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- PDB-6bro: Crystal structure of ASK1-D3 ubiquitin ligase form1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bro
タイトルCrystal structure of ASK1-D3 ubiquitin ligase form1
要素
  • F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
  • SKP1-like protein 1A
キーワードLIGASE / Ubiquitin ligase / F-box
機能・相同性
機能・相同性情報


bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / auxin polar transport ...bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / auxin polar transport / response to jasmonic acid / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to light stimulus / chromosome segregation / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SKP1-like protein 1A / F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shabek, N. / Zheng, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural plasticity of D3-D14 ubiquitin ligase in strigolactone signalling.
著者: Shabek, N. / Ticchiarelli, F. / Mao, H. / Hinds, T.R. / Leyser, O. / Zheng, N.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
A: SKP1-like protein 1A
D: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
C: SKP1-like protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,4104
ポリマ－187,4104
非ポリマー00
水8,395466
1
B: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
A: SKP1-like protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7052
ポリマ－93,7052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area33000 Å2
手法PISA
2
D: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
C: SKP1-like protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7052
ポリマ－93,7052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area33570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.728, 79.730, 153.437
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12A
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEUBA5 - 6965 - 664
21GLUGLULEULEUDC5 - 6965 - 664
12LEULEUGLUGLUAB8 - 1608 - 160
22LEULEUGLUGLUCD8 - 1608 - 160

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 F-box/LRR-repeat MAX2 homolog / F-box and leucine-rich repeat MAX2 homolog / Protein DWARF 3


分子量: 75828.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: D3, Os06g0154200, LOC_Os06g06050, OSJNBa0085L11.6-1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q5VMP0
#2: タンパク質 SKP1-like protein 1A


分子量: 17876.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q39255
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細TEV cleavage sequence (ENLYFQS) was introduced to replace the following: ...TEV cleavage sequence (ENLYFQS) was introduced to replace the following: EQPCSVANGTTTECDPEDDELGEVYESAAKKCRYMEFDD

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6.5% CP-42; 175 mM Sodium Citrate tribasic dihydrate; 87 mM HEPES sodium pH 7.5; 26% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→119.93 Å / Num. obs: 75576 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique all: 3332 / Rsym value: 0.403

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→119.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 17.074 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.242
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2336 3700 4.9 %RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.2034 71877 98.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.59 Å2 / Biso mean: 39.15 Å2 / Biso min: 11.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å20 Å2-0.07 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→119.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11366 0 0 466 11832
Biso mean---34.87 -
残基数----1458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.97815748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23651435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.33623.044496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.722151943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6361599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218641
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B376540.05
12D376540.05
21A65960.08
22C65960.08
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 236 -
Rwork0.26 4682 -
all-4918 -
obs--87.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2933-0.04770.16020.56490.10760.1247-0.00840.0277-0.0122-0.03670.0076-0.0646-0.02830.0140.00070.064-0.0058-0.09250.01640.00390.1638-35.468536.60733.4285
21.28771.0333-0.8281.8783-1.20273.72720.2411-0.2662-0.1050.3929-0.1324-0.3342-0.34690.0228-0.10860.1444-0.0219-0.12630.06650.00310.1798-43.68157.852120.1366
30.19120.14350.20420.5679-0.01690.2844-0.02630.023-0.0395-0.06230.0405-0.0513-0.03350.0165-0.01430.1378-0.009-0.11460.004-0.00240.12353.9097-3.96137.8375
43.5883-0.8913-1.03271.95571.27621.2759-0.2619-0.1111-0.2579-0.3846-0.12930.5038-0.122-0.17890.39120.20030.0204-0.15420.0557-0.03790.229-11.288124.682947.9096
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B5 - 697
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3D5 - 696
4X-RAY DIFFRACTION4C6 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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