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万見
- PDB-6btm: Structure of Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6btm
タイトルStructure of Alternative Complex III from Flavobacterium johnsoniae (Wild Type)
要素(Alternative Complex III subunit ...) x 6
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Electron transport chain / triacylated cysteine / heme c domain / iron-sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Menaquinone reductase, multiheme cytochrome c subunit / NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / : / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Multiheme cytochrome c family profile. ...Menaquinone reductase, multiheme cytochrome c subunit / NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / : / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Multiheme cytochrome c family profile. / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Multiheme cytochrome superfamily / Cytochrome c / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANOIC ACID / FE3-S4 CLUSTER / (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl ditetradecanoate / HEME C / IRON/SULFUR CLUSTER / Uncharacterized protein / Cytochrome c, class I / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding domain protein / Polysulphide reductase, NrfD / Uncharacterized protein / Hypothetical lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sun, C. / Benlekbir, S. / Venkatakrishnan, P. / Yuhang, W. / Tajkhorshid, E. / Rubinstein, J.L. / Gennis, R.B.
資金援助 米国, カナダ, 8件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01-HL16101 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41-GM104601 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54-GM087519 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123455 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD019994 米国
Simons Foundation349247 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-81294 カナダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of the alternative complex III in a supercomplex with cytochrome oxidase.
著者: Chang Sun / Samir Benlekbir / Padmaja Venkatakrishnan / Yuhang Wang / Sangjin Hong / Jonathan Hosler / Emad Tajkhorshid / John L Rubinstein / Robert B Gennis /
要旨: Alternative complex III (ACIII) is a key component of the respiratory and/or photosynthetic electron transport chains of many bacteria. Like complex III (also known as the bc complex), ACIII ...Alternative complex III (ACIII) is a key component of the respiratory and/or photosynthetic electron transport chains of many bacteria. Like complex III (also known as the bc complex), ACIII catalyses the oxidation of membrane-bound quinol and the reduction of cytochrome c or an equivalent electron carrier. However, the two complexes have no structural similarity. Although ACIII has eluded structural characterization, several of its subunits are known to be homologous to members of the complex iron-sulfur molybdoenzyme (CISM) superfamily , including the proton pump polysulfide reductase. We isolated the ACIII from Flavobacterium johnsoniae with native lipids using styrene maleic acid copolymer, both as an independent enzyme and as a functional 1:1 supercomplex with an aa-type cytochrome c oxidase (cyt aa). We determined the structure of ACIII to 3.4 Å resolution by cryo-electron microscopy and constructed an atomic model for its six subunits. The structure, which contains a [3Fe-4S] cluster, a [4Fe-4S] cluster and six haem c units, shows that ACIII uses known elements from other electron transport complexes arranged in a previously unknown manner. Modelling of the cyt aa component of the supercomplex revealed that it is structurally modified to facilitate association with ACIII, illustrating the importance of the supercomplex in this electron transport chain. The structure also resolves two of the subunits of ACIII that are anchored to the lipid bilayer with N-terminal triacylated cysteine residues, an important post-translational modification found in numerous prokaryotic membrane proteins that has not previously been observed structurally in a lipid bilayer.
履歴
登録2017年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年2月20日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02024年4月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7286
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alternative Complex III subunit A
B: Alternative Complex III subunit B
C: Alternative Complex III subunit C
D: Alternative Complex III subunit D
E: Alternative Complex III subunit E
F: Alternative Complex III subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,97318
ポリマ－295,2456
非ポリマー5,72912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, subunits have been verified using mass spectrometry.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Alternative Complex III subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Alternative Complex III subunit A


分子量: 48236.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 参照: UniProt: A5FJF1
#2: タンパク質 Alternative Complex III subunit B


分子量: 102911.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 参照: UniProt: A5FJF2
#3: タンパク質 Alternative Complex III subunit C / Polysulphide reductase / NrfD


分子量: 53269.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 参照: UniProt: A5FJF3
#4: タンパク質 Alternative Complex III subunit D


分子量: 19720.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 参照: UniProt: A5FJF4
#5: タンパク質 Alternative Complex III subunit E


分子量: 18179.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 参照: UniProt: A5FJF5
#6: タンパク質 Alternative Complex III subunit F


分子量: 52926.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 参照: UniProt: A5FJE2

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非ポリマー , 5種, 12分子

#7: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#8: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#10: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸


分子量: 172.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2
#11: 化合物 ChemComp-FAW / (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl ditetradecanoate / 1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-ル


分子量: 512.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H60O5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ACIII-cyt aa3 supercomplex / タイプ: COMPLEX
詳細: Alternative complex III-- cytochrome aa3 oxidase supercomplex purified with styrene maleic acid copolymer
Entity ID: #1, #3-#4, #6 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 61 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2017
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2722: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX2722モデル精密化
14MDFFモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3044
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 164239 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
精密化最高解像度: 3.4 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00919517
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.18626557
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.911197
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0552864
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0073321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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