[日本語] English
万見
- PDB-6bsy: HIV-1 Rev assembly domain (residues 1-69) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bsy
タイトルHIV-1 Rev assembly domain (residues 1-69)
要素Protein Rev
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / Rev
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / mRNA transport / viral process / protein export from nucleus / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #630 / Anti-repression trans-activator protein, REV protein / REV protein (anti-repression trans-activator protein) / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Protein Rev / Protein Rev
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Watts, N.R. / Eren, E. / Zhuang, X. / Wang, Y.X. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: A new HIV-1 Rev structure optimizes interaction with target RNA (RRE) for nuclear export.
著者: Watts, N.R. / Eren, E. / Zhuang, X. / Wang, Y.X. / Steven, A.C. / Wingfield, P.T.
履歴
登録2017年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein Rev
B: Protein Rev
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6803
ポリマ－16,5852
非ポリマー951
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.800, 43.920, 70.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Protein Rev / Regulator of expression of viral proteins


分子量: 8292.370 Da / 分子数: 2 / 断片: assembly domain (UNP residues 1-70) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: rev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76PP8, UniProt: P04616*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.09 %
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 25% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日 / 詳細: Si 111
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→19.63 Å / Num. obs: 6861 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 34.73 Å2 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 13.73
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 7.25 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 675 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.34 / Rrim(I) all: 0.93 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3LPH

3lph


解像度: 2.25→19.63 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 695 10.1 %Random
Rwork0.2284 ---
obs-6859 99.84 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数973 0 5 61 1039

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る