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万見
- PDB-6bs8: The class 3 DnaB intein from Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bs8
タイトルThe class 3 DnaB intein from Mycobacterium smegmatis
要素Replicative DNA helicase
キーワードHYDROLASE / class 3 intein / DnaB
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / intein-mediated protein splicing / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / endonuclease activity / DNA helicase / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / LAGLIDADG-like domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / Intein ...DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / LAGLIDADG-like domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Homing endonuclease / Hint domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase / Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, Z. / Kelley, D.S. / Banavali, N. / Belfort, M. / Li, H.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM39422 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM44844 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI055429 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103393 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Mycobacterial DnaB helicase intein as oxidative stress sensor.
著者: Kelley, D.S. / Lennon, C.W. / Li, Z. / Miller, M.R. / Banavali, N.K. / Li, H. / Belfort, M.
履歴
登録2017年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6483
ポリマ－43,6483
非ポリマー00
水5,459303
1
A: Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5491
ポリマ－14,5491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5491
ポリマ－14,5491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5491
ポリマ－14,5491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.050, 56.914, 64.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...
21(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...
31(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALATHRTHR(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...AA1 - 341 - 34
12VALVALGLYGLY(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...AA36 - 4536 - 45
13PROPROALAALA(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...AA47 - 6347 - 63
14HISHISLEULEU(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...AA65 - 7965 - 79
15ALAALAVALVAL(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...AA81 - 8781 - 87
16VALVALARGARG(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...AA103 - 109103 - 109
17PROPROARGARG(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...AA112 - 117112 - 117
18VALVALPROPRO(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...AA119 - 124119 - 124
19HISHISASNASN(chain A and (resid 1 through 34 or resid 36...AA126 - 139126 - 139
21ALAALATHRTHR(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...BB1 - 341 - 34
22VALVALGLYGLY(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...BB36 - 4536 - 45
23PROPROALAALA(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...BB47 - 6347 - 63
24HISHISLEULEU(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...BB65 - 7965 - 79
25ALAALAVALVAL(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...BB81 - 8781 - 87
26VALVALARGARG(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...BB103 - 109103 - 109
27PROPROARGARG(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...BB112 - 117112 - 117
28VALVALPROPRO(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...BB119 - 124119 - 124
29HISHISASNASN(chain B and (resid 1 through 34 or resid 36...BB126 - 139126 - 139
31ALAALATHRTHR(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...CC1 - 341 - 34
32VALVALGLYGLY(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...CC36 - 4536 - 45
33PROPROALAALA(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...CC47 - 6347 - 63
34HISHISLEULEU(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...CC65 - 7965 - 79
35ALAALAVALVAL(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...CC81 - 8781 - 87
36VALVALARGARG(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...CC103 - 109103 - 109
37PROPROARGARG(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...CC112 - 117112 - 117
38VALVALPROPRO(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...CC119 - 124119 - 124
39HISHISASNASN(chain C and (resid 1 through 34 or resid 36...CC126 - 139126 - 139

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要素

#1: タンパク質 Replicative DNA helicase


分子量: 14549.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: dnaB, ERS451418_06678 / プラスミド: pXI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6J385, UniProt: I7FPC4*PLUS, DNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6
詳細: 20% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18076 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→100 Å / Num. obs: 31802 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.817 / Net I/av σ(I): 11.9 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.982.30.7822.115680.6040.6030.9931.5197.6
1.98-2.022.40.72416240.6690.5420.9091.54898.5
2.02-2.062.50.62415790.6960.4580.7781.46898.8
2.06-2.12.60.58516370.7550.4170.7221.65498.7
2.1-2.152.70.49216170.8010.3450.6031.54599
2.15-2.22.70.43215940.850.2990.5281.65698.9
2.2-2.252.70.39216090.8750.2710.4791.70799
2.25-2.312.70.35216190.9020.2430.431.72998.1
2.31-2.382.70.28215990.9290.1910.3421.6698.2
2.38-2.462.70.27416070.9240.1880.3341.75498.3
2.46-2.542.70.23415630.9320.1590.2841.74698.1
2.54-2.652.70.1916280.960.1290.2311.80298.3
2.65-2.772.70.15116080.9710.1020.1831.98897.8
2.77-2.912.70.12515870.9740.0850.1521.96597.4
2.91-3.12.80.09415980.9870.0640.1142.09296.6
3.1-3.332.80.06815660.9910.0460.0831.98995.3
3.33-3.672.80.05615580.9920.0380.0682.07495.5
3.67-4.22.80.04615510.9950.0310.0562.28393.7
4.2-5.292.90.03615600.9960.0240.0431.95793
5.29-1002.90.03415300.9970.0230.0411.95289.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→38.48 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 1574 4.96 %
Rwork0.2025 --
obs0.2041 31746 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.38 Å2 / Biso mean: 32.2391 Å2 / Biso min: 3.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→38.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2846 0 0 303 3149
Biso mean---39.35 -
残基数----381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9914039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.7751963
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1511X-RAY DIFFRACTION11.406TORSIONAL
12B1511X-RAY DIFFRACTION11.406TORSIONAL
13C1511X-RAY DIFFRACTION11.406TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-2.0130.32781420.29772720286298
2.013-2.08490.27621400.26712781292199
2.0849-2.16840.29031470.24232779292699
2.1684-2.26710.28181490.23142787293699
2.2671-2.38660.28631380.2282772291098
2.3866-2.53610.24421450.21492746289198
2.5361-2.73180.25051440.21022768291298
2.7318-3.00670.20881410.19662738287997
3.0067-3.44150.18761420.18152741288396
3.4415-4.3350.20131450.16782696284194
4.335-38.48770.24061410.18682644278591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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