PDB-6bs7: Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6bs7

タイトル

Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella pneumophila Philadelphia 1

要素

Adenylosuccinate synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Adenylosuccinate synthetase from Legionella pneumophila
著者: Abendroth, J. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6bs7.cif.gz	167.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6bs7.ent.gz	129.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6bs7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/6bs7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/6bs7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hidS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c25-1 6j7x-d 6j74-d 4p3n-2 6j7f-d 4p3o-d 1ade-d 3mbc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LepnA.00888.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylosuccinate synthetase

48.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenylosuccinate synthetase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
96.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.890, 90.370, 59.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Adenylosuccinate synthetase / AdSS / IMP--aspartate ligase 分子量: 48469.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: purA / プラスミド: LepnA.00888.a.B1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RNM2, adenylosuccinate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Adenylosuccinate synthetase / AdSS / IMP--aspartate ligase

分子量: 48469.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: purA / プラスミド: LepnA.00888.a.B1
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RNM2, adenylosuccinate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.06 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Micolytic/Anatrace MCSG 1 B5: 200mM MgCl2, 25% PEG 3350, 100mM Tris Base / HCl pH 8.5: LepnA.00888.a.B1.PW38319 at 18.46mg/ml: cryo: 15% EG: tray 295118 B5: puck EMC5-10

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月16日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→31.958 Å / Num. obs: 27874 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.842 % / B_iso Wilson estimate: 35.88 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_rim(I) all: 0.042 / Χ²: 1.015 / Net I/σ(I): 21.73

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	4.899	0.485	3.11	2034	0.849	0.545	100
2-2.06	4.928	0.382	3.87	1968	0.881	0.429	99.7
2.06-2.12	4.919	0.292	5.04	1932	0.941	0.328	99.9
2.12-2.18	4.937	0.232	6.59	1870	0.956	0.26	100
2.18-2.25	4.892	0.175	8.46	1811	0.978	0.196	99.9
2.25-2.33	4.891	0.144	10.25	1770	0.983	0.162	99.8
2.33-2.42	4.847	0.121	11.95	1710	0.989	0.135	99.9
2.42-2.52	4.88	0.099	14.36	1635	0.993	0.111	99.8
2.52-2.63	4.878	0.081	17.45	1576	0.994	0.09	99.9
2.63-2.76	4.87	0.062	21.43	1508	0.997	0.069	99.8
2.76-2.91	4.843	0.051	25.35	1438	0.998	0.057	99.8
2.91-3.08	4.845	0.04	31.75	1362	0.999	0.045	99.9
3.08-3.3	4.831	0.034	37.8	1299	0.999	0.038	99.6
3.3-3.56	4.807	0.028	45.07	1189	0.999	0.031	99.3
3.56-3.9	4.789	0.024	48.96	1110	0.999	0.027	99.8
3.9-4.36	4.768	0.022	52.71	1022	0.999	0.025	99.8
4.36-5.03	4.7	0.021	54.59	904	0.999	0.023	99.8
5.03-6.17	4.634	0.022	52.43	775	0.999	0.024	99.7
6.17-8.72	4.486	0.021	53.84	617	0.999	0.024	99
8.72-31.958	4.032	0.023	54.18	344	0.999	0.027	93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(dev_2947)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3hid via MORDA

3hid

解像度: 1.95→31.958 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.17

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2315	1995	7.16 %	0
R_work	0.1855	-	-	-
obs	0.1888	27866	99.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.99 Å² / B_iso mean: 50.6482 Å² / B_iso min: 18.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→31.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2867	0	0	129	2996
B_iso mean	-	-	-	50.4	-
残基数	-	-	-	-	390

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-1.9988	0.3102	142	0.2454	1820	1962	100
1.9988-2.0528	0.2941	136	0.232	1798	1934	100
2.0528-2.1132	0.2829	142	0.2279	1833	1975	100
2.1132-2.1814	0.2224	134	0.207	1822	1956	100
2.1814-2.2594	0.2772	150	0.178	1830	1980	100
2.2594-2.3498	0.2118	145	0.193	1817	1962	100
2.3498-2.4567	0.276	146	0.1945	1837	1983	100
2.4567-2.5862	0.2478	139	0.2057	1835	1974	100
2.5862-2.7481	0.3031	147	0.2047	1842	1989	100
2.7481-2.9602	0.2811	147	0.2059	1829	1976	100
2.9602-3.2578	0.2561	141	0.1961	1861	2002	100
3.2578-3.7286	0.2217	135	0.1696	1878	2013	100
3.7286-4.6952	0.1632	140	0.1523	1903	2043	100
4.6952-31.9625	0.223	151	0.1861	1966	2117	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8955	-1.3853	-1.3447	8.0344	1.4554	3.3528	0.2324	0.2547	0.6238	-0.182	-0.0995	-0.3619	-0.3852	0.5005	-0.0806	0.2557	-0.0845	0.0346	0.281	-0.0279	0.2569	-25.4473	14.6297	-9.2259
2	2.9633	-1.1615	-2.3209	4.6389	1.6484	2.4263	0.1978	0.1499	0.8407	-0.1447	0.1948	-0.8087	-0.5556	0.7206	-0.1416	0.3564	-0.0447	0.061	0.3905	0.0579	0.5277	-17.7488	8.4427	-16.6033
3	4.0782	-1.1008	-1.955	2.8396	-0.2219	4.8165	0.6415	1.3268	0.5848	-0.3609	-0.2616	-0.3274	-0.5054	-0.0046	0.0485	0.3885	0.1437	0.1549	0.6812	0.2014	0.4255	-19.4583	1.5967	-32.3796
4	0.9246	0.7205	-0.9342	1.2372	0.2766	2.4463	1.0358	1.7473	0.8309	-0.2222	0.0172	-0.47	-0.8571	-0.8038	1.2933	0.7402	0.4031	0.4001	1.3442	0.499	0.5362	-17.2271	3.2624	-44.2031
5	4.6677	-1.1378	-2.5723	2.5429	0.3102	6.3745	-0.0377	0.232	-0.0276	0.0155	-0.0003	-0.388	0.1194	0.1792	-0.1278	0.176	-0.0142	-0.0255	0.2798	0.0274	0.3619	-18.2075	-1.131	-14.8275
6	1.4954	-0.0008	-0.4284	3.8575	-0.7362	1.0617	0.0812	0.1227	0.2742	-0.1056	0.0368	0.0686	-0.1936	0.0194	-0.0603	0.2827	-0.0177	0.0179	0.2525	-0.0041	0.2752	-34.4962	22.7857	-13.1727
7	3.6049	0.3248	-0.1721	4.6619	-0.164	2.822	0.0082	-0.1628	0.4801	0.2796	-0.0227	0.1587	-0.2883	-0.1163	-0.0299	0.2903	0.002	0.0769	0.1887	-0.039	0.2571	-38.4524	25.0071	-5.6392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 76 )	A	27 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 175 )	A	77 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 176 through 193 )	A	176 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 194 through 253 )	A	194 - 253
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 254 through 340 )	A	254 - 340
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 341 through 431 )	A	341 - 431

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)