / lncRNA catabolic process / RNAi-mediated antiviral immune response / dsRNA transport / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / global gene silencing by mRNA cleavage / apoptotic DNA fragmentation / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / RISC-loading complex / detection of virus / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / ribonuclease III activity / siRNA processing / siRNA binding / positive regulation of innate immune response / ATP-dependent activity, acting on RNA / RISC complex / positive regulation of defense response to virus by host / mRNA 3'-UTR binding / locomotory behavior / helicase activity / cellular response to virus / heterochromatin formation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / defense response to virus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain ...: / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease Dcr-2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Shen, P.S. / Sinha, N.K. / Bass, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM121706 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Dicer uses distinct modules for recognizing dsRNA termini.
著者: Niladri K Sinha / Janet Iwasa / Peter S Shen / Brenda L Bass /
要旨: Invertebrates rely on Dicer to cleave viral double-stranded RNA (dsRNA), and Dicer-2 distinguishes dsRNA substrates by their termini. Blunt termini promote processive cleavage, while 3' overhanging ...Invertebrates rely on Dicer to cleave viral double-stranded RNA (dsRNA), and Dicer-2 distinguishes dsRNA substrates by their termini. Blunt termini promote processive cleavage, while 3' overhanging termini are cleaved distributively. To understand this discrimination, we used cryo-electron microscopy to solve structures of Dicer-2 alone and in complex with blunt dsRNA. Whereas the Platform-PAZ domains have been considered the only Dicer domains that bind dsRNA termini, unexpectedly, we found that the helicase domain is required for binding blunt, but not 3' overhanging, termini. We further showed that blunt dsRNA is locally unwound and threaded through the helicase domain in an adenosine triphosphate-dependent manner. Our studies reveal a previously unrecognized mechanism for optimizing antiviral defense and set the stage for the discovery of helicase-dependent functions in other Dicers.
履歴
登録2017年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7291
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dicer-2, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,0751
ポリマ－198,0751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Dicer-2, isoform A / FI15132p1


分子量: 198074.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dcr-2, Dcr-2-RA, CG6493, Dmel_CG6493
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A1ZAW0, ribonuclease III, adenosinetriphosphatase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Drosophila Dicer-2 (apo) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85119 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0014659
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3396481
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d1.7382735
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04902
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.001931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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